CTAB methods for DNA extraction of sweetpotato for microsatellite analysis

ABSTRACT

Microsatellite markers have proved to be useful in genetic diversity assessments of sweetpotato (Ipomoea batatas) but practical DNA extraction methods to ensure good quality and quantity DNA for these studies are yet to be established. This study compares the efficiency of three modified methodologies for DNA extraction of six sweetpotato landraces using the CTAB extraction buffer in regard to quantity and purity of DNA quantification and microsatellite band patterns. All methodologies yielded satisfactory results, but the method based in leaf tissue macerated in liquid nitrogen was deemed more adequate because of its simplicity and lower cost. However, the method based in dry leaf tissue was considered more advantageous, first because elicits practicability in the plant acquisition and drying process, especially when the collection is performed in situ, and also because its simplicity makes possible the cold storage of the dry, ground samples for future DNA extractions.

RESUMO

Os marcadores microssatélites são úteis para a análise da diversidade genética de variedades tradicionais de batata-doce (Ipomoea batatas). Para estes estudos, métodos práticos de extração de DNA precisam ser estabelecidos para assegurar uma boa qualidade e quantidade de DNA extraído. Assim, foi comparada a eficiência de três metodologias para extração de DNA usando o tampão de extração CTAB, todas com modificações. Para verificar a quantidade e pureza na quantificação de DNA, bem como o padrão de bandas de microssatélites para as três metodologias utilizaram-se seis etnovariedades de batata-doce. Os testes mostraram que as três metodologias apresentaram resultados satisfatórios. Uma das metodologias baseada em tecido foliar macerado em nitrogênio líquido mostrou-se a mais adequada devido à simplicidade e menor custo. Entretanto, o método baseado em tecido foliar seco foi o mais vantajoso devido à praticidade na aquisição da planta e no processo de secagem, principalmente quando a coleção encontra-se em condições in situ, e pela possibilidade do armazenamento refrigerado das amostras secas e maceradas para futuras extrações de DNA.