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The influence of primer choice on archaeal phylogenetic analyses based on 16S rRNA gene PCR / A influência da escolha de iniciadores na filogenia de Archaea em ensaios de PCR para o gene rRNA 16S
Belmok, A; Rodrigues-Oliveira, T; Lopes, F. A. C; Kruger, R. H; Kyaw, C. M.
Afiliação
  • Belmok, A; Universidade de Brasília – UnB. Instituto de Ciências Biológicas. Departmento de Biologia Celular. Brasília, DF. BR
  • Rodrigues-Oliveira, T; Universidade de Brasília – UnB. Instituto de Ciências Biológicas. Departmento de Biologia Celular. Brasília, DF. BR
  • Lopes, F. A. C; Universidade Federal do Tocantins – UFT. Laboratório de Microbiologia. Porto Nacional. BR
  • Kruger, R. H; Universidade de Brasília – UnB. Instituto de Ciências Biológicas. Departmento de Biologia Celular. Brasília, DF. BR
  • Kyaw, C. M; Universidade de Brasília – UnB. Instituto de Ciências Biológicas. Departmento de Biologia Celular. Brasília, DF. BR
Braz. j. biol ; 83: 1-8, 2023. tab, graf, ilus
Article em En | LILACS, VETINDEX | ID: biblio-1468936
Biblioteca responsável: BR68.1
Localização: BR68.1
ABSTRACT
Polymerase chain reaction (PCR) assays targeting 16S rRNA genes followed by DNA sequencing are still important tools to characterize microbial communities present in environmental samples. However, despite the crescent number of deposited archaeal DNA sequences in databases, until now we do not have a clear picture of the effectiveness and specificity of the universal primers widely used to describe archaeal communities from different natural habitats. Therefore, in this study, we compared the phylogenetic profile obtained when Cerrado lake sediment DNA samples were submitted to 16S rDNA PCR employing three Archaea-specific primer sets commonly used. Our findings reveal that specificity of primers differed depending on the source of the analyzed DNA. Furthermore, archaeal communities revealed by each primer pair varied greatly, indicating that 16S rRNA gene primer choice affects the community profile obtained, with differences in both taxon detection and operational taxonomic unit (OTU) estimates.
RESUMO
A amplificação de genes que codificam o rRNA 16S por reação em cadeia da polimerase (PCR) e o seu sub sequentesequenciamento consistem em uma ferramenta importante na caracterização de comunidades microbianas presentes em amostras ambientais. No entanto, apesar do crescente número de sequências de DNA de Archaea depositadas em bancos de dados, a especificidade e efetividade dos iniciadores de PCR descritos como universais e amplamente utilizados na descrição desse grupo ainda não está clara. Neste estudo foram comparados os perfis filogenéticos de comunidades de arqueias obtidos a partir amostras de DNA de sedimentos lacustres do Cerrado submetidas a ensaios de PCR empregando três pares de iniciadores específicos para Archaea, comumente utilizados neste tipo de estudo. Nossos resultados indicam que as comunidades de arqueias detectadas com cada par de iniciadores apresentaram grande variação filogenética, sugerindo que a escolha de iniciadores dirigidos ao gene de rRNA 16S tem efeito significativo no perfil da comunidade descrita, com diferenças tanto em relação aos táxons detectados, como nas estimativas de unidades taxonômicas operacionais (OTU).
Assuntos
Palavras-chave

Texto completo: 1 Base de dados: VETINDEX / LILACS Idioma: En Revista: Braz. J. Biol. / Braz. j. biol Ano de publicação: 2023 Tipo de documento: Article

Texto completo: 1 Base de dados: VETINDEX / LILACS Idioma: En Revista: Braz. J. Biol. / Braz. j. biol Ano de publicação: 2023 Tipo de documento: Article