RESUMO
Mutations in the SARS-CoV-2 genome can alter the virus' fitness, leading to the emergence of variants of concern (VOC). In Brazil, the Gamma variant dominated the pandemic in the first half of 2021, and from June onwards, the first cases of Delta infection were documented. Here, we investigate the introduction and dispersal of the Delta variant in the RS state by sequencing 1077 SARS-CoV-2-positive samples from June to October 2021. Of these samples, 34.7% were identified as Gamma and 65.3% as Delta. Notably, 99.2% of Delta sequences were clustered within the 21J lineage, forming a significant Brazilian clade. The estimated clock rate was 5.97 × 10-4 substitutions per site per year. The Delta variant was first reported on 17 June in the Vinhedos Basalto microregion and rapidly spread, accounting for over 70% of cases within nine weeks. Despite this, the number of cases and deaths remained stable, possibly due to vaccination, prior infections, and the continued mandatory mask use. In conclusion, our study provides insights into the Delta variant circulating in the RS state, highlighting the importance of genomic surveillance for monitoring viral evolution, even when the impact of new variants may be less severe in a given region.
RESUMO
Adenoviruses are among the most promising viral markers of fecal contamination. They are frequently found in the water, sediment and soil of regions impacted by human activity. Studies of the bioaccumulation of enteric viruses in shrimp are scarce. The cities located in the northern coast of the lake systems in Southern Brazil have high urbanization and intensive farming rates, and poor sewage collection and treatment. One hundred (n = 100)
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Animais , Adenoviridae/classificação , Adenoviridae/isolamento & purificação , Fezes/virologia , Penaeidae/virologia , Poluição da Água , Brasil , Ecossistema , Geografia , Reação em Cadeia da Polimerase em Tempo Real , Esgotos/virologiaRESUMO
Adenoviruses are among the most promising viral markers of fecal contamination. They are frequently found in the water, sediment and soil of regions impacted by human activity. Studies of the bioaccumulation of enteric viruses in shrimp are scarce. The cities located in the northern coast of the lake systems in Southern Brazil have high urbanization and intensive farming rates, and poor sewage collection and treatment. One hundred (n = 100) Farfantepenaeus paulensis pink-shrimp specimens and 48 water samples were collected from coastal lagoons between June 2012 and May 2013. Water samples were concentrated and the shrimp, mashed. After DNA extraction, samples were analyzed by real time polymerase chain reaction (qPCR) in order to detect and quantify viral genomes. Thirty-five percent of shrimp samples were positive for contamination, predominantly by avian adenoviruses. A total of 91.7% of water samples contained adenoviruses DNA, with the human form being the most frequent. Our results provided evidence of significant bioaccumulation of adenoviruses in shrimp, showing the extent of the impact of fecal pollution on aquatic ecosystems..
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Animais , Adenoviridae/classificação , Adenoviridae/isolamento & purificação , Fezes/virologia , Penaeidae/virologia , Poluição da Água , Brasil , Ecossistema , Esgotos/virologia , Geografia , Reação em Cadeia da Polimerase em Tempo RealAssuntos
Animais , Brasil , Mudança Climática , Doenças Transmissíveis , Conservação dos Recursos Naturais , Vetores de Doenças , Florestas , Humanos , Saúde PúblicaRESUMO
Avian metapneumovirus (aMPV) is a respiratory pathogen associated with the swollen head syndrome (SHS) in chickens. In Brazil, live aMPV vaccines are currently used, but subtypes A and, mainly subtype B (aMPV/A and aMPV/B) are still circulating. This study was conducted to characterize two Brazilian aMPV isolates (A and B subtypes) of chicken origin. A challenge trial to explore the replication ability of the Brazilian subtypes A and B in chickens was performed. Subsequently, virological protection provided from an aMPV/B vaccine against the same isolates was analyzed. Upon challenge experiment, it was shown by virus isolation and real time PCR that aMPV/B could be detected longer and in higher amounts than aMPV/A. For the protection study, 18 one-day-old chicks were vaccinated and challenged at 21 days of age. Using virus isolation and real time PCR, no aMPV/A was detected in the vaccinated chickens, whereas one vaccinated chicken challenged with the aMPV/B isolate was positive. The results showed that aMPV/B vaccine provided a complete heterologous virological protection, although homologous protection was not complete in one chicken. Although only one aMPV/B positive chicken was detected after homologous vaccination, replication in vaccinated animals might allow the emergence of escape mutants.
O Metapneumovírus aviário (aMPV) é um patógeno respiratório associado à síndrome da cabeça inchada (SHS) em galinhas. Apesar de vacinas vivas contra o aMPV serem utilizadas no Brasil, os subtipos A e B (aMPV/A e aMPV/B) são ainda encontrados no país, com predominância do subtipo B. Este estudo foi conduzido com o intuito de estudar dois isolados brasileiros de aMPV (subtipos A e B) isolados de frango. Para isto, um desafio experimental em frangos foi conduzido com o intuito de explorar a capacidade de replicação dos subtipos A e B Brasileiros. Posteriormente, a protecção virológica conferida por uma vacina do subtipo B em pintos foi realizada com os mesmos isolados. Após o desafio experimental demonstrou-se, por isolamento viral e PCR em tempo real, que o isolado do subtipo B replicou por maior período de tempo e em quantidades maiores, em comparação com o subtipo A. Para o estudo de proteção, 18 pintos de um dia de idade foram vacinados e desafiados aos 21 dias. Usando isolamento viral e PCR em tempo real, em nenhuma ave vacinada e desafiada com aMPV/A foi detectado o vírus, ao passo que uma ave vacinada e desafiada com o aMPV/B foi positiva. Os resultados mostraram que a vacina do subtipo B forneceu protecção heteróloga completa, embora a protecção homóloga não tenha sido conferida em uma ave. Apesar de o aMPV/B ter sido detectado em apenas um frango após vacinação homóloga, a replicação viral em aves vacinadas pode resultar em emergência de mutantes de escape.
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Animais , Metapneumovirus , Replicação Viral , Galinhas/imunologia , Vacinas/biossínteseRESUMO
Bovine herpesvirus type 1 (BoHV-1) is recognized as a major cause of economic losses in cattle. Vaccination has been widely applied to minimize losses induced by BoHV-1 infections. We have previously reported the development of a differential BoHV-1 vaccine, based on a recombinant glycoprotein E (gE)-deleted virus (265gE-). In present paper the efficacy of such recombinant was evaluated as an inactivated vaccine. Five BoHV-1 seronegative calves were vaccinated intramuscularly on day 0 and boostered 30 days later with an inactivated, oil adjuvanted vaccine containing an antigenic mass equivalent to 10(7.0) fifty per cent cell culture infectious doses (CCID50) of 265gE-. Three calves were kept as non vaccinated controls. On day 60 post vaccination both vaccinated and controls were challenged with the virulent parental strain. No clinical signs or adverse effects were seen after or during vaccination. After challenge, 2/5 vaccinated calves showed mild clinical signs of infection, whereas all non vaccinated controls displayed intense rhinotracheitis and shed virus for longer and to higher titres than vaccinated calves. Serological responses were detected in all vaccinated animals after the second dose of vaccine, but not on control calves. Following corticosteroid administration in attempting to induce reactivation of the latent infection, no clinical signs were observed in vaccinated calves, whereas non vaccinated controls showed clinical signs of respiratory disease. In view of its immunogenicity and protective effect upon challenge with a virulent BoHV-1, the oil adjuvanted preparation with the inactivated 265gE- recombinant was shown to be suitable for use as a vaccine.
O Herpesvírus bovino tipo 1 (BoHV-1) é reconhecido como um importante agente de perdas econômicas em bovinos. Vacinação tem sido amplamente empregada para minimizar as perdas conseqüentes a infecções com o BoHV-1. Reportamos previamente o desenvolvimento de uma vacina diferencial para BoHV-1, baseada em um recombinante do qual a glicoproteína gE (gE) foi deletada (265gE-). No presente trabalho foi realizada a avaliação da eficácia de tal recombinante como vacina inativada. Cinco bovinos soronegativos para BoHV-1 foram vacinadas por via intramuscular no dia 0 e revacinadas 30 dias após com uma vacina inativada com adjuvante oleoso, contendo massa antigênica equivalente a 10(7.0) doses infectantes para 50 por cento dos cultivos celulares (DICC50) de 265gE-. Três animais foram mantidos como controles não vacinados. No dia 60 pós-vacinação, os animais vacinados e controles foram desafiados com a amostra virulenta parental. Nenhum sinal clínico ou efeito adverso foi observado após ou durante a vacinação. Após o desafio, 2 dos 5 animais vacinados apresentaram sinais leves de infecção, enquanto que todos os animais não vacinados apresentaram intensa rinotraqueíte e disseminaram vírus por mais tempo e em títulos mais elevados do que os animais vacinados. Respostas sorológicas foram detectadas em todos os animais vacinados depois da segunda dose de vacina, mas não nos animais do grupo controle. Após a administração de corticosteróide visando a reativação de infecções latentes, não foram observados sinais clínicos em nenhum dos 5 animais vacinados, enquanto os animais não vacinados apresentaram sinais leves de doença respiratória. Em vista de sua imunogenicidade e efeito protetor frente ao desafio com BoHV-1 virulento, a preparação oleosa com o recombinante 265gE- inativado foi demonstrada ser adequada para uso como vacina.
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Animais , Bovinos , Glicoproteínas/isolamento & purificação , Herpesvirus Bovino 1/imunologia , Herpesvirus Bovino 1/isolamento & purificação , Vacinas Sintéticas , Corticosteroides/uso terapêuticoRESUMO
Infecções pelo herpesvírus bovino tipo 1 (BoHV-1) são importantes causas de doença respiratória, reprodutiva e abortos em bovinos. A vacinação é freqüentemente empregada para minimizar as perdas produzidas pela infecção. Todavia, a imunização de vacas durante a prenhez com algumas vacinas contendo vírus vivo modificado (MLV) pode ocasionalmente causar abortos. Em trabalho prévio, nosso grupo desenvolveu uma vacina recombinante de BoHV-1 construída a partir de um isolado brasileiro de BoHV-1 (Franco et al., 2002a) do qual o gene que codifica para a glicoproteína E (gE) foi artificialmente deletado. Tal recombinante (gE-) vem sendo avaliado como vacina diferencial, isto é, capaz de permitir a diferenciação entre animais vacinados e infectados. No presente estudo, o potencial de disseminação do vírus recombinante foi avaliado em um rebanho de gado de corte, em condições de campo. Para tanto, a segurança da vacina gE- quando aplicada durante a prenhez foi avaliada pela inoculação intramuscular de 107,4 doses infectantes para 50% dos cultivos celulares (DICC50) do vírus em 22 fêmeas prenhes (14 previamente soronegativas e 8 previamente soropositivas para BoHV-1) em diferentes fases da gestação. Outras 15 vacas prenhes foram mantidas como controles não-vacinados. Não ocorreram abortos, natimortos ou anormalidades fetais em nenhum dos grupos. Soroconversão foi observada nas fêmeas vacinadas previamente soronegativas. Em um segundo experimento, 4 novilhas foram inoculadas pela via intranasal com 107,6 DICC50 do vírus recombinante, sendo mantidos em contato com 16 novilhas em uma área de campo, a uma densidade de 1 animal por hectare. Os animais foram monitorados quanto à presença de sinais clínicos; amostras de soro foram coletadas nos dias 0, 30, 60 e 180 após a vacinação. Soroconversão foi observada apenas nos animais vacinados e não nos contatos. Estes resultados indicam que, nas condições do presente estudo, a vacina gE- não tem efeitos deletérios para fêmeas gestantes nem para seus fetos e não se dissemina horizontalmente no rebanho.
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Bovinos , Herpesvirus Bovino 1 , Infecções por Herpesviridae/veterinária , Vacinas contra Herpesvirus/administração & dosagemRESUMO
A doença de Aujeszky ou pseudoraiva (DA), causada pelo vírus da pseudoraiva (PRV) é a maior preocupação na produção de suínos. No estado do Rio Grande do Sul, Brasil, a DA foi somente detectada em 1954, em bovino. Em 2003, ocorreram dois surtos de encefalite em granjas na região norte do estado, fronteira com o estado de Santa Catarina. O vírus da doença de Aujeszky (VDA) foi isolado a partir de animais coletados em oito granjas distintas da região e submetido a análises antigênicas e moleculares. As amostras de VDA isoladas foram comparadas com as amostras padrão NIA-3 e NP. A caracterização antigênica dos mesmos foi realizada com testes de imunoperoxidase frente a um painel de anticorpos mono-clonais (Mabs) preparado contra epitopos de glicoproteinas virais (gB, gC, gD e gE). A caracterização genômica foi realizada através da análise restrição enzimática (REA) sobre o genoma total das amostras, com a enzima de restrição (REA) Bam HI. O perfil antigênico das oito amostras isoladas no Rio Grande do Sul, bem como os apresentados pelas amostras padrão NIA-3 e NP, foram similares. A REA revelou que todos as oito amostras do Rio Grande do Sul apresentaram um arranjo genômico do tipo II, genótipo frequentemente encontrado em surtos prévios de DA em outros estados do Brasil. Os resultados aqui obtidos indicam que as oito amostras isoladas no Rio Grande do Sul são similares.
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Anticorpos/isolamento & purificação , Herpesvirus Suídeo 1 , Pseudorraiva , Técnicas Imunoenzimáticas/métodosRESUMO
The brain of an one year old male calf which died with signs of neurological disease was submitted to the laboratory for rabies diagnosis. Microscopical findings included moderate mielitis, mild meningoencephalitis with perivascular cell cuffing and Negri inclusion bodies in Purkinje cells of the cerebellum. Rabies virus infection was further confirmed by the direct fluorescent antibody test as well as by mouse inoculation. In addition, a herpesvirus was isolated from brain tissues. The isolate was antigenic and genetically characterized as bovine herpesvirus type 5 (BHV-5). It was not possible to determine whether BHV-5 played an active role in the outcome of the infection, since, the virus might have been present in a latent form in neural tissues. This is the first report of a mixed rabies/ BHV-5 infection in calves
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Bovinos , Herpesvirus Bovino 5 , RaivaRESUMO
O presente estudo teve como objetivo a caracterização das propriedades de crescimento in vitro de uma amostra brasileira de herpesvírus bovino tipo 1.2a que apresenta uma deleção no gene que codifica a glicoproteína E (BHV-1.2a gE-). Os tamanhos de placa, cinética de penetração e cinética de multiplicação do vírus BHV-1.2a gE- foram estudados e comparados com o vírus parental, bem como com um vírus BHV-1.1 gE- recombinante, o qual é derivado de uma amostra européia de BHV-1.1. Em termos de cinética de penetração, não foram observadas diferenças significativas quando comparados os vírus gE- com os parentais. A determinação da cinética de multiplicação não demonstrou diferenças significativas entre os quatro vírus estudados. Foi entretanto observado que 11 horas pós infecção os dois vírus gE- foram excretados das células em títulos significativamente maiores do que os vírus parentais. Não foram observadas diferenças significativas quando comparados os diâmetros de placas formadas pelos dois vírus parentais. Da mesma forma, os diâmetros de placas dos vírus gE- foram semelhantes nos três tipos celulares estudados. Entretanto, a comparação dos diâmetros de placas entre os vírus gE- e os parentais mostrou uma redução significativa das placas dos vírus gE- em todos os tipos celulares. Esta característica indica que a falta da gE teve o mesmo efeito em ambos os subtipos de BHV-1, representado por uma disseminação viral célula-célula reduzida.
RESUMO
Um ensaio imunoenzimático do tipo ELISA de bloqueio com anticorpo monoclonal (ELISA-M) foi desenvolvido e padronizado para a detecçäo de anticorpos contra o vírus da Rinotraqueíte Infecciosa Bovina (Herpesvírus Bovino tipo 1; BHV-1). Foram utilizadas nesta avaliaçäo 266 amostras de soros bovinos, sendo 148 negativos e 118 positivos em testes de soroneutralizaçäo (SN). Em comparaçäo com este último, o ELISA-M demonstrou uma sensibilidade de 92,37 por cento, especificidade de 92,56 por cento, valor preditivo positivo de 90,83 por cento, valor preditivo negativo de 93,83 por cento e precisäo de 92,48 por cento. O índice de concordância (k) entre os testes foi de 0,85. O ELISA-M apresentou como vantagens a rapidez e a praticidade de execuçäo. Com base nestes resultados, o ELISA-M foi considerado uma alternativa apropriada para o diagnóstico sorológico de infecçöes pelo BHV-1. Entretanto, o teste näo foi capaz de diferenciar anticorpos induzidos por BHV-1 ou BHV-5
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Ensaio de Imunoadsorção Enzimática , Herpesvirus Bovino 1 , Rinotraqueíte Infecciosa BovinaRESUMO
Com o objetivo de avaliar a capacidade dos herpesvírus bovinos tipos 1 e 5 (BHV-1 e BHV-5) de invadir e replicar no sistema nervoso central (SNC) (neuroinvasividade), bem como sua capacidade de induzir doença neurológica (neurovirulência), coelhos com 30 a 35 dias de idade foram inoculados com uma amostra do Herpesvírus da Encefalite Bovina (BHV-5; amostra EVI 88/95) ou com amostras de BHV-1 (Los Angeles ou Cooper), pelas vias intratecal (IT) e intranasal (IN). A inoculaçäo da amostra de BHV-5, tanto pela via IT como IN, induziu sinais clínicos neurológicos em 100 por cento (12/12) dos coelhos inoculados. Os exames histopatológicos revelaram um quadro de meningoencefalite näo-purulenta multifocal, caracterizada por gliose multifocal e infiltrados perivasculares. O vírus foi isolado de várias áreas do SNC desses animais. As amostras de BHV-1, quando inoculadas pela via IT, näo foram neurovirulentas. A amostra Los Angeles de BHV-1, quando administrada pela via IN, induziu sinais respiratórios severos, além de sinais neurológicos em 57 por cento (4/7) dos animais inoculados. Entretanto, o exame histopatológico destes quatro animais revelou vasculite e trombose no pulmäo e cérebro, este último apresentando focos de necrose neuronal, porém sem lesöes indicativas de encefalite. Isso sugere que os sinais neurológicos foram, provavelmente, conseqüentes a prejuízos no fluxo sangüíneo encefálico, e näo a danos neuronais provocados pela inoculaçäo desse vírus. A amostra Cooper de BHV-1, quando inoculada pela via IN, induziu apenas sinais leves de infecçäo respiratória. Estes resultados indicam que apenas a amostra de BHV-5 foi capaz de invadir e replicar no encéfalo dos coelhos quando inoculada tanto por via IN como IT, apresentando neuroinvasividade e neurovirulência. É possível que estas observaçöes tenham relaçäo com o fato de amostras de BHV-5 freqüentemente causarem encefalites, em contraposiçäo a infecçöes pelo BHV-1, onde encefalites säo raramente observadas