Detalhe da pesquisa
1.
OMA orthology in 2024: improved prokaryote coverage, ancestral and extant GO enrichment, a revamped synteny viewer and more in the OMA Ecosystem.
Nucleic Acids Res
; 52(D1): D513-D521, 2024 Jan 05.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37962356
2.
OMAMO: orthology-based alternative model organism selection.
Bioinformatics
; 38(10): 2965-2966, 2022 05 13.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35561194
3.
OMA orthology in 2021: website overhaul, conserved isoforms, ancestral gene order and more.
Nucleic Acids Res
; 49(D1): D373-D379, 2021 01 08.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33174605
4.
OMA standalone: orthology inference among public and custom genomes and transcriptomes.
Genome Res
; 29(7): 1152-1163, 2019 07.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31235654
5.
The Quest for Orthologs benchmark service and consensus calls in 2020.
Nucleic Acids Res
; 48(W1): W538-W545, 2020 07 02.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32374845
6.
The OMA orthology database in 2018: retrieving evolutionary relationships among all domains of life through richer web and programmatic interfaces.
Nucleic Acids Res
; 46(D1): D477-D485, 2018 01 04.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-29106550
7.
Standardized benchmarking in the quest for orthologs.
Nat Methods
; 13(5): 425-30, 2016 05.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-27043882
8.
Orthologous Matrix (OMA) algorithm 2.0: more robust to asymmetric evolutionary rates and more scalable hierarchical orthologous group inference.
Bioinformatics
; 33(14): i75-i82, 2017 Jul 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-28881964
9.
The OMA orthology database in 2015: function predictions, better plant support, synteny view and other improvements.
Nucleic Acids Res
; 43(Database issue): D240-9, 2015 Jan.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-25399418
10.
Fifteen years SIB Swiss Institute of Bioinformatics: life science databases, tools and support.
Nucleic Acids Res
; 42(Web Server issue): W436-41, 2014 Jul.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-24792157
11.
Resolving the ortholog conjecture: orthologs tend to be weakly, but significantly, more similar in function than paralogs.
PLoS Comput Biol
; 8(5): e1002514, 2012.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-22615551
12.
OMA 2011: orthology inference among 1000 complete genomes.
Nucleic Acids Res
; 39(Database issue): D289-94, 2011 Jan.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-21113020
13.
DrosOMA: the Drosophila Orthologous Matrix browser.
F1000Res
; 12: 936, 2023.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38434623
14.
Phylogenetic and functional assessment of orthologs inference projects and methods.
PLoS Comput Biol
; 5(1): e1000262, 2009 Jan.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-19148271
15.
How to build phylogenetic species trees with OMA.
F1000Res
; 9: 511, 2020.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35722083
16.
Inferring Orthology and Paralogy.
Methods Mol Biol
; 1910: 149-175, 2019.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31278664
17.
Speeding up all-against-all protein comparisons while maintaining sensitivity by considering subsequence-level homology.
PeerJ
; 2: e607, 2014.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-25320677
18.
Inferring hierarchical orthologous groups from orthologous gene pairs.
PLoS One
; 8(1): e53786, 2013.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-23342000
19.
The impact of gene duplication, insertion, deletion, lateral gene transfer and sequencing error on orthology inference: a simulation study.
PLoS One
; 8(2): e56925, 2013.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-23451112
20.
Inferring orthology and paralogy.
Methods Mol Biol
; 855: 259-79, 2012.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-22407712