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Nucleic Acids Res ; 30(21): e121, 2002 Nov 01.
Artigo em Inglês | MEDLINE | ID: mdl-12409480

RESUMO

The availability of a draft human genome sequence and ability to monitor the transcription of thousands of genes with DNA microarrays has necessitated the need for new computational tools that can analyze cis-regulatory elements controlling genes that display similar expression patterns. We have developed a tool designated EZ-Retrieve that can: (i) retrieve any particular region of human genome sequence from the NCBI database and (ii) analyze retrieved sequences for putative transcription factor-binding sites (TFBSs) as they appear on the TRANSFAC database. The tool is web-based, user-friendly and offers both batch sequence retrieval and batch TFBS prediction. A major application of EZ-Retrieve is the analysis of co-expressed genes that are highlighted as expression clusters in DNA microarray experiments.


Assuntos
Proteínas de Ciclo Celular , Proteínas de Ligação a DNA , DNA/genética , DNA/metabolismo , Armazenamento e Recuperação da Informação/métodos , Internet , Elementos de Resposta/genética , Software , Fatores de Transcrição/metabolismo , Animais , Sequência de Bases , Sítios de Ligação , Biologia Computacional/métodos , Bases de Dados Genéticas , Drosophila melanogaster/genética , Fatores de Transcrição E2F , Regulação da Expressão Gênica , Genes de Insetos/genética , Genoma Humano , Humanos , Dados de Sequência Molecular , Análise de Sequência com Séries de Oligonucleotídeos
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