SNPs E MICROSSATÉLITES NA CARACTERIZAÇÃO RACIAL E DE RESISTÊNCIA A ENFERMIDADES EM BOVINOS DA RAÇA CURRALEIRO PÉ-DURO
Thesis
em Pt
| VETTESES
| ID: vtt-217599
Biblioteca responsável:
BR68.1
RESUMO
A raça bovina local brasileira Curraleiro Pé-Duro é patrimônio genético importante que tem como características rusticidade, adaptabilidade às condições ambientais e resistência a doenças e intoxicações. Objetivou-se com esse estudo observar a variabilidade genética em populações de Curraleiro Pé-Duro, verificando a ocorrência de polimorfismos em marcadores SNP e microssatélites para caracterização racial e resistência a infeções por Brucella abortus, Leptospira spp, Neospora caninum, e pelos vírus da leucose, rinotraqueite infecciosa e diarreia viral bovina. Foram utilizadas 1.182 amostras de soro e sangue de bovinos Curraleiro Pé-Duro, oriundos dos estados de Goiás, Tocantins e Piauí, pertencentes ao banco de dados da Rede Pró-Centro-Oeste. O DNA foi obtido por método de extração salting out modificado e as reações em cadeia da polimerase (PCR) foram realizadas em sistema multiplex. Foram utilizados 27 marcadores de caracterização racial indicados pela FAO e 13 marcadores relacionados aos genes do complexo antígeno leucocitário bovino (BoLA) e ao SLC11A1. Os produtos de PCR foram separados por eletroforese em sequenciador automático ABI3500 e genotipados com auxílio do software GeneMapper. Foram investigados 24 polimorfismos de base única (SNP) nas mesmas amostras, detectados por meio da técnica de KASP (Kompetitive Allele-Specific PCR). Os SNPs foram pesquisados em genes relacionados à expressão de citocinas (integrina, interleucina, toll like receptor e nod like receptors), comumente associados à resistência ou suscetibilidade a enfermidades parasitárias, bacterianas e virais. A análise Bayesiana agrupou os animais em dois clusters em ambas análises de microssatélites, indicando a presença de uma subpopulação. Os valores de heterozigosidade observada foram inferiores à esperada na maioria dos locos e os Fst indicaram pouca diferenciação entre os clusters, sugerindo homozigotia aumentada. Foi realizada análise univariada para associação dos genótipos com os fenótipos, seguida de regressão logística considerando nível de significância de 5% ao teste de Fisher. Foram identificados 42 alelos significativos (p<0,05) para as infecções, indicando ter importante papel na resposta imune do hospedeiro. Todos os microssatélites analisados mostraram-se informativos. Os haplótipos dos SNPs rs55617325, rs55617286, rs55617437 e rs43702941, presentes no cromossomo 6, foram associados a animais negativos contra Neospora caninum, podendo ser indicativos de uma resistência inata ao patógeno. Os alelos identificados podem ser utilizados em pesquisas futuras sobre a resistência bovina.
ABSTRACT
The Brazilian cattle breed Curraleiro Pé-Duro is an important genetic resource by the characteristics of rusticity, adaptability to environmental conditions and resistance to diseases and intoxications. The aim of this study was to analyse the genetic diversity of Curraleiro Pé-Duro populations and verify the presence of SNPs and microsatellite polymorphisms for breed characterization and disease resistance to Brucella abortus, Leptospira spp, Neospora caninum, leukosis virus, herpesvirus and diarrhea viral infections. A total of 1.182 serum and blood samples of Curraleiro Pé-Duro cattle, from Goiás, Tocantins and Piauí states, belonging to the Pro-Centro-Oeste Network database were used. DNA was obtained by modified salting out extraction method and polymerase chain reactions (PCR) were performed in a multiplex system. A panel of 27 markers of breed characterization indicated by FAO and 13 markers related to the bovine leukocyte antigen (BoLA) and SLC11A gene were used. PCR products were separated by eletroforesis in an ABI3500 automatic sequencer and genotyped on GeneMapper software. Twenty-four single-base polymorphisms (SNPs) were investigated in the same samples, detected by KASP (Kompetitive Allele-Specific PCR). SNPs were investigated in genes related to the expression of cytokines (integrin, interleukin, toll like receptor and nod-like receptors), commonly associated with resistance or susceptibility to parasitic, bacterial and viral diseases. Bayesian analysis grouped the animals into two clusters in both microsatellite analyzes, indicating the presence of a subpopulation. The observed heterozygosity were lower than expected in most loci and and Fst values indicated little differentiation between clusters and increased homozygosity. Univariate analysis was performed for the association of genotypes with phenotypes, followed by logistic regression considering a significance level of 5% for the Fisher test. We identified 42 significant alleles (p <0.05) for infections that play an important role in the host immune response. All microsatellites were informative. SNP haplotypes rs55617325, rs55617286, rs55617437 e rs43702941, present on chromosome 6, were associated with negative animals against Neospora caninum and could be indicative of an innate resistance to the pathogen. The identified alleles can be used in future research on bovine resistance.
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VETTESES
Idioma:
Pt
Ano de publicação:
2018
Tipo de documento:
Thesis