Detalhe da pesquisa
1.
pycofitness-Evaluating the fitness landscape of RNA and protein sequences.
Bioinformatics
; 40(2)2024 02 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38335928
2.
Development of a scoring function for comparing simulated and experimental tumor spheroids.
PLoS Comput Biol
; 19(3): e1010471, 2023 03.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36996248
3.
CAG-Repeat RNA Hairpin Folding and Recruitment to Nuclear Speckles with a Pivotal Role of ATP as a Cosolute.
J Am Chem Soc
; 145(17): 9571-9583, 2023 05 03.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37062072
4.
Optimization of the Lead Compound NVP-BHG712 as a Colorectal Cancer Inhibitor.
Chemistry
; 29(23): e202203967, 2023 Apr 21.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36799129
5.
CoCoNet-boosting RNA contact prediction by convolutional neural networks.
Nucleic Acids Res
; 49(22): 12661-12672, 2021 12 16.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34871451
6.
Evaluating DCA-based method performances for RNA contact prediction by a well-curated data set.
RNA
; 26(7): 794-802, 2020 07.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32276988
7.
Selection of representative structures from large biomolecular ensembles.
J Chem Phys
; 156(14): 144102, 2022 Apr 14.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35428380
8.
Identification of evolutionary and kinetic drivers of NAD-dependent signaling.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 116(32): 15957-15966, 2019 08 06.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31341085
9.
The inhibitory effect of a coronavirus spike protein fragment with ACE2.
Biophys J
; 120(6): 1001-1010, 2021 03 16.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32941783
10.
pydca v1.0: a comprehensive software for direct coupling analysis of RNA and protein sequences.
Bioinformatics
; 36(7): 2264-2265, 2020 04 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31778142
11.
Modeling of Wnt-mediated tissue patterning in vertebrate embryogenesis.
PLoS Comput Biol
; 16(6): e1007417, 2020 06.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32579554
12.
CORE-MD II: A fast, adaptive, and accurate enhanced sampling method.
J Chem Phys
; 155(10): 104114, 2021 Sep 14.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34525829
13.
Structural Analysis of a Genetically Encoded FRET Biosensor by SAXS and MD Simulations.
Sensors (Basel)
; 21(12)2021 Jun 16.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34208740
14.
Cells in Silico - introducing a high-performance framework for large-scale tissue modeling.
BMC Bioinformatics
; 21(1): 436, 2020 Oct 06.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33023471
15.
diSTruct v1.0: generating biomolecular structures from distance constraints.
Bioinformatics
; 35(24): 5337-5338, 2019 12 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31329240
16.
Pcdh18a regulates endocytosis of E-cadherin during axial mesoderm development in zebrafish.
Histochem Cell Biol
; 154(5): 463-480, 2020 Nov.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32488346
17.
Rapid interpretation of small-angle X-ray scattering data.
PLoS Comput Biol
; 15(3): e1006900, 2019 03.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-30901335
18.
Shedding light on the dark matter of the biomolecular structural universe: Progress in RNA 3D structure prediction.
Methods
; 162-163: 68-73, 2019 06 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31028927
19.
CORE-MD, a path correlated molecular dynamics simulation method.
J Chem Phys
; 153(8): 084114, 2020 Aug 28.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32872878
20.
Large-scale identification of coevolution signals across homo-oligomeric protein interfaces by direct coupling analysis.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 114(13): E2662-E2671, 2017 03 28.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-28289198