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Semina ciênc. agrar; 37(3): 1177-1188, maio/jun. 2016. tab, ilus

Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: vti-28950

Resumo

The aim of the study was to establish a DNA isolation protocol Nectandra megapotamica (Spreng.) Mez., able to obtain samples of high yield and quality for use in genomic analysis. A commercial kit and four classical methods of DNA extraction were tested, including three cetyltrimethylammonium bromide (CTAB)-based and one sodium dodecyl sulfate (SDS)-based methods. Three drying methods for leaves samples were also evaluated including drying at room temperature (RT), in an oven at 40ºC (S40), and in a microwave oven (FMO). The DNA solutions obtained from different types of leaves samples using the five protocols were assessed in terms of cost, execution time, and quality and yield of extracted DNA. The commercial kit did not extract DNA with sufficient quantity or quality for successful PCR reactions. Among the classic methods, only the protocols of Dellaporta and of Khanuja yielded DNA extractions for all three types of foliar samples that resulted in successful PCR reactions and subsequent enzyme restriction assays. Based on the evaluated variables, the most appropriate DNA extraction method for Nectandra megapotamica (Spreng.) Mez. was that of Dellaporta, regardless of the method used to dry the samples. The selected method has a relatively low cost and total execution time. Moreover, the quality and quantity of DNA extracted using this method was sufficient for DNA sequence a...(AU)

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O objetivo do estudo foi estabelecer um protocolo de isolamento de DNA de Nectandra megapotamica (Spreng.) Mez., capaz de obter amostras de alto rendimento e qualidade para emprego em análises genômicas. Foram testados um kit comercial e quatro métodos clássicos de extração de DNA, incluindo três métodos baseados em brometo de cetiltrimetilamónio (CTAB) e um baseado em dodecil sulfato de sódio (SDS). Três métodos de secagem de amostras de folhas foram também avaliados, incluindo a secagem à temperatura ambiente (RT), em estufa a 40ºC (S40), e em forno microondas (FMO). As soluções de DNA obtidas a partir de diferentes tipos de amostras foliares utilizando os cinco protocolos foram avaliadas em termos de custo, tempo de execução e qualidade e rendimento de DNA extraído. O kit comercial não extraiu DNA com quantidade ou qualidade suficiente para o sucesso das reações de PCR. Entre os métodos clássicos, apenas os protocolos Dellaporta e Khanuja proporcionaram extração de DNA para os três tipos de amostras foliares, que resultaram em reações de PCR e ensaios com enzimas de restrição bem sucedidos. Com base nas variáveis avaliadas, o método de extração de DNA mais apropriado para Nectandra megapotamica (Spreng.) Mez. foi o Dellaporta, independentemente do método utilizado para secar as amostras. O método selecionado apresenta custo e tempo de execução total relativamente baixo. Além...(AU)

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