Detalhe da pesquisa
1.
pyPESTO: a modular and scalable tool for parameter estimation for dynamic models.
Bioinformatics
; 39(11)2023 11 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37995297
2.
Efficient gradient-based parameter estimation for dynamic models using qualitative data.
Bioinformatics
; 37(23): 4493-4500, 2021 12 07.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34260697
3.
COVID19 Disease Map, a computational knowledge repository of virus-host interaction mechanisms.
Mol Syst Biol
; 17(10): e10387, 2021 10.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34664389
4.
PEtab-Interoperable specification of parameter estimation problems in systems biology.
PLoS Comput Biol
; 17(1): e1008646, 2021 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33497393
5.
Efficient parameterization of large-scale dynamic models based on relative measurements.
Bioinformatics
; 36(2): 594-602, 2020 01 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31347657
6.
Parameterization of mechanistic models from qualitative data using an efficient optimal scaling approach.
J Math Biol
; 81(2): 603-623, 2020 08.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32696085
7.
COVID-19 Disease Map, a computational knowledge repository of virus-host interaction mechanisms.
Mol Syst Biol
; 17(12): e10851, 2021 Dec.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34939300
8.
Phenotypic deconvolution in heterogeneous cancer cell populations using drug-screening data.
Cell Rep Methods
; 3(3): 100417, 2023 03 27.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37056380
9.
Mini-batch optimization enables training of ODE models on large-scale datasets.
Nat Commun
; 13(1): 34, 2022 01 10.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35013141
10.
Benchmarking of numerical integration methods for ODE models of biological systems.
Sci Rep
; 11(1): 2696, 2021 01 29.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33514831
11.
Cell-to-cell variability in JAK2/STAT5 pathway components and cytoplasmic volumes defines survival threshold in erythroid progenitor cells.
Cell Rep
; 36(6): 109507, 2021 08 10.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34380040
12.
Efficient Parameter Estimation Enables the Prediction of Drug Response Using a Mechanistic Pan-Cancer Pathway Model.
Cell Syst
; 7(6): 567-579.e6, 2018 12 26.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-30503647