Filogenia de vírus da raiva isolados de morcegos frugívoros do gênero Artibeus e relacionados a morcegos hematófagos com base nos genes codificadores da nucleoproteína N e glicoproteína G / Phylogeny of rabies virus strains from Artibeus spp. and Desmodus rotundus bats based on the nucleoprotein and glycoprotein genes

RESUMO

Morcegos vêm recebendo crescente importância em Saúde Pública, pois são os principais reservatórios para a raiva em diversas partes do mundo. Estudos filogenéticos baseados no gene N demonstraram que os vírus da raiva (RABV) encontrados em morcegos frugívoros Artibeus spp. são próximos àqueles associados ao morcego hematófago Desmodus rotundus, mas pouco se conhece sobre a diversidade genética do RABV nestes morcegos. Este estudo teve como objetivos avaliar a filogenia de linhagens do RABV variante três (AgV3) relacionadas a morcegos Artibeus spp. e D. rotundus, com base em sequências do gene N e do gene G, e a possibilidade de distinção entre isolados de vírus da raiva detectadas em Artibeus spp. e D. rotundus para a epidemiologia molecular da raiva. Vinte amostras do RABV isoladas de Artibeus spp. e 15 obtidas de bovinos e relacionadas ao D. rotundus, todos do Estado de São Paulo, Brasil, foram submetidas a RT -PCRs, e os amplicons gerados submetidos ao sequenciamento de DNA, e as sequências alinhadas com sequências homólogas obtidas do GenBank para a construção de árvores Neighbor-Joining de nucleotídeos (modelo MCL) e aminoácidos (modelo Poisson), utilizando European bat lyssavirus 1 (EBLV1) como outgroup. A árvore filogenética gerada para o gene N demonstrou a formação de três grupos apoiados em bootstraps de no mínimo 60%. Estes grupos foram denominados como grupo D, exclusivamente com isolados relacionadas ao D. rotundus e A1 e A2 principalmente com isolados de Artibeus spp., enquanto que para o gene G, segregaram em duas linhagens, ou seja, relacionadas ao D. rotundus (grupo D) e relacionadas ao Artibeus spp. (grupo A). Para todos os grupos as identidades de aminoácidos foram superiores às de nucleotídeos, uma indicação da predominância de substituições sinônimas. Concluindo, padrões gênero-específicos para isolados do RABV AgV3 foram detectados em D. rotundus e Artibeus spp., com uma topologia concordante para linhagens fixas em cada um destes quirópteros. Estes resultados mostram uma intrincada relação com o hospedeiro na história evolutiva do RABV, sob o ponto de vista básico, como também a determinação das fontes de infecções na epidemiologia molecular da raiva

ABSTRACT

Bats have been assigned an increasing importance in Public Health as these are the main rabies reservoirs in many parts of the world. Phylogenetic studies based on the N gene have shown that rabies virus (RABV) strains from Artibeus spp. frugivorous bats are closely associated to those from the vampire bat Desmodus rotudus, but little is known about the genetic diversity of RABV in these bats. This study aimed to assess the phylogeny of RABV strains from the antigenic variant 3 (AgV3) from these bats based on N and G sequences and to evaluate the possibility of distinction between RABV lineages of these for the molecular epidemiology of rabies. Twenty RABV strains isolated from Artibeus spp. bats and 15 obtained from cattle and related to D. rotundus, all from Sao Paulo State, Brazil, were submitted to RT-PCRs to the N and G genes amplifications and the amplicons were submitted to cycle sequencing; the sequences were aligned with homologous sequences retrieved from the Genbank for the construction of Neighbor-Joining trees for nucleotides (MCL model) and amino acids (Poisson model) with European bat lyssavirus 1 (EBLV1) as outgroup. N gene tree showed three major clusters with bootstraps 60% and named as clusters D, exclusively with strains related to D. rotundus and A1 and A2, chiefly with Artibeus spp. strains while for the G gene only two lineages, i.e., D. rotundus related (cluster D) and Artibeus-related (cluster A) were formed. For all the groups the amino acids identities were superior to the nucleotides identities, an indication of the predominance of synonymous substitutions. As a conclusion, genus specific lineages of AgV3 RABV have been detected in D. rotundus and Artibeus spp. bats with a concordant topology for fixed strains for each of these two bat genus. These results not only show an intricate host-relationship of RABV evolutionary history on the basic point of view, but have an invaluable application for the determination of sources of infections in rabies molecular epidemiology