Detalhe da pesquisa
1.
A whole-cell computational model predicts phenotype from genotype.
Cell
; 150(2): 389-401, 2012 Jul 20.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-22817898
2.
Reusability and composability in process description maps: RAS-RAF-MEK-ERK signalling.
Brief Bioinform
; 22(5)2021 09 02.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33834185
3.
Datanator: an integrated database of molecular data for quantitatively modeling cellular behavior.
Nucleic Acids Res
; 49(D1): D516-D522, 2021 01 08.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33174603
4.
RunBioSimulations: an extensible web application that simulates a wide range of computational modeling frameworks, algorithms, and formats.
Nucleic Acids Res
; 49(W1): W597-W602, 2021 07 02.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34019658
5.
SysMod: the ISCB community for data-driven computational modelling and multi-scale analysis of biological systems.
Bioinformatics
; 37(21): 3702-3706, 2021 11 05.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34179955
6.
Simulating single-cell metabolism using a stochastic flux-balance analysis algorithm.
Biophys J
; 120(23): 5231-5242, 2021 12 07.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34757076
7.
Accelerated discovery via a whole-cell model.
Nat Methods
; 10(12): 1192-5, 2013 Dec.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-24185838
8.
Summary of the DREAM8 Parameter Estimation Challenge: Toward Parameter Identification for Whole-Cell Models.
PLoS Comput Biol
; 11(5): e1004096, 2015 May.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-26020786
9.
NetworkPainter: dynamic intracellular pathway animation in Cytobank.
BMC Bioinformatics
; 16: 172, 2015 May 25.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-26003204
10.
WholeCellKB: model organism databases for comprehensive whole-cell models.
Nucleic Acids Res
; 41(Database issue): D787-92, 2013 Jan.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-23175606
11.
WholeCellViz: data visualization for whole-cell models.
BMC Bioinformatics
; 14: 253, 2013 Aug 21.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-23964998
12.
Towards a whole-cell modeling approach for synthetic biology.
Chaos
; 23(2): 025112, 2013 Jun.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-23822510
13.
RBAtools: a programming interface for Resource Balance Analysis models.
Bioinform Adv
; 3(1): vbad056, 2023.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37179703
14.
Organizing genome engineering for the gigabase scale.
Nat Commun
; 11(1): 689, 2020 02 04.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32019919
15.
Best Practices for Making Reproducible Biochemical Models.
Cell Syst
; 11(2): 109-120, 2020 08 26.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32853539
16.
BpForms and BcForms: a toolkit for concretely describing non-canonical polymers and complexes to facilitate global biochemical networks.
Genome Biol
; 21(1): 117, 2020 05 18.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32423472
17.
Integrating metabolic, transcriptional regulatory and signal transduction models in Escherichia coli.
Bioinformatics
; 24(18): 2044-50, 2008 Sep 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-18621757
18.
Emerging whole-cell modeling principles and methods.
Curr Opin Biotechnol
; 51: 97-102, 2018 06.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-29275251
19.
A blueprint for human whole-cell modeling.
Curr Opin Syst Biol
; 7: 8-15, 2018 Feb.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-29806041
20.
Guidelines for Reproducibly Building and Simulating Systems Biology Models.
IEEE Trans Biomed Eng
; 63(10): 2015-20, 2016 10.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-27429432