Detalhe da pesquisa
1.
Gain-loss-duplication models for copy number evolution on a phylogeny: Exact algorithms for computing the likelihood and its gradient.
Theor Popul Biol
; 145: 80-94, 2022 06.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35314171
2.
Non-identifiability of identity coefficients at biallelic loci.
Theor Popul Biol
; 92: 22-9, 2014 Mar.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-24269334
3.
Joint genotype inference with germline and somatic mutations.
BMC Bioinformatics
; 14 Suppl 5: S3, 2013.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-23734724
4.
A detailed history of intron-rich eukaryotic ancestors inferred from a global survey of 100 complete genomes.
PLoS Comput Biol
; 7(9): e1002150, 2011 Sep.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-21935348
5.
Count: evolutionary analysis of phylogenetic profiles with parsimony and likelihood.
Bioinformatics
; 26(15): 1910-2, 2010 Aug 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-20551134
6.
Streamlining and large ancestral genomes in Archaea inferred with a phylogenetic birth-and-death model.
Mol Biol Evol
; 26(9): 2087-95, 2009 Sep.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-19570746
7.
Reconsidering the significance of genomic word frequencies.
Trends Genet
; 23(11): 543-6, 2007 Nov.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-17964682
8.
A glimpse of a putative pre-intron phase of eukaryotic evolution.
Trends Genet
; 23(3): 105-8, 2007 Mar.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-17239982
9.
Extremely intron-rich genes in the alveolate ancestors inferred with a flexible maximum-likelihood approach.
Mol Biol Evol
; 25(5): 903-11, 2008 May.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-18296415
10.
Malin: maximum likelihood analysis of intron evolution in eukaryotes.
Bioinformatics
; 24(13): 1538-9, 2008 Jul 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-18474506
11.
In search of lost introns.
Bioinformatics
; 23(13): i87-96, 2007 Jul 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-17646350
12.
Splice Sites Seldom Slide: Intron Evolution in Oomycetes.
Genome Biol Evol
; 8(8): 2340-50, 2016 08 25.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-27412607
13.
Fast recovery of evolutionary trees with thousands of nodes.
J Comput Biol
; 9(2): 277-97, 2002.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-12015882
14.
Pooled Genomic Indexing (PGI): analysis and design of experiments.
J Comput Biol
; 11(5): 1001-21, 2004.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-15700414
15.
Maximum-scoring segment sets.
IEEE/ACM Trans Comput Biol Bioinform
; 1(4): 139-50, 2004.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-17051696
16.
Clone-array pooled shotgun mapping and sequencing: design and analysis of experiments.
Genome Inform
; 14: 186-95, 2003.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-15706533
17.
Whence genes in pieces: reconstruction of the exon-intron gene structures of the last eukaryotic common ancestor and other ancestral eukaryotes.
Wiley Interdiscip Rev RNA
; 4(1): 93-105, 2013.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-23139082
18.
Evolution of divergent life history strategies in marine alphaproteobacteria.
mBio
; 4(4)2013 Jul 09.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-23839216
19.
On the estimation of intron evolution.
PLoS Comput Biol
; 2(7): e84; author reply e83, 2006 Jul 28.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-16863393
20.
Origin and evolution of spliceosomal introns.
Biol Direct
; 7: 11, 2012 Apr 16.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-22507701