Detalhe da pesquisa
1.
A protocol for dynamic model calibration.
Brief Bioinform
; 23(1)2022 01 17.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34619769
2.
pyPESTO: a modular and scalable tool for parameter estimation for dynamic models.
Bioinformatics
; 39(11)2023 11 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37995297
3.
Mechanistic model of MAPK signaling reveals how allostery and rewiring contribute to drug resistance.
Mol Syst Biol
; 19(2): e10988, 2023 02 10.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36700386
4.
Efficient computation of adjoint sensitivities at steady-state in ODE models of biochemical reaction networks.
PLoS Comput Biol
; 19(1): e1010783, 2023 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36595539
5.
BioSimulators: a central registry of simulation engines and services for recommending specific tools.
Nucleic Acids Res
; 50(W1): W108-W114, 2022 07 05.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35524558
6.
Fides: Reliable trust-region optimization for parameter estimation of ordinary differential equation models.
PLoS Comput Biol
; 18(7): e1010322, 2022 07.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35830470
7.
AMICI: high-performance sensitivity analysis for large ordinary differential equation models.
Bioinformatics
; 37(20): 3676-3677, 2021 Oct 25.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33821950
8.
Combination treatment optimization using a pan-cancer pathway model.
PLoS Comput Biol
; 17(12): e1009689, 2021 12.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34962919
9.
PEtab-Interoperable specification of parameter estimation problems in systems biology.
PLoS Comput Biol
; 17(1): e1008646, 2021 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33497393
10.
Efficient parameterization of large-scale dynamic models based on relative measurements.
Bioinformatics
; 36(2): 594-602, 2020 01 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31347657
11.
Benchmarking optimization methods for parameter estimation in large kinetic models.
Bioinformatics
; 35(5): 830-838, 2019 03 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-30816929
12.
Linking patient-specific basal MET phosphorylation levels to liver health.
Mol Syst Biol
; 20(3): 141-143, 2024 Mar.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38365957
13.
Optimization and profile calculation of ODE models using second order adjoint sensitivity analysis.
Bioinformatics
; 34(13): i151-i159, 2018 07 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-29949990
14.
PESTO: Parameter EStimation TOolbox.
Bioinformatics
; 34(4): 705-707, 2018 02 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-29069312
15.
GenSSI 2.0: multi-experiment structural identifiability analysis of SBML models.
Bioinformatics
; 34(8): 1421-1423, 2018 04 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-29206901
16.
Parameter estimation for dynamical systems with discrete events and logical operations.
Bioinformatics
; 33(7): 1049-1056, 2017 04 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-28040696
17.
Scalable Parameter Estimation for Genome-Scale Biochemical Reaction Networks.
PLoS Comput Biol
; 13(1): e1005331, 2017 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-28114351
18.
Inference for Stochastic Chemical Kinetics Using Moment Equations and System Size Expansion.
PLoS Comput Biol
; 12(7): e1005030, 2016 07.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-27447730
19.
A Practical Guide for the Efficient Formulation and Calibration of Large, Energy- and Rule-Based Models of Cellular Signal Transduction.
Methods Mol Biol
; 2634: 59-86, 2023.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37074574
20.
Multi-range ERK responses shape the proliferative trajectory of single cells following oncogene induction.
Cell Rep
; 42(3): 112252, 2023 03 28.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36920903