PREVALÊNCIA, DIVERSIDADE E CARACTERIZAÇÃO GENÔMICA DE CEPAS DE Enterobacteriaceae ESBL/AmpC ISOLADAS DE FRANGOS DE CORTE DO PARANÁ, BRASIL

RESUMO

A avicultura paranaense contribui com uma fração importante do PIB estadual e das exportações nacionais de commodities. O Brasil é o maior exportador de carne de frangos no mundo, e o Paraná é o estado que mais exporta no País. Dentro da cadeia produtiva avícola, monitoram-se vários potenciais agentes patogênicos, e os mais importantes são bactérias da família Enterobacteriaceae. Nesta família, incluem-se gêneros que abrigam cepas patogênicas como E. coli, Klebsiella sp. e Salmonella spp. e que têm causado preocupação mundial nos últimos tempos, devido à crescente resistência a antibióticos, com implicações na saúde humana, animal e ambiental. No presente estudo, objetivou-se avaliar genotipicamente e fenotipicamente a resistência a antimicrobianos de cepas de E. coli, Klebsiella sp. e Salmonella isoladas de frangos de corte de diferentes granjas no estado do Paraná. Foram isoladas cepas de Enterobacteriaceae de 160 swabs cloacais de frangos de corte em oito granjas, pertencentes a quatro empresas, em quatro diferentes cidades do Estado do Paraná. Os isolados foram submetidos a teste de sensibilidade aos antimicrobianos (AST) e os isolados de E. coli ESBL/AmpC foram sequenciados em todo o genoma e submetidos a S1-PFGE seguido por Southern blotting para determinar a localização de genes resistentes em plasmídeos. A resistência em isolados (ESBL/AmpC) de E. coli patogênica aviária (APEC) e não-APEC também foi comparada.. Foi encontrada resistência a múltiplos antibióticos, incluindo as classes mais utilizadas na terapia antimicrobiana em animais e em seres humanos. A filogenética bacteriana demonstrou a presença de clones bacterianos em diferentes granjas, indicando transmissão de cepas resistentes entre granjas de diferentes empresas e em diferentes cidades. A dominância da linhagem ST224 de E. coli e do plasmídeo IncF / blaCTX-M-55 pode indicar a emergência de clones e plasmídeos adaptados a frangos de corte. Os dados obtidos contribuem para o rastreamento epidemiológico dos mecanismos de resistência em Enterobacteriaceae isoladas de frango e para traz novos achados para embasar futuros estudos em Saúde Única para o controle da disseminação de bactérias resistentes dos animais para humanos.

ABSTRACT

Poultry farming in Paraná contributes with an important fraction of the state's GDP and national exports of commodities. Brazil is the largest exporter of chicken meat in the world, and Paraná is the state that exports the most in the country. Within the poultry production chain, several potential pathogens are monitored, and the most important are bacteria of the Enterobacteriaceae family. This family includes genera that harbor pathogenic strains such as E. coli, Klebsiella sp. and Salmonella spp. and that have caused worldwide concern in recent times, due to increasing resistance to antibiotics, with implications for human, animal and environmental health. In the present study, the objective was to evaluate genotypically and phenotypically the antimicrobial resistance of E. coli, Klebsiella sp. and Salmonella isolated from broiler chickens from different farms in the state of Paraná. Enterobacteriaceae strains were isolated from 160 broiler broiler swabs in eight farms belonging to four companies in four different cities in the State of Paraná. Isolates were subjected to antimicrobial susceptibility testing (AST) and E. coli ESBL/AmpC isolates were sequenced throughout the genome and subjected to S1-PFGE followed by Southern blotting to determine the location of resistant genes in plasmids. Resistance in isolates (ESBL/AmpC) of avian pathogenic E. coli (APEC) and non-APEC were also compared. Resistance to multiple antibiotics was found, including the classes most used in antimicrobial therapy in animals and humans. Bacterial phylogenetics showed the presence of bacterial clones in different farms, indicating transmission of resistant strains between farms of different companies and in different cities. The dominance of the ST224 strain of E. coli and the plasmid IncF/blaCTX-M-55 may indicate the emergence of clones and plasmids adapted to broiler chickens. The data obtained contribute to the epidemiological tracking of resistance mechanisms in Enterobacteriaceae isolated from broiler chickens and brings new findings to support future studies in One Health to control the spread of resistant bacteria from animals to humans.