Detalhe da pesquisa
1.
A Generative Angular Model of Protein Structure Evolution.
Mol Biol Evol
; 34(8): 2085-2100, 2017 08 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-28453724
2.
Equilibrium simulations of proteins using molecular fragment replacement and NMR chemical shifts.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 111(38): 13852-7, 2014 Sep 23.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-25192938
3.
Formulation of probabilistic models of protein structure in atomic detail using the reference ratio method.
Proteins
; 82(2): 288-99, 2014 Feb.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-23934827
4.
A simple probabilistic model of multibody interactions in proteins.
Proteins
; 81(8): 1340-50, 2013 Aug.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-23468247
5.
PHAISTOS: a framework for Markov chain Monte Carlo simulation and inference of protein structure.
J Comput Chem
; 34(19): 1697-705, 2013 Jul 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-23619610
6.
Fast large-scale clustering of protein structures using Gauss integrals.
Bioinformatics
; 28(4): 510-5, 2012 Feb 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-22199383
7.
A generative, probabilistic model of local protein structure.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 105(26): 8932-7, 2008 Jul 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-18579771
8.
Mocapy++--a toolkit for inference and learning in dynamic Bayesian networks.
BMC Bioinformatics
; 11: 126, 2010 Mar 12.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-20226024
9.
Calculation of accurate small angle X-ray scattering curves from coarse-grained protein models.
BMC Bioinformatics
; 11: 429, 2010 Aug 18.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-20718956
10.
Beyond rotamers: a generative, probabilistic model of side chains in proteins.
BMC Bioinformatics
; 11: 306, 2010 Jun 05.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-20525384
11.
Biopython: freely available Python tools for computational molecular biology and bioinformatics.
Bioinformatics
; 25(11): 1422-3, 2009 Jun 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-19304878
12.
A probabilistic model of RNA conformational space.
PLoS Comput Biol
; 5(6): e1000406, 2009 Jun.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-19543381
13.
GISA: using Gauss Integrals to identify rare conformations in protein structures.
PeerJ
; 8: e9159, 2020.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32566389
14.
A community proposal to integrate structural bioinformatics activities in ELIXIR (3D-Bioinfo Community).
F1000Res
; 92020.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32566135
15.
Probabilistic models and machine learning in structural bioinformatics.
Stat Methods Med Res
; 18(5): 505-26, 2009 Oct.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-19153168
16.
A Probabilistic Programming Approach to Protein Structure Superposition.
Proc IEEE Symp Comput Intell Bioinforma Comput Biol
; 20192019 Jul.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34661202
17.
MyPMFs: a simple tool for creating statistical potentials to assess protein structural models.
Biochimie
; 151: 37-41, 2018 Aug.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-29857183
18.
An evolutionary method for learning HMM structure: prediction of protein secondary structure.
BMC Bioinformatics
; 8: 357, 2007 Sep 21.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-17888163
19.
Sampling realistic protein conformations using local structural bias.
PLoS Comput Biol
; 2(9): e131, 2006 Sep 22.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-17002495
20.
Computational Redesign of Thioredoxin Is Hypersensitive toward Minor Conformational Changes in the Backbone Template.
J Mol Biol
; 428(21): 4361-4377, 2016 10 23.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-27659562