The role of human bocavirus as an agent of community-acquired pneumonia in children under 5 years of age in Fortaleza, Ceará (Northeast Brazil).

The human bocavirus (HBoV) is an agent of upper and lower respiratory infections, affecting mainly children under 5 years of age. Community-acquired pneumonia (CAP) is an important public health problem in developing countries, representing one of the main causes of hospitalizations and deaths in children. The aim of this study was to describe the prevalence of HBoV and the clinical and epidemiological characteristics in children diagnosed with CAP. For this purpose, nasopharyngeal aspirates were collected from 545 children aged 0 to 60 months diagnosed with CAP between January 2013 and December 2014 in a reference pediatric hospital in Fortaleza, Ceará, Brazil. The samples were subjected to PCR for detection of HBoV and parainfluenza 4 (PIV4) and indirect immunofluorescence for detection of respiratory syncytial virus (RSV), adenovirus (AdV), influenza A and B (FLU A and FLU B), and parainfluenza 1, 2, and 3 (PIV1, PIV2, PIV3). Clinically, most CAP were non-complicated (487/545; 89.3%); however, 10.7% (58/545) of children were treated in the ICU/resuscitation sector. Among the total samples analyzed, 359 (65.8%) were positive for at least one virus surveyed and 105 (19.2%) samples had two or more viruses. HBoV was detected in 87 samples (15.9%), being the second most prevalent virus. RSV, AdV, FLU A, FLU B, and PIV 1-3 were detected in 150 (27.5%), 45 (8.2%), 30 (5.5%), 3 (0.5%), and 131 (24%) samples, respectively. The age average was 12.1 months in children infected with HBoV, and the most frequent symptoms were dyspnea and cough. In addition, 90.6% of HboV-positive children received antibiotics as empirical treatment. HBoV did not show any circulation pattern; however, it seemed to be more frequent in the first half of the year, totaling 68.9% of the cases. HBoV is a frequent agent of pneumonia in the child population studied.

Molecular methods for the diagnosis and characterization of Cryptococcus: a review.

Cryptococcosis is a fungal infection caused by yeasts of the genus Cryptococcus, with Cryptococcus neoformans and Cryptococcus gattii as the primary pathogenic species. This disease is a threat to immunocompromised patients, especially those who have AIDS. However, the disease has also been described in healthy individuals. The tests used to identify these microorganisms have limitations that make final diagnosis difficult. However, currently there are specific gene sequences that can be used to detect C. neoformans and C. gattii from clinical specimens and cultures. These sequences can be used for identification, typing, and the study of population genetics. Among the main identification techniques are hybridization, which was the pioneer in molecular identification and development of specific probes for pathogen detection; PCR and other PCR-based methods, particularly nested PCR and multiplex PCR; and sequencing of specific genomic regions that are amplified through PCR, which is especially useful for diagnosis of cryptococcosis caused by unconventional Cryptococcus sp. Concerning microorganism typing, the following techniques have shown the best ability to differentiate between fungal serotypes and molecular types: PCR fingerprinting, PCR-RFLP, AFLP, and MLST. Thus, the accumulation of data generated by molecular methods can have a positive impact on monitoring resistant strains and treating diseases.

Viral respiratory infections in young children attending day care in urban Northeast Brazil.

A cohort of children attending a day care center in Salvador (Bahia, Brazil) was studied prospectively to determine the incidence of viral respiratory infectious episodes and to identify the viruses associated with them. Two hundred seventy-one nasopharyngeal samples were collected over a 1-year period for examination, using indirect immunofluorescence with monoclonal antibodies against adenovirus, influenza A and B, parainfluenzae 1-3, and respiratory syncytial virus, and reverse transcriptase-polymerase chain reaction for picornavirus. Examination yielded positive results in 116 samples (42.8%). Rhinovirus was identified alone in 56 samples (48.3%) and was observed along with other viruses in 11 additional samples. Incidence density of viral respiratory infectious episodes was 7.66 episodes/1,000 child-days.

Parainfluenza virus infections in a tropical city: clinical and epidemiological aspects.

Little information on the epidemiology and clinical characteristics of human parainfluenza virus (HPIV) infections, especially in children from tropical countries, has been published. The aim of this study was to determine the frequency of HPIV infections in children attended at a large hospital in Fortaleza in Northeast Brazil, and describe seasonal patterns, clinical and epidemiological characteristics of these infections. From January 2001 to December 2006, a total of 3070 nasopharyngeal aspirates collected from children were screened by indirect immunofluorescence for human parainfluenza viruses 1, 2, and 3 (HPIV-1, 2 and 3) and other respiratory viruses. Viral antigens were identified in 933 samples and HPIV in 117. The frequency of HPIV-3, HPIV-1 and HPIV-2 was of 83.76%, 11.96% and 4.27%, respectively. Only HPIV-3 showed a seasonal occurrence, with most cases observed from September to November, and with an inverse relationship to the rainy season. Most HPIV-3 infections seen in outpatients were diagnosed as upper respiratory tract infections.

Respiratory syncytial virus infections during an epidemic period in Salvador, Brazil. Viral antigenic group analysis and description of clinical and epidemiological aspects.

Acute respiratory infections (ARI) caused by respiratory syncytial virus (RSV) were studied in 482 children from Salvador, BA, Brazil, over a period of 12 months. The epidemic period of RSV infections in Salvador occurred from February (summer) to August (winter), with peaks in May, June, and July. The grouping characteristics of 84 RSV present in nasopharyngeal secretions of children seen at a reference university hospital were analyzed. RSV represented 17.4% of all cases and 54.5% of the positive samples. Sixty-four RSV strains were assigned to group A and 14 to group B. Both groups circulated in the five months of the epidemic period studied. Infections by both groups of RSV were more frequent in children up to one year of age. The incidence of RSV ARI was slightly more frequent in males, although group B had more infected females.

Genetic diversity of respiratory syncytial virus isolated during an epidemic period from children of northeastern Brazil.

Outbreaks of human respiratory syncytial virus (HRSV) are the leading cause of serious acute lower respiratory viral disease in many countries in different continents. Data on clinical and epidemiological aspects of HRSV infections in this country have been reported, but there is lack of data regarding the molecular epidemiology of this virus in Salvador. The genetic variability of HRSV isolated during an outbreak in Salvador, Brazil (1999) has been analysed. Partial sequences of the G protein gene of 13 isolates from antigenic group A and 4 isolates from antigenic group B of HRSV were determined. Nucleotide sequences of C-terminal G gene were compared to sequences of HRSV isolates from countries of South America and from the rest of the world available at the GenBank. Brazilian group A and B isolates were clustered into previously characterised genotypes: GA5, GA2, GA7, and GB3, SAB3, respectively. This is the first study of GA7 and SAB3 genotypes circulation in South American countries. It is interesting to point out that viruses isolated in Salvador appear to be closer related with those from Montevideo-Uruguay and Buenos Aires, Argentina strains, suggesting circulation of similar strains among different South American countries in different seasons. Moreover, viruses closely related genetically circulated in the same year in Salvador and distant places such as Mozambique, supporting the previous suggestion on the complexity of HRSV strain circulation patterns, and the high capability of HRSV spreading world-wide.

Parainfluenza virus infections in a tropical city: clinical and epidemiological aspects

Little information on the epidemiology and clinical characteristics of human parainfluenza virus (HPIV) infections, especially in children from tropical countries, has been published. The aim of this study was to determine the frequency of HPIV infections in children attended at a large hospital in Fortaleza in Northeast Brazil, and describe seasonal patterns, clinical and epidemiological characteristics of these infections. From January 2001 to December 2006, a total of 3070 nasopharyngeal aspirates collected from children were screened by indirect immunofluorescence for human parainfluenza viruses 1, 2, and 3 (HPIV-1, 2 and 3) and other respiratory viruses. Viral antigens were identified in 933 samples and HPIV in 117. The frequency of HPIV-3, HPIV-1 and HPIV-2 was of 83.76 percent, 11.96 percent and 4.27 percent, respectively. Only HPIV-3 showed a seasonal occurrence, with most cases observed from September to November, and with an inverse relationship to the rainy season. Most HPIV-3 infections seen in outpatients were diagnosed as upper respiratory tract infections.

Respiratory syncytial virus infections during an epidemic period in Salvador, Brazil: viral antigenic group analysis and description of clinical and epidemiological aspects

Acute respiratory infections (ARI) caused by respiratory syncytial virus (RSV) were studied in 482 children from Salvador, BA, Brazil, over a period of 12 months. The epidemic period of RSV infections in Salvador occurred from February (summer) to August (winter), with peaks in May, June, and July. The grouping characteristics of 84 RSV present in nasopharyngeal secretions of children seen at a reference university hospital were analyzed. RSV represented 17.4 percent of all cases and 54.5 percent of the positive samples. Sixty-four RSV strains were assigned to group A and 14 to group B. Both groups circulated in the five months of the epidemic period studied. Infections by both groups of RSV were more frequent in children up to one year of age. The incidence of RSV ARI was slightly more frequent in males, although group B had more infected females

Estudo de infecções respiratórias agudas virais em crianças atendidas em um centro pediátrico em Salvador (BA) / Hospital study of acute respiratory infections in children of Northeast Brazil

De janeiro a dezembro de 1998, foram analisados 482 casos de infecção respiratória aguda em crianças atendidas na emergência e nas enfermarias do Centro Pediátrico Professor Hosannah de Oliveira, da Universidade Federal da Bahia, em Salvador. O objetivo deste estudo é conhecer o papel dos vírus na etiologia destas infecções. Secreções nasofaríngeas foram examinadas para detecção viral por imunofluorescência e cultura celular. Vírus foram detectados em 154 casos (31,9%). O vírus sincicial respiratório (VSR) foi o mais prevalente (55,2%), seguido pelos vírus influenza A (17,5%) e parainfluenza 3 (16,2%), adenovírus (7,1%), influenza B (3,8%) e parainfluenza 1 (0,64%). O período epidêmico de VSR foi relacionado à estação de chuvas. Um surto de influenza foi observado nos meses de setembro a novembro. A maioria das infecções foi representada por infecção de trato respiratório superior (63,3%), enquanto que as infecções de trato respiratório inferior foram detectadas em 177 casos (36,7%). Infecções respiratórias agudas virais foram mais freqüentes em crianças até um ano de idade (72,7%).

Estudo de infecções respiratórias agudas virais em crianças atendidas em um centro pediátrico em Salvador (BA) / Hospital study of acute respiratory infections in children of Northeast Brazil

De janeiro a dezembro de 1998, foram analisados 482 casos de infecção respiratória aguda em crianças atendidas na emergência e nas enfermarias do Centro Pediátrico Professor Hosannah de Oliveira, da Universidade Federal da Bahia, em Salvador. O objetivo deste estudo é conhecer o papel dos vírus na etiologia destas infecções. Secreções nasofaríngeas foram examinadas para detecção viral por imunofluorescência e cultura celular. Vírus foram detectados em 154 casos (31,9 por cento). O vírus sincicial respiratório (VSR) foi o mais prevalente (55,2 por cento), seguido pelos vírus influenza A (17,5 por cento) e parainfluenza 3 (16,2 por cento), adenovírus (7,1 por cento), influenza B (3,8 por cento) e parainfluenza 1 (0,64 por cento). O período epidêmico de VSR foi relacionado à estação de chuvas. Um surto de influenza foi observado nos meses de setembro a novembro. A maioria das infecções foi representada por infecção de trato respiratório superior (63,3 por cento), enquanto que as infecções de trato respiratório inferior foram detectadas em 177 casos (36,7 por cento). Infecções respiratórias agudas virais foram mais freqüentes em crianças até um ano de idade (72,7 por cento).

Infecções respiratórias agudas virais em crianças de Salvador: análise antigênica e genômica dos vírus sincicial respiratório e adenovírus isolados com correlação clínica

O presente estudo foi desenvolvido com o objetivo de contribuir para o conhecimento da prevalência viral em casos de infecções respiratórias agudas (IRA) em crianças de Salvador, assim como realizar a caracterização antigênica e genômica dos adenovírus e vírus sincicial respiratório (VSR) isolados. Um total de 482 casos de infecção respiratória aguda do ano de 1998 foram investigados quanto a etiologia viral através de imunofluorescência indireta e isolamento em cultura celular. Trinta adenovírus isolados em 1998, 1997 e 1996 foram submetidos soroneutralização e análise de restrição enzimática. Imunofluorescência indireta e ELISA foram utilizados para caracterização antigênica de VSR detectados em 1998 e 1999, respectivamente. A caracterização genômica de VSR foi realizada através da amplificação do gene da proteína G e posterior seqüenciamento de nucleotídeos. Cento e cinquenta e quatro casos de infecção respiratória aguda tiveram sua etiologia viral diagnosticada. Os vírus mais prevalentes em ordem decrescente foram o VSR, influenza A, parainfluenza 3, adenovírus, influenza B e parainfluenza 1. As IRA virais acometeram principalmente crianças até um ano de idade, do sexo masculino, e foram diagnosticadas predominantemente como infecção de vias aéreas superiores. Dos 30 Adenovírus analisados, dezoito eram Ad2, seis Adl, cinco Ad3 e um Ad5. A caracterização genômica dos Ad2 mostrou que circularam o genotipo D5 e uma nova variante genômica. Entre os Ad 1, circularam o genotipo DI e duas novas variantes genômicas. Representantes dos Ad3 e Ad5 foram os tipos genômicos 3f e 5#, respectivamente. Entre 84 VSR detectados em 1998,64 pertenciam ao grupo A e 14 ao grupo B. A análise genômica de 6 cepas de VSR mostrou a existência de vários genótipos circulantes em 1999. O VSR foi o vírus mais prevalente entre sete vírus investigados. Durante o mesmo período epidêmico houve a circulação de ambos os grupos antigênicos e de vários genótipos de VSR. Genotipos do grupo B de Salvador não parecem estar relacionadas com as cepas B uruguaias. Houve um predomínio de Adenovírus do subgênero C, representados predominantemente pelos Ad2 e Adl. Alguns genotipos de adenovírus até então não detectados no Brasil circularam em Salvador durante o período de estudo.

Intubaçao orotraqueal / Orotracheal intubation

Os autores descrevem a intubaçao orotraqueal e apresentam alguns aspectos praticos da tecnica. Reforçam, ainda, a necessidade do estudante e do medico em geral de dominarem-na

Infecções respiratórias agudas virais em crianças de Salvador: análise antigênica e genômica dos vírus sincicial respiratório e adenovírus isolados com correlação clínica / Acute respiratory infections you capsize in children of Salvador: antigenic and genômica analysis of the respiratory sincicial viruses and isolated adenoviruses with clinical correlation

Contribui para o conhecimento da prevalência viral em casos de infecções respiratórias agudas (IRA) em crianças em Salvador, assim como realizar a caracterização antigênica e genômica dos adenovírus e vírus sincicial respiratório (RSR) isolados. Um total de 482 casos de infecção respiratória aguda do ano de 1998 foram investigados quanto a etiologia viral através de imunofluorescência indireta e isolamento em cultura celular. Trinta adenovírus isolados em 1998, 1997 e 1996 foram submetidos soroneutralização e análise de restrição enzimática. Imunofluorencência indireta e ELISA foram utilizados para caracterização antigênica de VSR detectados em 1998 e 1999, respectivamente. A caracterização genômica de VSR foi realizada através da amplificação do gene da proteína G e posterior seqüenciamento de nucleotídeos. Cento e cinquenta e quatro casos de infecção respiratória aguda tiveram sua etiologia viral diagnosticada. Os vírus mais prevalentes em ordem decrescente foram o VSR, influenza A, parainfluenza 3, adenovírus, influenza B e parainfluenza 1. As IRA virais acometeram principalmente crianças até um ano de idade, do sexo masculio, e foram diagnosticadas predominantemente como infecção de vias aéreas superiores. Dos 30 Adenovírus analisados, dezoito eram Ad2, seis Ad1, cinco Ad3 e um Ad5. A caracterização genômica dos Ad2 mostrou que circularam o genotipo D5 e uma nova variante genômica. Entre os Ad1, circularam o genotipo D1 e duas novas variantes genômicas. Representantes dos Ad3 e Ad5 foram os tipos genômicos 3f e 5#, respectivamente. Entre 84 VSR detectados em 1998, 64 pertenciam ao grupo A e 14 ao grupo B. A análise genômica de 6 cepas de VSR mostrou a existência de vários genótipos circulantes em 1999, O VSR foi o vírus mais prevalente entre sete vírus investigados. Durante o mesmo período epidêmico houve a circulação de ambos os grupos antigênicos e de vários genótipos de VSR. Genotipos de grupo B de Salvador não parecem estar relacionadas com as cepas B uruguaias. Houve um predomínio de Adenovírus do subgênero C, representados predominantemente pelos Ad2 e Ad1. Alguns genotipos de adenovírus até então não detectados no Brasil circularam em Salvador durante o período de estudo. (AU)

Infecções respiratórias agudas virais em crianças de Salvador: análise antigênica e genômica dos vírus sincicial respiratório e adenovírus isolados com correlação clínica / Acute respiratory infections you capsize in children of Salvador: antigenic and genômica analysis of the respiratory sincicial viruses and isolated adenoviruses with clinical correlation

Contribui para o conhecimento da prevalência viral em casos de infecções respiratórias agudas (IRA) em crianças em Salvador, assim como realizar a caracterização antigênica e genômica dos adenovírus e vírus sincicial respiratório (RSR) isolados. Um total de 482 casos de infecção respiratória aguda do ano de 1998 foram investigados quanto a etiologia viral através de imunofluorescência indireta e isolamento em cultura celular. Trinta adenovírus isolados em 1998, 1997 e 1996 foram submetidos soroneutralização e análise de restrição enzimática. Imunofluorencência indireta e ELISA foram utilizados para caracterização antigênica de VSR detectados em 1998 e 1999, respectivamente. A caracterização genômica de VSR foi realizada através da amplificação do gene da proteína G e posterior seqüenciamento de nucleotídeos. Cento e cinquenta e quatro casos de infecção respiratória aguda tiveram sua etiologia viral diagnosticada. Os vírus mais prevalentes em ordem decrescente foram o VSR, influenza A, parainfluenza 3, adenovírus, influenza B e parainfluenza 1. As IRA virais acometeram principalmente crianças até um ano de idade, do sexo masculio, e foram diagnosticadas predominantemente como infecção de vias aéreas superiores. Dos 30 Adenovírus analisados, dezoito eram Ad2, seis Ad1, cinco Ad3 e um Ad5. A caracterização genômica dos Ad2 mostrou que circularam o genotipo D5 e uma nova variante genômica. Entre os Ad1, circularam o genotipo D1 e duas novas variantes genômicas. Representantes dos Ad3 e Ad5 foram os tipos genômicos 3f e 5#, respectivamente. Entre 84 VSR detectados em 1998, 64 pertenciam ao grupo A e 14 ao grupo B. A análise genômica de 6 cepas de VSR mostrou a existência de vários genótipos circulantes em 1999, O VSR foi o vírus mais prevalente entre sete vírus investigados. Durante o mesmo período epidêmico houve a circulação de ambos os grupos antigênicos e de vários genótipos de VSR. Genotipos de grupo B de Salvador não parecem estar relacionadas com as cepas B uruguaias. Houve um predomínio de Adenovírus do subgênero C, representados predominantemente pelos Ad2 e Ad1. Alguns genotipos de adenovírus até então não detectados no Brasil circularam em Salvador durante o período de estudo.

Infecções respiratórias agudas virais em crianças de Salvador: análise antigênica e genômica dos virus sincicial respiratório e adenovirus isolados com correlação clínica / Viral acute respiratory infections in childrens from Salvador: antigenic and genomics analysis of isolates of respiratory syncytial virus and adenovirus with clinic correlation

O presente estudo foi desenvolvido com o objetivo de contribuir para o conhecimento da prevalência viral em casos de infecções respiratórias agudas (IRA) em crianças de Salvador, assim como realizar a caracterização antigênica e genômica dos adenovírus e vírus sincicial respiratório (VSR) isolados. Um total de 482 casos de infecção respiratória aguda do ano de 1998 foram investigados quanto a etiologia viral através de imunofluorescência indireta e isolamento em cultura celular. Trinta adenovírus isolados em 1998, 1997 e 1996 foram submetidos soroneutralização e análise de restrição enzimática. Imunofluorescência indireta e ELISA foram utilizados para caracterização antigênica de VSR detectados em 1998 e 1999, respectivamente. A caracterização genômica de VSR foi realizada através da amplificação do gene da proteína G e posterior seqüenciamento de nucleotídeos. Cento e cinquenta e quatro casos de infecção respiratória aguda tiveram sua etiologia viral diagnosticada. Os vírus mais prevalentes em ordem decrescente foram o VSR, influenza A, parainfluenza 3, adenovírus, influenza B e parainfluenza 1. As IRA virais acometeram principalmente crianças até um ano de idade, do sexo masculino, e foram diagnosticadas predominantemente como infecção de vias aéreas superiores. Dos 30 Adenovírus analisados, dezoito eram Ad2, seis Adl, cinco Ad3 e um Ad5. A caracterização genômica dos Ad2 mostrou que circularam o genotipo D5 e uma nova variante genômica. Entre os Ad 1, circularam o genotipo DI e duas novas variantes genômicas. Representantes dos Ad3 e Ad5 foram os tipos genômicos 3f e 5#, respectivamente. Entre 84 VSR detectados em 1998,64 pertenciam ao grupo A e 14 ao grupo B. A análise genômica de 6 cepas de VSR mostrou a existência de vários genótipos circulantes em 1999. O VSR foi o vírus mais prevalente entre sete vírus investigados. Durante o mesmo período epidêmico houve a circulação de ambos...