Laboratory-based study of drug resistance and genotypic profile of multidrug-resistant tuberculosis isolates in Salvador, Bahia, Brazil.

BACKGROUND: Surveillance of multidrug resistant/extensively drug-resistant tuberculosis (MDR/XDR-TB) is essential to guide disease dissemination control measures. Brazil contributes to a significant fraction of tuberculosis (TB) cases worldwide, but only few reports addressed MDR/XDR-TB in the country. METHODS: This cross-sectional, laboratory-based study describes the phenotypic resistance profiles of isolates obtained between January 2008 and December 2011 in Bahia, Brazil, and sociodemographic, epidemiological, and clinical characteristics (obtained from mandatory national registries) of the corresponding 204 MDR/XDR-TB patients. We analyzed the mycobacterial spoligotyping and variable number of tandem repeats of mycobacterial interspersed repetitive units in 12-loci profiles obtained from Salvador. RESULTS: MDR/XDR-TB patients were predominantly male, had a median age of 43 years, belonged to black ethnicity, and failed treatment before MDR-TB diagnosis. Nearly one-third of the isolates had phenotypic resistance (evaluated by mycobacteria growth indicator tube assay) to second-line anti-TB drugs (64/204, 31%), of which 22% cases (14/64) were diagnosed as XDR-TB. Death was a frequent outcome among these individuals and was associated with resistance to second-line anti-TB drugs. Most isolates successfully genotyped belonged to the Latin-American Mediterranean (LAM) Family, with an unprecedented high proportion of LAM10-Cameroon subfamily bacilli. More than half of these isolates were assigned to a unique cluster by the genotyping methods performed. Large clusters of identical genotypes were also observed among LAM SIT42 and SIT376 strains. CONCLUSIONS: We highlight the need for strengthening local and national efforts to perform early detection of TB drug resistance and to prevent treatment discontinuation to limit the emergence of drug-resistant strains.

Laboratory-based study of drug resistance and genotypic profile of multidrug-resistant tuberculosis isolates in Salvador, Bahia, Brazil

Abstract Background: Surveillance of multidrug resistant/extensively drug-resistant tuberculosis (MDR/XDR-TB) is essential to guide disease dissemination control measures. Brazil contributes to a significant fraction of tuberculosis (TB) cases worldwide, but only few reports addressed MDR/XDR-TB in the country. Methods: This cross-sectional, laboratory-based study describes the phenotypic resistance profiles of isolates obtained between January 2008 and December 2011 in Bahia, Brazil, and sociodemographic, epidemiological, and clinical characteristics (obtained from mandatory national registries) of the corresponding 204 MDR/XDR-TB patients. We analyzed the mycobacterial spoligotyping and variable number of tandem repeats of mycobacterial interspersed repetitive units in 12-loci profiles obtained from Salvador. Results: MDR/XDR-TB patients were predominantly male, had a median age of 43 years, belonged to black ethnicity, and failed treatment before MDR-TB diagnosis. Nearly one-third of the isolates had phenotypic resistance (evaluated by mycobacteria growth indicator tube assay) to second-line anti-TB drugs (64/204, 31%), of which 22% cases (14/64) were diagnosed as XDR-TB. Death was a frequent outcome among these individuals and was associated with resistance to second-line anti-TB drugs. Most isolates successfully genotyped belonged to the Latin-American Mediterranean (LAM) Family, with an unprecedented high proportion of LAM10-Cameroon subfamily bacilli. More than half of these isolates were assigned to a unique cluster by the genotyping methods performed. Large clusters of identical genotypes were also observed among LAM SIT42 and SIT376 strains. Conclusions: We highlight the need for strengthening local and national efforts to perform early detection of TB drug resistance and to prevent treatment discontinuation to limit the emergence of drug-resistant strains.

Caracterização dos perfis genéticos e de resistência a fármacos de isolados de mycobacterium tuberculosis associados com casos de tuberculose multirresistente na Bahia, Brasil / Characterization of genetic profiles and drug resistance of Mycobacterium tuberculosis isolates associated with cases of multidrug-resistant tuberculosis in Bahia, Brazil

A resistência aos fármacos utilizados no tratamento da tuberculose (TB) é um importante desafio no combate à doença. A rifampicina e a isoniazida são dois fármacos de primeira linha essenciais para a cura da doença, a qual tem como agente o M. tuberculosis. Pacientes com TB cujos isolados de M. tuberculosis apresentem resistência in vitro simultânea a estes dois fármacos desenvolvem a TB multirresistente (TBMR). A resistência do M. tuberculosis está relacionada com mutações em genes importantes para a sobrevivência do bacilo. O tratamento da TBMR é mais longo e utiliza fármacos anti-TB de segunda linha, os quais são de maior toxicidade, predispondo os pacientes à não adesão aos esquemas de tratamento. O paciente com TBMR, quando não devidamente tratado, pode selecionar cepas resistentes aos fármacos anti-TB de segunda linha, proporcionando o surgimento da TB extensivamente resistente (TBXDR). Por sua vez, estas cepas podem ser transmitidas em comunidades, constituindo um grave problema de saúde pública. Segundo a Organização Mundial de Saúde, a TBXDR tem sido documentada em alguns países, mas no Brasil estes dados são escassos. A caracterização genética de cepas de M. tuberculosis envolvidas com os casos TBMR/TBXDR pode facilitar a identificação de vias de transmissão. OBJETIVO: Pesquisar casos de TBXDR na Bahia e caracterizar perfis genéticos de isolados de M. tuberculosis de pacientes com TB multirresistente, associando o perfil genético encontrado com as características sócio-demográficas e clínicas dos pacientes envolvidos. MATERIAIS E MÉTODOS: Isolados de M. tuberculosis obtidos de pacientes com diagnóstico de TBMR entre 2008-2011 residentes no Estado da Bahia (Brasil) foram submetidos ao teste de sensibilidade utilizando fármacos anti-TB de primeira e segunda linha e genotipados pela técnica do Número Variável de Repetições em Tandem de Unidades Repetitivas Inter-espaçadas Micobacterianas (MIRU-VNTR) para obtenção de perfis genéticos que foram associados com perfis da base de dados internacional MIRU-VNTRplus. Isolados com perfis genéticos não associáveis a linhagens com o uso desta técnica foram adicionalmente genotipados por Spoligotyping e ambas as informações foram consideradas para assimilação de linhagens utilizando esta mesma base de dados. Informações clínico-epidemiológicas foram obtidas do banco de dados “Sistema TBMR” do Ministério da Saúde. RESULTADOS: Foram analisados 392 isolados. Destes, 35% foram excluídos por ausência de crescimento ou contaminação e 12% constituíam amostras em duplicata, resultando em 206 pacientes com TBMR no estudo. Comprovou-se a ocorrência da TBXDR em 7% (14/206) dos pacientes; destes, dois não possuíam registro anterior para qualquer tratamento anti-TB. Os pacientes estudados foram provenientes de 45 municípios do Estado. A capital, Salvador, concentrou 71% dos casos TBMR e 76% dos TBXDR. Dos casos TBXDR, 36% (5/14) apresentaram isolados resistentes a todos os fármacos testados. Observou-se associação de resistência combinada entre estreptomicina e etambutol (8/14, 57%) e o perfil TBXDR (RP 4,0; IC95% 1,2-13,8; P=0,01). Dos casos TBXDR, 71% (10/14) desenvolveram uma ou mais comorbidades (P=0,04), sendo o transtorno mental uma comorbidade significativa neste grupo (21%; 3/14; P=0,04). Encontrou-se 56 perfis genéticos, 38 únicos e 18 agrupados em clusters (contendo de 2 a 11 isolados). Quase a totalidade (92%) dos casos TBXDR esteve agrupada em clusters, diferindo dos casos não-TBXDR (P=0,049). Os perfis genéticos estiveram principalmente associados a seis famílias: LAM (70%), Cameroon (16%), Haarlem (10%) e as famílias X, S, Uganda I, que combinadas perfizeram 4%. Os casos TBXDR foram representados pelas famílias LAM (45%, ST’s 376, ST42, ST20), Cameroon (36%, ST61 único) e Haarlem (18%, ST50). CONCLUSÕES: A Bahia apresentou casos de TBXDR e as famílias de M.tuberculosis envolvidas com estes casos foram LAM, Cameroon e Haarlem. A genotipagem auxiliou na descoberta de casos epidemiologicamente relacionados.

Caracterização dos perfis genéticos e de resistência a fármacos de isolados de Mycobacterium tuberculosis associados com casos de tuberculose multirresistente na Bahia, Brasil

A resistência aos fármacos utilizados no tratamento da tuberculose (TB) é um importante desafio no combate à doença. A rifampicina e a isoniazida são dois fármacos de primeira linha essenciais para a cura da doença, a qual tem como agente o M. tuberculosis. Pacientes com TB cujos isolados de M. tuberculosis apresentem resistência in vitro simultânea a estes dois fármacos desenvolvem a TB multirresistente (TBMR). A resistência do M. tuberculosis está relacionada com mutações em genes importantes para a sobrevivência do bacilo. O tratamento da TBMR é mais longo e utiliza fármacos anti-TB de segunda linha, os quais são de maior toxicidade, predispondo os pacientes à não adesão aos esquemas de tratamento. O paciente com TBMR, quando não devidamente tratado, pode selecionar cepas resistentes aos fármacos anti-TB de segunda linha, proporcionando o surgimento da TB extensivamente resistente (TBXDR). Por sua vez, estas cepas podem ser transmitidas em comunidades, constituindo um grave problema de saúde pública. Segundo a Organização Mundial de Saúde, a TBXDR tem sido documentada em alguns países, mas no Brasil estes dados são escassos. A caracterização genética de cepas de M. tuberculosis envolvidas com os casos TBMR/TBXDR pode facilitar a identificação de vias de transmissão. OBJETIVO: Pesquisar casos de TBXDR na Bahia e caracterizar perfis genéticos de isolados de M. tuberculosis de pacientes com TB multirresistente, associando o perfil genético encontrado com as características sócio-demográficas e clínicas dos pacientes envolvidos. MATERIAIS E MÉTODOS: Isolados de M. tuberculosis obtidos de pacientes com diagnóstico de TBMR entre 2008-2011 residentes no Estado da Bahia (Brasil) foram submetidos ao teste de sensibilidade utilizando fármacos anti-TB de primeira e segunda linha e genotipados pela técnica do Número Variável de Repetições em Tandem de Unidades Repetitivas Inter-espaçadas Micobacterianas (MIRU-VNTR) para obtenção de perfis genéticos que foram associados com perfis da base de dados internacional MIRU-VNTRplus. Isolados com perfis genéticos não associáveis a linhagens com o uso desta técnica foram adicionalmente genotipados por Spoligotyping e ambas as informações foram consideradas para assimilação de linhagens utilizando esta mesma base de dados. Informações clínico-epidemiológicas foram obtidas do banco de dados "Sistema TBMR" do Ministério da Saúde. RESULTADOS: Foram analisados 392 isolados. Destes, 35% foram excluídos por ausência de crescimento ou contaminação e 12% constituíam amostras em duplicata, resultando em 206 pacientes com TBMR no estudo. Comprovou-se a ocorrência da TBXDR em 7% (14/206) dos pacientes; destes, dois não possuíam registro anterior para qualquer tratamento anti-TB. Os pacientes estudados foram provenientes de 45 municípios do Estado. A capital, Salvador, concentrou 71% dos casos TBMR e 76% dos TBXDR. Dos casos TBXDR, 36% (5/14) apresentaram isolados resistentes a todos os fármacos testados. Observou-se associação de resistência combinada entre estreptomicina e etambutol (8/14, 57%) e o perfil TBXDR (RP 4,0; IC95% 1,2-13,8; P=0,01). Dos casos TBXDR, 71% (10/14) desenvolveram uma ou mais comorbidades (P=0,04), sendo o transtorno mental uma comorbidade significativa neste grupo (21%; 3/14; P=0,04). Encontrou-se 56 perfis genéticos, 38 únicos e 18 agrupados em clusters (contendo de 2 a 11 isolados). Quase a totalidade (92%) dos casos TBXDR esteve agrupada em clusters, diferindo dos casos não-TBXDR (P=0,049). Os perfis genéticos estiveram principalmente associados a seis famílias: LAM (70%), Cameroon (16%), Haarlem (10%) e as famílias X, S, Uganda I, que combinadas perfizeram 4%. Os casos TBXDR foram representados pelas famílias LAM (45%, ST's 376, ST42, ST20), Cameroon (36%, ST61 único) e Haarlem (18%, ST50). CONCLUSÕES: A Bahia apresentou casos de TBXDR e as famílias de M.tuberculosis envolvidas com estes casos foram LAM, Cameroon e Haarlem. A genotipagem auxiliou na descoberta de casos epidemiologicamente relacionados.

Rede de Teste Rápido para o diagnóstico da Tuberculose na Bahia (RTR-TB Bahia): uma análise geral / Rapid Test Network for the diagnosis of Tuberculosis in Bahia (RTR-TB Bahia): a general analysis

A Bahia possui uma Rede Pública de Testes Rápidos para o diagnóstico da (TB) Tuberculose (RTR-TB Ba) que utiliza o que há de mais moderno no mundo em point of care, a tecnologia Xpert®MTB/RIF que é um teste molecular hemi-nested real time PCR que detecta, simultaneamente, o Mycobacterium tuberculosis, agente causador da doença, e a resistência à rifampicina, principal fármaco para o tratamento da doença e marcador de multirresistência. A RTR-TB Ba é parte integrante da rede do (MS) Ministério da Saúde (RTR-TB Brasil), sendo a criação desta rede uma das estratégias política para o fim da TB como problema de saúde no Brasil. Na Bahia, a TB é um problema de saúde pública, com tx. de incidência média nos últimos cinco anos (2013-2017) de 30,6 casos/100 mil hab; em Salvador, sua capital, foi 58 casos/100 mil hab. Objetivos. Descrever e caracterizar a RTR-TB Ba, analisando seus dados. Materiais e métodos: Trata-se de um estudo descritivo e analítico-descritivo, retrospectivo, cujos dados foram obtidos do FormSus do MS e de planilhas da RTR-TB BA de julho 2014 (implantação) até abril 2018. Resultados: A RTR-TB Ba tem seis máquinas Xpert®MTB/RIF no municípios de Salvador, uma em Feira de Santana, uma em Vitória da Conquista e uma ainda não instalada no período avaliado. Foram realizados 37.506 testes (média 1000 testes/mês); destes, 97% foram válidos, com positividade geral de 16% e quando categorizado como teste caso novo(tCN) e retratamento (tRT), a positividade foi de 15,4% e 24,1%, respectivamente. A resistência à rifampicina entre os casos positivos variou de 4,2% para tCN e 16,6% para tRT. Os casos extrapulmonares analisados não foram significativos. Conclusão: Houve utilização de 60% da capacidade teórica de realização dos testes, porém verificou-se alta proporção de casos resistentes à rifampicina. Conhecer a RTR-TB Ba pode favorecer uma melhor utilização do Xpert®MTB/RIF como ferramenta moderna de diagnóstico, com foco na melhor utilização dos recursos públicos, e também proporações conjuntas entre o laboratório e os Programas de Combate à TB que agilizem a detecção, o tratamento, a notificação e a cura dos casos de TB no Estado

Distribuição dos casos de Tuberculose Pulmonar Multirresistente prevalentes em Salvador, Bahia, Brasil no período de 2008 a 2011 e sua relação com os perfis filogenéticos dos isolados

A genotipagem e a análise de distribuição espacial dos isolados de Mycobacterium tuberculosis (Mtb) possibilitam discriminar sua origem e descrever sua dinâmica em determinada população, portanto, são importantes ferramentas na epidemiologia da tuberculose (TB). Adicionalmente, a predominância de um grupo filogenético pode estar relacionada a um maior fitness biológico. Neste trabalho, descrevemos o perfil genético da TB multirresistente (TBMR) em Salvador, Bahia entre 2008 a 2011, a partir de análise da coleção biológica mantida pelo laboratório de referência desta cidade.