Detalhe da pesquisa
1.
Actionable Cytopathogenic Host Responses of Human Alveolar Type 2 Cells to SARS-CoV-2.
Mol Cell
; 80(6): 1104-1122.e9, 2020 12 17.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33259812
2.
MHC-Fine: Fine-tuned AlphaFold for Precise MHC-Peptide Complex Prediction.
Biophys J
; 2024 May 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38751115
3.
Expanding FTMap for Fragment-Based Identification of Pharmacophore Regions in Ligand Binding Sites.
J Chem Inf Model
; 64(6): 2084-2100, 2024 Mar 25.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38456842
4.
Conservation of Hot Spots and Ligand Binding Sites in Protein Models by AlphaFold2.
J Chem Inf Model
; 64(3): 960-973, 2024 Feb 12.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38253327
5.
Actionable Cytopathogenic Host Responses of Human Alveolar Type 2 Cells to SARS-CoV-2.
Mol Cell
; 81(1): 212, 2021 Jan 07.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33417854
6.
Mapping of antibody epitopes based on docking and homology modeling.
Proteins
; 91(2): 171-182, 2023 02.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36088633
7.
Accurate ligand-protein docking in CASP15 using the ClusPro LigTBM server.
Proteins
; 91(12): 1822-1828, 2023 Dec.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37697630
8.
High Accuracy Prediction of PROTAC Complex Structures.
J Am Chem Soc
; 145(13): 7123-7135, 2023 04 05.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36961978
9.
Conservation of Allosteric Ligand Binding Sites in G-Protein Coupled Receptors.
J Chem Inf Model
; 62(20): 4937-4954, 2022 10 24.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36195573
10.
A critical overview of computational approaches employed for COVID-19 drug discovery.
Chem Soc Rev
; 50(16): 9121-9151, 2021 Aug 21.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34212944
11.
Assessing the binding properties of CASP14 targets and models.
Proteins
; 89(12): 1922-1939, 2021 12.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34368994
12.
Exploring the structural origins of cryptic sites on proteins.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 115(15): E3416-E3425, 2018 04 10.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-29581267
13.
Opinion: Protein folds vs. protein folding: Differing questions, different challenges.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 120(1): e2214423119, 2023 01 03.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36580595
14.
Interaction Energetics and Druggability of the Protein-Protein Interaction between Kelch-like ECH-Associated Protein 1 (KEAP1) and Nuclear Factor Erythroid 2 Like 2 (Nrf2).
Biochemistry
; 59(4): 563-581, 2020 02 04.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31851823
15.
Modeling beta-sheet peptide-protein interactions: Rosetta FlexPepDock in CAPRI rounds 38-45.
Proteins
; 88(8): 1037-1049, 2020 08.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31891416
16.
ClusPro in rounds 38 to 45 of CAPRI: Toward combining template-based methods with free docking.
Proteins
; 88(8): 1082-1090, 2020 08.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32142178
17.
Benchmark Sets for Binding Hot Spot Identification in Fragment-Based Ligand Discovery.
J Chem Inf Model
; 60(12): 6612-6623, 2020 12 28.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33291870
18.
Sampling and refinement protocols for template-based macrocycle docking: 2018 D3R Grand Challenge 4.
J Comput Aided Mol Des
; 34(2): 179-189, 2020 02.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31879831
19.
Template-based modeling by ClusPro in CASP13 and the potential for using co-evolutionary information in docking.
Proteins
; 87(12): 1241-1248, 2019 12.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31444975
20.
Blind prediction of homo- and hetero-protein complexes: The CASP13-CAPRI experiment.
Proteins
; 87(12): 1200-1221, 2019 12.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31612567