Detalhe da pesquisa
1.
Resolving coupled pH titrations using alchemical free energy calculations.
J Comput Chem
; 45(17): 1444-1455, 2024 Jun 30.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38471815
2.
GROMACS in the Cloud: A Global Supercomputer to Speed Up Alchemical Drug Design.
J Chem Inf Model
; 62(7): 1691-1711, 2022 04 11.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35353508
3.
Pre-Exascale Computing of Protein-Ligand Binding Free Energies with Open Source Software for Drug Design.
J Chem Inf Model
; 62(5): 1172-1177, 2022 03 14.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35191702
4.
Non-equilibrium approach for binding free energies in cyclodextrins in SAMPL7: force fields and software.
J Comput Aided Mol Des
; 35(1): 49-61, 2021 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33230742
5.
Non-active site mutants of HIV-1 protease influence resistance and sensitisation towards protease inhibitors.
Retrovirology
; 17(1): 13, 2020 05 19.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32430025
6.
Polycation-Anionic Lipid Membrane Interactions.
Langmuir
; 36(42): 12435-12450, 2020 10 27.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33058724
7.
The SAMPL6 SAMPLing challenge: assessing the reliability and efficiency of binding free energy calculations.
J Comput Aided Mol Des
; 34(5): 601-633, 2020 05.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31984465
8.
Pyruvate carboxylase deficiency type A and type C: Characterization of five novel pathogenic variants in PC and analysis of the genotype-phenotype correlation.
Hum Mutat
; 40(6): 816-827, 2019 06.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-30870574
9.
Performance evaluation of molecular docking and free energy calculations protocols using the D3R Grand Challenge 4 dataset.
J Comput Aided Mol Des
; 33(12): 1031-1043, 2019 12.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31677003
10.
Utilizing dipole-dipole cross-correlated relaxation for the measurement of angles between pairs of opposing CαHα-CαHα bonds in anti-parallel ß-sheets.
Methods
; 138-139: 85-92, 2018 04 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-29656081
11.
Insights into the molecular basis for substrate binding and specificity of the wild-type L-arginine/agmatine antiporter AdiC.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 113(37): 10358-63, 2016 09 13.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-27582465
12.
pmx Webserver: A User Friendly Interface for Alchemistry.
J Chem Inf Model
; 57(2): 109-114, 2017 02 27.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-28181802
13.
Accurate and Rigorous Prediction of the Changes in Protein Free Energies in a Large-Scale Mutation Scan.
Angew Chem Int Ed Engl
; 55(26): 7364-8, 2016 06 20.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-27122231
14.
Improved validation of IDP ensembles by one-bond Cα-Hα scalar couplings.
J Biomol NMR
; 63(3): 299-307, 2015 Nov.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-26433382
15.
pmx: Automated protein structure and topology generation for alchemical perturbations.
J Comput Chem
; 36(5): 348-54, 2015 Feb 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-25487359
16.
Guidelines for Free-Energy Calculations Involving Charge Changes.
J Chem Theory Comput
; 20(2): 914-925, 2024 Jan 23.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38164763
17.
Optimal superpositioning of flexible molecule ensembles.
Biophys J
; 104(1): 196-207, 2013 Jan 08.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-23332072
18.
Computational analysis of local membrane properties.
J Comput Aided Mol Des
; 27(10): 845-58, 2013 Oct.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-24150904
19.
Accurately Predicting Protein pKa Values Using Nonequilibrium Alchemy.
J Chem Theory Comput
; 19(21): 7833-7845, 2023 Nov 14.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37820376
20.
Automated relative binding free energy calculations from SMILES to ΔΔG.
Commun Chem
; 6(1): 82, 2023 Apr 27.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37106032