Detalhe da pesquisa
1.
OFraMP: a fragment-based tool to facilitate the parametrization of large molecules.
J Comput Aided Mol Des
; 37(8): 357-371, 2023 08.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37310542
2.
Evaluating Mineral Lattices as Evolutionary Proxies for Metalloprotein Evolution.
Orig Life Evol Biosph
; 52(4): 263-275, 2022 Dec.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36383289
3.
HapCol: accurate and memory-efficient haplotype assembly from long reads.
Bioinformatics
; 32(11): 1610-7, 2016 06 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-26315913
4.
metaModules identifies key functional subnetworks in microbiome-related disease.
Bioinformatics
; 32(11): 1678-85, 2016 06 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-26342232
5.
Probing the Genome-Scale Metabolic Landscape of Bordetella pertussis, the Causative Agent of Whooping Cough.
Appl Environ Microbiol
; 83(21)2017 Nov 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-28842544
6.
xHeinz: an algorithm for mining cross-species network modules under a flexible conservation model.
Bioinformatics
; 31(19): 3147-55, 2015 Oct 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-26023104
7.
Functional module search in protein networks based on semantic similarity improves the analysis of proteomics data.
Mol Cell Proteomics
; 13(7): 1877-89, 2014 Jul.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-24807868
8.
eXamine: exploring annotated modules in networks.
BMC Bioinformatics
; 15: 201, 2014 Jul 10.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-25002203
9.
CSA: comprehensive comparison of pairwise protein structure alignments.
Nucleic Acids Res
; 40(Web Server issue): W303-9, 2012 Jul.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-22553365
10.
An integer linear programming approach for finding deregulated subgraphs in regulatory networks.
Nucleic Acids Res
; 40(6): e43, 2012 Mar.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-22210863
11.
Insights into gut microbiomes in stem cell transplantation by comprehensive shotgun long-read sequencing.
Sci Rep
; 14(1): 4068, 2024 02 19.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38374282
12.
Haplotype-resolved assembly of a tetraploid potato genome using long reads and low-depth offspring data.
Genome Biol
; 25(1): 26, 2024 Jan 19.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38243222
13.
Mapping proteins in the presence of paralogs using units of coevolution.
BMC Bioinformatics
; 14 Suppl 15: S18, 2013.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-24564758
14.
A realistic model under which the genetic code is optimal.
J Mol Evol
; 77(4): 170-84, 2013 Oct.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-23877342
15.
Robustness and accuracy of functional modules in integrated network analysis.
Bioinformatics
; 28(14): 1887-94, 2012 Jul 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-22581175
16.
CLEVER: clique-enumerating variant finder.
Bioinformatics
; 28(22): 2875-82, 2012 Nov 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-23060616
17.
HOGVAX: Exploiting epitope overlaps to maximize population coverage in vaccine design with application to SARS-CoV-2.
Cell Syst
; 14(12): 1122-1130.e3, 2023 12 20.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38128484
18.
Genetic polyploid phasing from low-depth progeny samples.
iScience
; 25(6): 104461, 2022 Jun 17.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35692633
19.
SuperDendrix algorithm integrates genetic dependencies and genomic alterations across pathways and cancer types.
Cell Genom
; 2(2)2022 Feb 09.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35382456
20.
Towards optimal alignment of protein structure distance matrices.
Bioinformatics
; 26(18): 2273-80, 2010 Sep 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-20639543