Detalhe da pesquisa
1.
Can AlphaFold's breakthrough in protein structure help decode the fundamental principles of adaptive cellular immunity?
Nat Methods
; 21(5): 766-776, 2024 May.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38654083
2.
Ultrahigh frequencies of peripherally matured LGI1- and CASPR2-reactive B cells characterize the cerebrospinal fluid in autoimmune encephalitis.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 121(7): e2311049121, 2024 Feb 13.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38319973
3.
The Patent and Literature Antibody Database (PLAbDab): an evolving reference set of functionally diverse, literature-annotated antibody sequences and structures.
Nucleic Acids Res
; 52(D1): D545-D551, 2024 Jan 05.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37971316
4.
It is theoretically possible to avoid misfolding into non-covalent lasso entanglements using small molecule drugs.
PLoS Comput Biol
; 20(3): e1011901, 2024 Mar.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38470915
5.
Paragraph-antibody paratope prediction using graph neural networks with minimal feature vectors.
Bioinformatics
; 39(1)2023 01 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36370083
6.
SAbDab in the age of biotherapeutics: updates including SAbDab-nano, the nanobody structure tracker.
Nucleic Acids Res
; 50(D1): D1368-D1372, 2022 01 07.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34986602
7.
A Functional Bayesian Model for Hydrogen-Deuterium Exchange Mass Spectrometry.
J Proteome Res
; 22(9): 2959-2972, 2023 09 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37582225
8.
Current structure predictors are not learning the physics of protein folding.
Bioinformatics
; 38(7): 1881-1887, 2022 03 28.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35099504
9.
DLAB: deep learning methods for structure-based virtual screening of antibodies.
Bioinformatics
; 38(2): 377-383, 2022 01 03.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34546288
10.
ABlooper: fast accurate antibody CDR loop structure prediction with accuracy estimation.
Bioinformatics
; 38(7): 1877-1880, 2022 03 28.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35099535
11.
Fragment Merging Using a Graph Database Samples Different Catalogue Space than Similarity Search.
J Chem Inf Model
; 63(11): 3423-3437, 2023 06 12.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37229647
12.
A Small Step Toward Generalizability: Training a Machine Learning Scoring Function for Structure-Based Virtual Screening.
J Chem Inf Model
; 63(10): 2960-2974, 2023 05 22.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37166179
13.
PEP-Patch: Electrostatics in Protein-Protein Recognition, Specificity, and Antibody Developability.
J Chem Inf Model
; 63(22): 6964-6971, 2023 Nov 27.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37934909
14.
Challenges and Opportunities for Bayesian Statistics in Proteomics.
J Proteome Res
; 21(4): 849-864, 2022 04 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35258980
15.
Generating property-matched decoy molecules using deep learning.
Bioinformatics
; 37(15): 2134-2141, 2021 Aug 09.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33532838
16.
Humanization of antibodies using a machine learning approach on large-scale repertoire data.
Bioinformatics
; 37(22): 4041-4047, 2021 11 18.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34110413
17.
Co-evolutionary distance predictions contain flexibility information.
Bioinformatics
; 38(1): 65-72, 2021 12 22.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34383892
18.
COGENT: evaluating the consistency of gene co-expression networks.
Bioinformatics
; 37(13): 1928-1929, 2021 07 27.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32931579
19.
CoV-AbDab: the coronavirus antibody database.
Bioinformatics
; 37(5): 734-735, 2021 05 05.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32805021
20.
Ribosome occupancy profiles are conserved between structurally and evolutionarily related yeast domains.
Bioinformatics
; 37(13): 1853-1859, 2021 Jul 27.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33483722