Genomic and phylogenetic characterisation of an imported case of SARS-CoV-2 in Amazonas State, Brazil.

A new coronavirus [severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)] is currently causing a life-threatening pandemic. In this study, we report the complete genome sequencing and genetic characterisation of a SARS-CoV-2 detected in Manaus, Amazonas, Brazil, and the protocol we designed to generate high-quality SARS-CoV-2 full genome data. The isolate was obtained from an asymptomatic carrier returning from Madrid, Spain. Nucleotide sequence analysis showed a total of nine mutations in comparison with the original human case in Wuhan, China, and support this case as belonging to the recently proposed lineage A.2. Phylogeographic analysis further confirmed the likely European origin of this case. To our knowledge, this is the first SARS-CoV-2 genome obtained from the North Brazilian Region. We believe that the information generated in this study may contribute to the ongoing efforts toward the SARS-CoV-2 emergence.

Genomic and phylogenetic characterisation of an imported case of SARS-CoV-2 in Amazonas State, Brazil

A new coronavirus [severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)] is currently causing a life-threatening pandemic. In this study, we report the complete genome sequencing and genetic characterisation of a SARS-CoV-2 detected in Manaus, Amazonas, Brazil, and the protocol we designed to generate high-quality SARS-CoV-2 full genome data. The isolate was obtained from an asymptomatic carrier returning from Madrid, Spain. Nucleotide sequence analysis showed a total of nine mutations in comparison with the original human case in Wuhan, China, and support this case as belonging to the recently proposed lineage A.2. Phylogeographic analysis further confirmed the likely European origin of this case. To our knowledge, this is the first SARS-CoV-2 genome obtained from the North Brazilian Region. We believe that the information generated in this study may contribute to the ongoing efforts toward the SARS-CoV-2 emergence.

Caracterização genética do SARS-COV-2 no Amazonas

Introdução: Os coronavírus são vírus pertencentes à família Coronaviridae e podem infectar mais de 200 espécies de hospedeiros vertebrados diferentes, causando principalmente manifestações clínicas. Dois coronavírus já foram responsáveis por ocasionar surtos no mundo, sendo eles o SARS-CoV (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus) e MERS-CoV (Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus). Em dezembro de 2019 diversos casos de pneumonia sem etiologia conhecida foram notificados na cidade de Wuhan, na China. Análises genômicas de amostras desses pacientes identificaram a presença de um novo Coronavírus nomeado SARS-CoV-2 (Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus 2). A doença causada pelo SARS-CoV-2 foi denominada COVID-19 (Coronavirus disease 2019) e pode causar sintomas como febre, tosse, fadiga, dor de garganta, cefaleia, dificuldade para respirar, diarreia, perda do olfato ou paladar. Em 11 de março de 2020, a OMS (Organização Mundial de Saúde) declarou a COVID-19 como pandemia. O SARS-CoV-2 é um vírus envelopado e esférico, seu genoma é RNA fita simples linear de polaridade positiva. Até o presente momento, existem mais de 770 milhões de casos confirmados e mais de 6 milhões de óbitos no mundo. No Brasil, o número de casos confirmados é de aproximadamente 37 milhões e mais de 705 mil óbitos. No Amazonas, foram confirmados mais de 638 mil casos e mais de 14 mil óbitos (dados obtidos em 10 de outubro de 2023). Objetivo: Diante desse cenário, o objetivo deste trabalho foi descrever a introdução e a dinâmica de circulação das linhagens de SARS-CoV-2 no estado do Amazonas no período de março de 2020 a janeiro de 2021. Metodologia: Para isso, o genoma completo viral foi recuperado através de um protocolo inhouse utilizando a plataforma Illumina. As linhagens de SARS-CoV-2 definidas, identificamos as mutações no genoma dos vírus detectados e caracterizamos a dispersão viral no estado. Resultados: A análise genômica e epidemiológica de 250 genomas de SARS-CoV-2, verificou-se que o primeiro abrupto dos casos se deu principalmente pela dispersão da linhagem B.1.195, que posteriormente foi substituída pela linhagem B.1.1.28. A ocorrência da segunda onda no Amazonas coincidiu com o surgimento da Variante de Preocupação (VOC) P.1 (Gamma). Conclusão: Esses resultados possibilitam maior compreensão sobre a disseminação do SARS-CoV-2 e os mecanismos envolvidos nas ondas da COVID-19.