Positive selection underlies repeated knockout of ORF8 in SARS-CoV-2 evolution.

Knockout of the ORF8 protein has repeatedly spread through the global viral population during SARS-CoV-2 evolution. Here we use both regional and global pathogen sequencing to explore the selection pressures underlying its loss. In Washington State, we identified transmission clusters with ORF8 knockout throughout SARS-CoV-2 evolution, not just on novel, high fitness viral backbones. Indeed, ORF8 is truncated more frequently and knockouts circulate for longer than for any other gene. Using a global phylogeny, we find evidence of positive selection to explain this phenomenon: nonsense mutations resulting in shortened protein products occur more frequently and are associated with faster clade growth rates than synonymous mutations in ORF8. Loss of ORF8 is also associated with reduced clinical severity, highlighting the diverse clinical impacts of SARS-CoV-2 evolution.

Lebanon's experience in surveillance of communicable diseases during a mass gathering: Sixth Francophone Games, 2009

In 2009, Lebanon hosted the 6th Francophone Games. Pandemic A[H1N1]2009 virus presented significant health threat at the time. A surveillance strategy was implemented for the timely detection and management of epidemiological events and outbreaks, in particular for A[H1N1]2009 virus cases. Data were collected and managed daily and feedback was generated through daily bulletins. A total of 299 medical consultations were reported, 29% of which related to infectious diseases. There were 10 cases reported as acute respiratory infections; all tested negative for A[H1N1]2009 virus within 24 hours. Twenty-three cases of gastroenteritis were reported, for which 11 stool cultures were negative. While pandemic A[H1N1]2009 did not interfere with the Games, it was essential to strengthen surveillance and to have timely epidemiological information. This was achieved through preparedness, a multi-disciplinary approach, timely management and coordination

En 2009, le Liban a accueilli la sixième édition des Jeux de la Francophonie. Le virus pandémique A[H1N1] 2009 représentait une menace sanitaire majeure à l'époque. Une stratégie de surveillance a été mise en place en vue d'une détection et d'une prise en charge rapides des événements épidémiologiques et des flambées, notamment de cas de virus A[H1N1]2009. Les données ont été collectées et gérées sur une base journalière, et une rétroinformation était générée au moyen de bulletins quotidiens. Un total de 299 consultations médicales a été rapporté, dont 29% en rapport avec des maladies infectieuses. Dix cas d'infections respiratoires aiguës ont été notifiés. Tous se sont révélés négatifs au test de recherche du virus A[H1N1] 2009 réalisé sous 24h. Vingt-trois cas de gastroentérite ont été signalés, pour lesquels 11 coprocultures se sont révélées négatives. Si la pandémie A[H1N1] 2009 n'a pas impacté les Jeux, il était essentiel de renforcer la surveillance et de mettre en place un système d'information épidémiologique rapide. Ces objectifs ont été atteints au moyen d'une préparation, d'une approche multidisciplinaire, ainsi que d'une prise en charge et d'une coordination rapides