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Evaluation of two DNA extraction techniques in the detection of Mycoplasma hyopneumoniae by PCR in lungs samples of pigs with and without pneumonia / Avaliação de duas técnicas de extração de DNA na detecção de Mycoplasma hyopneumoniaepor PCR em amostras de pulmões de suínos com e sem lesão de pneumonia

Nascimento, Elmiro Rosendo do; Carrijo, Kênia de Fátima; Ogino, Liana Lumi; Pereira, Virginia Léo de Almeida; Dias, Thomas Salles; Machado, Leandro dos Santos.
Acta Vet. bras.; 13(4): 224-227, Dec. 22, 2019. tab
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: vti-24577

Resumo

Swine Enzootic Pneumonia (PES) has as the primary etiologic agent the Mycoplasma hyopneumoniae. The diagnosis of PES involves clinical manifestations on farms, macroscopic lesions visualized in the slaughterhouse and laboratory techniques, such as isolation by culture, histopathology, immunohistochemistry, ELISA and other serological tests and PCR. This work aimed to establish the comparison between PCR results and typical macroscopic findings in lungs with PES and to evaluate the efficacy of PCR results with extraction by phenol-chloroform and commercial kit in fragments of swine lungs. The efficacy of PCR was evaluated by comparing the classic method of DNA extraction by phenol-chloroform and by commercial Kit. Fragments of lungs of 18 pigs with characteristic lesions of PES and 17 without lesions were subjected to DNA extraction and posterior PCR. The pulmonary lesions with PES were PCR-positive in 94.44%, compared to 76.47% of the non-PES lungs. Kappa concordance between macroscopic and PCR was 18%, which was not significant (P > 0.05). Of the 35 lung fragments processed by phenol-chloroform, 85.71% were positive by PCR, compared to 28.57% by the commercial kit. Kappa agreement between DNA extraction methods was 57%, which was statistically significant (p <0.05), but Odds ratio was 15 (CI 4.52 to 49.68), which means that the probability of PCR positivity by the phenol-chloroform method was 15 times higher than that by the commercial kit. Macroscopy and PCR results were discordant, with phenol-chloroform extraction being the best between both procedures.(AU)
A Pneumonia Enzoótica Suína (PES) tem como agente etiológico primário a bactéria Mycoplasma hyopneumoniae. O diagnóstico da PES envolve manifestações clínicas na granja, lesões macroscópicas visualizadas no frigorífico e técnicas laboratoriais, tais como isolamento por cultura, histopatologia, imunoistoquímica, ELISA e outros testes sorológicos e PCR. O objetivo deste trabalho foi estabelecer a comparação entre resultados da PCR e achados macroscópicos típicos em pulmão com PES e avaliar a eficácia dos resultados da PCR com extração por fenol-clorofórmio e kit comercial, em fragmentos de pulmão de suínos. A eficácia da PCR foi avaliada pela comparação entre o método clássico de extração de DNA por fenol-clorofórmio e por Kit comercial. Fragmentos de pulmões de 18 suínos com lesões características de PES e 17 sem lesões foram submetidos a extração de DNA e posterior PCR. As lesões pulmonares com PES foram PCR positivas na PCR em 94.44%, contra 76.47% dos pulmões sem PES. A concordância por Kappa entre macroscopia e PCR foi 18%, não significativo, (p>0.05). Dos 35 fragmentos de pulmões processados por fenol-clorofórmio, 85.71% foram positivos por PCR, contra 28.57% pelo kit comercial. A concordância por Kappa entre os métodos de extração de DNA foi 57%, estatisticamente significativa (p<0,05), mas, o Odds ratio foi 15 (CI 4.52 to 49.68), o que significa dizer que a probabilidade de positividade por PCR pelo método de fenol-clorofórmio foi 15 vezes maior do que pelo kit comercial. Os resultados da macroscopia e PCR foram discordantes, sendo a extração por fenol-clorofórmio o melhor entre ambos os procedimentos usados.(AU)
Biblioteca responsável: BR68.1
Localização: BR68.1