Comparative evaluation of conventional RT-PCR and real-time RT-PCR (RRT-PCR) for detection of avian metapneumovirus subtype A

ABSTRACT

Avian metapneumovirus (AMPV) belongs to Metapneumovirus genus of Paramyxoviridae family. Virus isolation, serology, and detection of genomic RNA are used as diagnostic methods for AMPV. The aim of the present study was to compare the detection of six subgroup A AMPV isolates (AMPV/A) viral RNA by using different conventional and real time RT-PCR methods. Two new RT-PCR tests and two real time RT-PCR tests, both detecting fusion (F) gene and nucleocapsid (N) gene were compared with an established test for the attachment (G) gene. All the RT-PCR tested assays were able to detect the AMPV/A. The lower detection limits were observed using the N-, F- based RRT-PCR and F-based conventional RT-PCR (10(0.3) to 10¹ TCID50 mL-1). The present study suggests that the conventional F-based RT-PCR presented similar detection limit when compared to N- and F-based RRT-PCR and they can be successfully used for AMPV/A detection.

RESUMO

O metapneumovírus aviário (AMPV) pertence ao gênero Metapneumovirus, família Paramyxoviridae. Isolamento viral, sorologia e detecção do RNA genômico são atualmente as técnicas utilizadas para o diagnóstico desse agente. O objetivo do presente estudo foi comparar a detecção de RNA viral de seis isolados de AMPV, subtipo A (AMPV/A), utilizando diferentes métodos de RT-PCR convencional e real time RT-PCR (RRT-PCR). Duas novas técnicas de RT-PCR convencional e duas técnicas de RRT-PCR, ambas para a detecção dos genes da nucleoproteína (N) e da proteína de fusão (F), foram comparadas com um RT-PCR previamente estabelecido para a detecção do AMPV (gene da glicoproteína -G). Todos esses métodos foram capazes de detectar os isolados AMPV/A. As técnicas RRT-PCR (genes F e N) mostraram os menores limites de detecção (10(0.3) to 10¹ TCID50 mL-1). Os resultados sugerem que as técnicas RT-PCR convencional (gene F) e as técnicas de RRT-PCR (gene F e N) desenvolvidas no presente estudo podem ser utilizadas com sucesso para a detecção do AMPV/A. Além disso, o RRT-PCR gera resultados rápidos e sensíveis, o que o torna uma ferramenta alternativa para o isolamento viral.