BRCA1 and BRCA2 rearrangements in Brazilian individuals with Hereditary Breast and Ovarian Cancer Syndrome.

Approximately 5-10% of breast cancers are caused by germline mutations in high penetrance predisposition genes. Among these, BRCA1 and BRCA2, which are associated with the Hereditary Breast and Ovarian Cancer (HBOC) syndrome, are the most frequently affected genes. Recent studies confirm that gene rearrangements, especially in BRCA1, are responsible for a significant proportion of mutations in certain populations. In this study we determined the prevalence of BRCA rearrangements in 145 unrelated Brazilian individuals at risk for HBOC syndrome who had not been previously tested for BRCA mutations. Using Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification (MLPA) and a specific PCR-based protocol to identify a Portuguese founder BRCA2 mutation, we identified two (1,4%) individuals with germline BRCA1 rearrangements (c.547+240_5193+178del and c.4675+467_5075-990del) and three probands with the c.156_157insAlu founder BRCA2 rearrangement. Furthermore, two families with false positive MLPA results were shown to carry a deleterious point mutation at the probe binding site. This study comprises the largest Brazilian series of HBOC families tested for BRCA1 and BRCA2 rearrangements to date and includes patients from three regions of the country. The overall observed rearrangement frequency of 3.44% indicates that rearrangements are relatively uncommon in the admixed population of Brazil.

Ancestralidade Genômica, nível socioeconômico e vulnerabilidade ao HIV/aids na Bahia, Brasil / Genomic Ancestry, socioeconomic status and vulnerability to HIV/AIDS in Bahia, Brazil

O curso clínico da infecção pelo HIV é determinado por complexas interações entre características virais e o hospedeiro. Variações no hospedeiro, a exemplo das mutações CCR5A32 e CCR264I, são importantes para a vulnerabilidade e progressão do HIV/aids. Atualmente, observa-se um aumento do número de casos da infecção entre os segmentos da sociedade com menor nível de escolaridade e pior condição socioeconômica. Com o objetivo de estimar a ancestralidade e verificar a sua associação com renda, escolaridade vulnerabilidade e progressão ao HIV/aids foram analisados 517 indivíduos infectados pelo HIV-1, sendo 289 homens e 224 mulheres. Os pacientes foram classificados segundo a ancestralidade genômica avaliada por 10 AIMs e pela vulnerabilidade e progressão ao HIV/aids através das mutações CCR5A32 e CCR264I. Os indivíduos infectados pelo HIV-1 apresentaram contribuição africana de 47por cento. As mutações CCR5A32 e CCR264I foram mais frequentes nos indivíduos brancos (3por cento) e negros (18por cento) respectivamente, e essas mutações mostraram frequência mais elevada nos tipicamente progressores (TP), quando comparados com os rapidamente progressores (RP) para aids. Não foi encontrada associação entre ancestralidade e vulnerabilidade ao HIV na análise para o grau de instrução. A pauperização da infecção pelo HIV-1 nessa população foi confirmada pela relação inversa entre renda e ancestralidade africana, pois quanto menor a renda maior a ancestralidade africana. Os resultados deste estudo sugerem associação entre as condições socioeconômicas e vulnerabilidade ao HIV/aids da população afrodescendente.(AU)

Ancestralidade Genômica, nível socioeconômico e vulnerabilidade ao HIV/aids na Bahia, Brasil / Genomic Ancestry, socioeconomic status and vulnerability to HIV/AIDS in Bahia, Brazil

O curso clínico da infecção pelo HIV é determinado por complexas interações entre características virais e o hospedeiro. Variações no hospedeiro, a exemplo das mutações CCR5Δ32 e CCR264I, são importantes para a vulnerabilidade e progressão do HIV/aids. Atualmente, observa-se um aumento do número de casos da infecção entre os segmentos da sociedade com menor nível de escolaridade e pior condição socioeconômica. Com o objetivo de estimar a ancestralidade e verificar a sua associação com renda, escolaridade vulnerabilidade e progressão ao HIV/aids foram analisados 517 indivíduos infectados pelo HIV-1, sendo 289 homens e 224 mulheres. Os pacientes foram classificados segundo a ancestralidade genômica avaliada por 10 AIMs e pela vulnerabilidade e progressão ao HIV/aids através das mutações CCR5Δ32 e CCR264I. Os indivíduos infectados pelo HIV-1 apresentaram contribuição africana de 47 por cento. As mutações CCR5Δ32 e CCR264I foram mais frequentes nos indivíduos brancos (3 por cento) e negros (18 por cento) respectivamente, e essas mutações mostraram frequência mais elevada nos tipicamente progressores (TP), quando comparados com os rapidamente progressores (RP) para aids. Não foi encontrada associação entre ancestralidade e vulnerabilidade ao HIV na análise para o grau de instrução. A pauperização da infecção pelo HIV-1 nessa população foi confirmada pela relação inversa entre renda e ancestralidade africana, pois quanto menor a renda maior a ancestralidade africana. Os resultados deste estudo sugerem associação entre as condições socioeconômicas e vulnerabilidade ao HIV/aids da população afrodescendente.

The clinical course of HIV infection is determined by complex/ interactions between viral and host's characteristics./ Host variations, such as CCR5δ32 and CCR264I mutations, are important/ to vulnerability and progression of HIV/AIDS./ Currently, the number of cases among patients with lower educational level and lower social and economic status is/ increasing./ Aiming to/ estimate the ancestry and verify its association with income,/ education, vulnerability and progression of HIV/AIDS, 517 individuals infected with HIV-1 were studied (55.9 percent men and 43.3 percent women). The/ patients were/ classified according to/ genomic ancestry evaluated by 10 AIMs and by vulnerability and/ progression of HIV/AIDS through CCR5δ32 and CCR264I mutations./ The/ individuals infected with HIV-1 showed 47 percent of African contribution./ CCR5δ32 and CCR264I mutations were more frequent in white/ (3 percent) and black (18 percent) individuals, respectively, and these same mutations/ showed higher frequency in the typically progressive HIV-infected individuals (TP), when compared to the rapidly progressive (RP)./ There was no association between ancestry and/ vulnerability to HIV in the analysis of level of education./ The pauperization of the HIV-1 infection in this population was confirmed by/ the inverse relationship between income and African ancestry, because the lower/ the income, the greater the African ancestry./ The results suggest that there is an association between socioeconomic status and vulnerability to HIV/AIDS in the Afro-descendant population.

Ancestralidade Genômica, nível socioeconômico e vulnerabilidade ao HIV/aids na Bahia, Brasil / Genomic Ancestry, socioeconomic status and vulnerability to HIV/AIDS in Bahia, Brazil

O curso clínico da infecção pelo HIV é determinado por complexas interações entre características virais e o hospedeiro. Variações no hospedeiro, a exemplo das mutações CCR5Δ32 e CCR264I, são importantes para a vulnerabilidade e progressão do HIV/aids. Atualmente, observa-se um aumento do número de casos da infecção entre os segmentos da sociedade com menor nível de escolaridade e pior condição socioeconômica. Com o objetivo de estimar a ancestralidade e verificar a sua associação com renda, escolaridade vulnerabilidade e progressão ao HIV/aids foram analisados 517 indivíduos infectados pelo HIV-1, sendo 289 homens e 224 mulheres. Os pacientes foram classificados segundo a ancestralidade genômica avaliada por 10 AIMs e pela vulnerabilidade e progressão ao HIV/aids através das mutações CCR5Δ32 e CCR264I. Os indivíduos infectados pelo HIV-1 apresentaram contribuição africana de 47 por cento. As mutações CCR5Δ32 e CCR264I foram mais frequentes nos indivíduos brancos (3 por cento) e negros (18 por cento) respectivamente, e essas mutações mostraram frequência mais elevada nos tipicamente progressores (TP), quando comparados com os rapidamente progressores (RP) para aids. Não foi encontrada associação entre ancestralidade e vulnerabilidade ao HIV na análise para o grau de instrução. A pauperização da infecção pelo HIV-1 nessa população foi confirmada pela relação inversa entre renda e ancestralidade africana, pois quanto menor a renda maior a ancestralidade africana. Os resultados deste estudo sugerem associação entre as condições socioeconômicas e vulnerabilidade ao HIV/aids da população afrodescendente.

Migração, estrutura populacional, tipos de casamentos e doenças genéticas / Migration, population structure, types of marriages and genetic diseases

A migração é o fator evolutivo capaz de dispersar a diversidade genética entre populações, inserindo novas características fenotípicas e genotípicas. A dinâmica matrimonial, juntamente como a estrutura da população são fatores que podem alterar a frequência destas características. Exemplo dessas características são as doenças genéticas, onde a frequência e distribuição destas auxilia na compreensão da influência de fatores evolutivos em uma população. No município de Monte Santo, localizado no interior da Bahia, foram encontradas doenças genéticas com elevada frequência, como mucopolissacaridose do tipo VI e fenilcetonúria. Existem evidências que algumas doenças mostram associação entre a raça e o risco de sua ocorrência. Dados moleculares mostraram que na Bahia a contribuição africana é de 47,2%, entretanto, dados baseados em classificação fenotípica apontam para o aumento da contribuição europeia com o afastamento do litoral. Para inferir a origem de algumas doenças genéticas em Monte Santo foram analisados marcadores informativos de ancestralidade autossômicos (AT3-I/D, APO, PV92 e SB19.3 genotipados por PCR; GC*1F e GC*1S por PCR/RFLP; e os marcadores FYnull, CKMM e LPL por PCR em tempo real) e marcadores uniparentais do mtDNA (sequenciamento da região HVS-I) e do cromossomo Y (marcador YAP por PCR; DYS 199, 92R7 e M207 por PCR/RFLP; e M60, PN2, PN3, M34, M89, M9 por sequenciamento). Assim, através da identificação da origem desses marcadores foi possível inferir a contribuição das populações que formaram a população de Monte Santo, e a origem de algumas das alterações gênicas responsáveis pelas doenças genéticas aqui estudadas (síndrome de Treacher Collins, hipotireoidismo congênito, fenilcetonúria, mucopolissacaridose tipo VI, surdez hereditária não sindrômica e osteogênese imperfeita). Os dados do cromossomo Y e dos autossômicos apontam para maior contribuição europeia, e os resultados dos marcadores mitocondriais para elevada contribuição africana e ameríndia. A elevada contribuição europeia tanto paterna quanto autossômica sugere origem europeia para as mutações c.35delG e R252W, responsáveis por aproximadamente 24% dos casos de surdez hereditária não sindrômica e por todos os casos de fenilcetonúria, respectivamente. A mucopolissacaridose do tipo VI tem como causa a mutação p.H178L, a presença desta alteração apenas em pacientes brasileiros, que compartilham o mesmo haplótipo intragênico sugere origem autóctone. Além de marcadores moleculares também foram analisados os tipos de casamentos (endogâmicos, exogâmicos e entre imigrantes) e sua frequência no município. Foi observada elevada frequência de casamentos endogâmicos e baixa taxa de migração, sugerindo crescimento populacional interno. Além disso, a maioria da população reside em povoados, cujo tamanho varia de 113 a 582 pessoas por povoado. Nesta cidade 80% da população tem renda mensal equivalente a meio salário mínimo, o que explica baixa taxa de migração por ausência de atrativos econômicos. Avaliando os casamentos dentro das genealogias dos afetados é possível observar que a maioria 8 deles é filho de pais consanguíneos. Estes resultados mostram que o elevado grau de endogamia e endocruzamento assim como possível efeito fundador e deriva genética estão associados ao aumento da frequência e manutenção das doenças genéticas neste município.

Migração, estrutura populacional, tipos de casamentos e doenças genéticas em Monte Santo-Ba

A migração é o fator evolutivo capaz de dispersar a diversidade genética entre populações, inserindo novas características fenotípicas e genotípicas. A dinâmica matrimonial, juntamente como a estrutura da população são fatores que podem alterar a frequência destas características. Exemplo dessas características são as doenças genéticas, onde a frequência e distribuição destas auxilia na compreensão da influência de fatores evolutivos em uma população. No município de Monte Santo, localizado no interior da Bahia, foram encontradas doenças genéticas com elevada frequência, como mucopolissacaridose do tipo VI e fenilcetonúria. Existem evidências que algumas doenças mostram associação entre a raça e o risco de sua ocorrência. Dados moleculares mostraram que na Bahia a contribuição africana é de 47,2%, entretanto, dados baseados em classificação fenotípica apontam para o aumento da contribuição europeia com o afastamento do litoral. Para inferir a origem de algumas doenças genéticas em Monte Santo foram analisados marcadores informativos de ancestralidade autossômicos (AT3-I/D, APO, PV92 e SB19.3 genotipados por PCR; GC*1F e GC*1S por PCR/RFLP; e os marcadores FYnull, CKMM e LPL por PCR em tempo real) e marcadores uniparentais do mtDNA (sequenciamento da região HVS-I) e do cromossomo Y (marcador YAP por PCR; DYS 199, 92R7 e M207 por PCR/RFLP; e M60, PN2, PN3, M34, M89, M9 por sequenciamento). Assim, através da identificação da origem desses marcadores foi possível inferir a contribuição das populações que formaram a população de Monte Santo, e a origem de algumas das alterações gênicas responsáveis pelas doenças genéticas aqui estudadas (síndrome de Treacher Collins, hipotireoidismo congênito, fenilcetonúria, mucopolissacaridose tipo VI, surdez hereditária não sindrômica e osteogênese imperfeita). Os dados do cromossomo Y e dos autossômicos apontam para maior contribuição europeia, e os resultados dos marcadores mitocondriais para elevada contribuição africana e ameríndia. A elevada contribuição europeia tanto paterna quanto autossômica sugere origem europeia para as mutações c.35delG e R252W, responsáveis por aproximadamente 24% dos casos de surdez hereditária não sindrômica e por todos os casos de fenilcetonúria, respectivamente. A mucopolissacaridose do tipo VI tem como causa a mutação p.H178L, a presença desta alteração apenas em pacientes brasileiros, que compartilham o mesmo haplótipo intragênico sugere origem autóctone. Além de marcadores moleculares também foram analisados os tipos de casamentos (endogâmicos, exogâmicos e entre imigrantes) e sua frequência no município. Foi observada elevada frequência de casamentos endogâmicos e baixa taxa de migração, sugerindo crescimento populacional interno. Além disso, a maioria da população reside em povoados, cujo tamanho varia de 113 a 582 pessoas por povoado. Nesta cidade 80% da população tem renda mensal equivalente a meio salário mínimo, o que explica a baixa taxa de migração por ausência de atrativos econômicos. Avaliando os casamentos dentro das genealogias dos afetados é possível observar que a maioria deles é filho de pais consanguíneos. Estes resultados mostram que o elevado grau de endogamia e endocruzamento assim como possível efeito fundador e deriva genética estão associados ao aumento da frequência e manutenção das doenças genéticas neste município.

Ancestralidade em Salvador - BA

Os ameríndios, africanos e europeus foram identificados como principais formadores da população brasileira e conseqüentemente da população de Salvador. A população brasileira considerada a mais heterogênea do mundo é resultado de 500 anos de miscigenação. Contudo a distribuição dos grupos étnicos ancestrais ao longo do território brasileiro não ocorreu de forma homogênea, diferindo significativamente a depender da região geográfica. Além disso, houve um forte direcionamento entre os casamentos, sendo mais freqüentes as uniões entre homens europeus e mulheres ameríndias e africanas. Dados do IBGE 2000 mostram que em Salvador o percentual de afrodescendentes, por autodenominação é de 79,8%. Para estimarmos a contribuição dos grupos ancestrais nesta população foram analisados 1.286 indivíduos, provenientes da população de Salvador, para os alelos específicos de população AT3-I/D, APO, SB19.3, PV92, FYnull, LPL, CKMM, GC e CYP3A4 que apresentam alto diferencial de freqüência entre os grupos ancestrais. Para estimar a origem africana dos indivíduos também foi avaliada a presença de sobrenome de conotação religiosa. Foram identificados 287 sobrenomes nesta população A freqüência de sobrenomes de conotação religiosa foi de 54,9% na população de Salvador e avaliando as regiões presentes no estudo observamos uma relação inversa entre a classe sócio-econômica e a presença deste tipo de sobrenome. Estes dados foram confirmados por uma maior ancestralidade genômica africana (53,1%) entre indivíduos que apresentam sobrenomes de conotação religiosa. A miscigenação da população de Salvador foi confirmada pela diferença das freqüências desta população com as ancestrais. Assim como pela estimativa de mistura populacional, com contribuição africana de 49,2%; 36,3% européia e 14,5% ameríndia e também pelas análises de heterozigose média (0,397) e estrutura populacional. Foi calculada a estatística F (0,005) que demonstrou que as regiões da cidade de Salvador são diferentes, porém em pequenas proporções. Ao compararmos a estimativa da contribuição africana do IBGE, 2000, por autodenominação com os dados de sobrenome e moleculares deste trabalho concluímos que a autodenominação é um critério impreciso na avaliação da contribuição parental dentro desta população. Este tipo de trabalho pode auxiliar estudos de associação entre fatores de saúde com a heterogeneidade ancestral para melhoria e/ou implantação de programas de saúde pública que considerem a composição parental desta população.

Ancestralidade em Salvador - Ba / Ancestrality of Salvador - Ba

Os ameríndios, africanos e europeus foram identificados como principais formadores da população brasileira e conseqüentemente da população de Salvador. A população brasileira considerada a mais heterogênea do mundo é resultado de 500 anos de miscigenação. Contudo a distribuição dos grupos étnicos ancestrais ao longo do território brasileiro não ocorreu de forma homogênea, diferindo significativamente a depender da região geográfica. Além disso, houve um forte direcionamento entre os casamentos, sendo mais freqüentes as uniões entre homens europeus e mulheres ameríndias e africanas. Dados do IBGE 2000 mostram que em Salvador o percentual de afrodescendentes, por autodenominação é de 79,8 por cento. Para estimarmos a contribuição dos grupos ancestrais nesta população foram analisados 1.286 indivíduos, provenientes da população de Salvador, para os alelos específicos de população AT3-I/D, APO, SBI9.3, PV92, FYnull, LPL, CKMM, GC e CYP3A4 que apresentam alto diferencial de freqüência entre os grupos ancestrais. Para estimar a origem africana dos indivíduos também foi avaliada a presença de sobrenome de conotação religiosa. Foram identificados 287 sobrenomes nesta população A freqüência de sobrenomes de conotação religiosa foi de 54,9 por cento na população de Salvador e avaliando as regiões presentes no estudo observamos uma relação inversa entre a classe sócio-econômica e a presença deste tipo de sobrenome. Estes dados foram confirmados por uma maior ancestral idade genômica africana (53,1 por cento) entre indivíduos que apresentam sobrenomes de conotação religiosa. A miscigenação da população de Salvador foi confirmada pela diferença das freqüências desta população com as ancestrais. Assim como pela estimativa de mistura populacional, com contribuição africana de 49,2 por cento; 36,3 por cento européia e 14,5 por cento ameríndia e também pelas análises de heterozigose média (0,397) e estrutura populacional. Foi calculada a estatística F (0,005) que demonstrou que as regiões da cidade de Salvador são diferentes, porém em pequenas proporções. Ao compararmos a estimativa da contribuição africana do IBGE, 2000, por autodenominação com os dados de sobrenome e moleculares deste trabalho concluímos que a autodenominação é um critério impreciso na avaliação da contribuição parental dentro desta população. Este tipo de trabalho pode auxiliar estudos de associação entre fatores de saúde com a heterogeneidade ancestral para melhoria e/ou implantação de programas de saúde pública que considerem a composição parental desta população.(AU)

Ancestralidade em Salvador - Ba / Ancestrality of Salvador - Ba

Os ameríndios, africanos e europeus foram identificados como principais formadores da população brasileira e conseqüentemente da população de Salvador. A população brasileira considerada a mais heterogênea do mundo é resultado de 500 anos de miscigenação. Contudo a distribuição dos grupos étnicos ancestrais ao longo do território brasileiro não ocorreu de forma homogênea, diferindo significativamente a depender da região geográfica. Além disso, houve um forte direcionamento entre os casamentos, sendo mais freqüentes as uniões entre homens europeus e mulheres ameríndias e africanas. Dados do IBGE 2000 mostram que em Salvador o percentual de afrodescendentes, por autodenominação é de 79,8 por cento. Para estimarmos a contribuição dos grupos ancestrais nesta população foram analisados 1.286 indivíduos, provenientes da população de Salvador, para os alelos específicos de população AT3-I/D, APO, SBI9.3, PV92, FYnull, LPL, CKMM, GC e CYP3A4 que apresentam alto diferencial de freqüência entre os grupos ancestrais. Para estimar a origem africana dos indivíduos também foi avaliada a presença de sobrenome de conotação religiosa. Foram identificados 287 sobrenomes nesta população A freqüência de sobrenomes de conotação religiosa foi de 54,9 por cento na população de Salvador e avaliando as regiões presentes no estudo observamos uma relação inversa entre a classe sócio-econômica e a presença deste tipo de sobrenome. Estes dados foram confirmados por uma maior ancestral idade genômica africana (53,1 por cento) entre indivíduos que apresentam sobrenomes de conotação religiosa. A miscigenação da população de Salvador foi confirmada pela diferença das freqüências desta população com as ancestrais. Assim como pela estimativa de mistura populacional, com contribuição africana de 49,2 por cento; 36,3 por cento européia e 14,5 por cento ameríndia e também pelas análises de heterozigose média (0,397) e estrutura populacional. Foi calculada a estatística F (0,005) que demonstrou que as regiões da cidade de Salvador são diferentes, porém em pequenas proporções. Ao compararmos a estimativa da contribuição africana do IBGE, 2000, por autodenominação com os dados de sobrenome e moleculares deste trabalho concluímos que a autodenominação é um critério impreciso na avaliação da contribuição parental dentro desta população. Este tipo de trabalho pode auxiliar estudos de associação entre fatores de saúde com a heterogeneidade ancestral para melhoria e/ou implantação de programas de saúde pública que considerem a composição parental desta população.(AU)