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Tese em Português | VETTESES | ID: vtt-216886

Resumo

Esta tese foi organizada em dois capítulos, ambos avaliando o microbioma fecal de animais acometidos por enfermidades entéricas. O primeiro capítulo teve o objetivo de avaliar a microbiota das fezes coletada de animais à campo com disenteria suína. Foi aplicada a técnica de sequenciamento de nova geração da região hipervariável V4 do rRNA 16S em fezes de 37 animais negativos e 32 animais positivos para B. hyodysenteriae, obtidas de submissões diagnósticas que ocorreram entre 2012 e 2016. O gênero foi o único grau taxonômico com diferenças significativas, observando-se maior abundância relativa de Anaerovorax, Mogibacterium e p-75-a5 em animais positivos e Bifidobacterium, Coprococcus, Dialister, Fibrobacter, Rummeliibacillus e Streptococcus em animais negativos. O segundo capítulo teve como objetivo avaliar o quadro clínico, alterações anatomopatológicas, eliminação nas fezes e o microbioma intestinal de animais inoculados por Brachyspira hyodysenteriae e Lawsonia intracellularis, em infecção individual e coinfecção. Foram utilizados 45 leitões de cinco semanas de idade separados em quatro grupos: coinfecção (Brachyspira hyodysenteriae e Lawsonia intracellularis), B. hyodysenteriae, L. intracellularis e controle negativo. Utilizando o método "Fusion" pelo kit Ion Torrent 16S Metagenomics, o DNA extraído das fezes dos dias -5 e 21 foram amplificados com alvo na região hipervariável V4 do gene 16S rRNA e sequenciados associado a avaliação clinica e anatomopatológica completa, qPCR, imuno-histoquímica e isolamento bacteriano. O grupo coinfecção apresentou um quadro mais grave quanto início dos sinais clínicos, número de animais afetados e gravidade das lesões macro e microscópicas. Foi possível observar maior abundância relativa com diferença estatística em comparação com os demais grupos para os gêneros Prevotella, Anaerovibrio, Bacteroides, Butyricimonas, Desulfovibrio, Fusobacterium e p75-a5 no grupo CO, maior abundância de Clostridium no grupo BRA. No grupo LAW, Megasphaera e Dialister foram estatisticamente significantes e Odoribacter para o grupo NEG. É possível concluir que existe uma alteração da microbiota à nível de gênero em animais naturalmente e experimentalmente infectados com diferenças significativas quanto à expressão do quadro clinico em animais do grupo coinfecção

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The thesis was organized in two chapters, in both chapters fecal microbioma in pigs affected by enteric diseases was evaluated. The first chapter aimed to assess the fecal microbioma from animals in herds affected with swine dysentery. The new generation sequencing of 16S rRNA region was applied in 37 negative and 32 positive B. hyodysenteriae pig feces submitted to the diagnostic laboratory between 2012 and 2016. The genus was the only taxonomic level with significant differences between negative and positive animals. Relative great abundance of Anaerovorax, Mogibacterium and p-75-a5 was observed in B. hyodysenteriae positive pigs and Bifidobacterium, Coprococcus, Dialister, Fibrobacter, Rummeliibacillus and Streptococcus in negative animals. The second chapter aimed to evaluate clinical signs, anatomopathological changes, fecal shedding and intestinal microbioma composition of animals inoculated with either B. hyodysenteriae or Lawsonia intracellularis and both agents. Forty-five-week-old piglets were divided in four groups: co-infection with B. hyodysenteriae and L. intracellularis, B. hyodysenteriae alone, L. intracellularis alone and negative control. Using the "Fusion" method by Ion Torrent 16S Metagenomics kit, the DNA extracted from feaces in (-5) and (21) dpi were amplified and sequenced using V4 region of 16S rRNA region. The clinical and anatomopathological evaluation, qPCR, immunohistochemistry and bacterial isolation were also performed and significant differences were observed among groups. The beginning of clinical signs, number of affected animals and severity of macro and microscopic lesions were higher in the co-infected group coinfection. It was possible to observe greater relative abundance with statistical difference in comparison with the other groups for the genera Prevotella, Anaerovibrio, Bacteroides, Butyricimonas, Desulfovibrio, Fusobacterium and p75-a5 in the CO group, a greater abundance of Clostridium in BRA group. In the LAW group, Megasphaera and Dialister were statistically significant and Odoribacter for the NEG group. It is possible to conclude that there is a change in the microbiota at the genus level in naturally and experimentally infected animals and for experimentally inoculated animals there are significant differences regarding the expression of the clinical signs in animals from the coinfection group.

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