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Nat Methods ; 21(5): 846-856, 2024 May.
Artigo em Inglês | MEDLINE | ID: mdl-38658646

RESUMO

CD4+ T cells recognize peptide antigens presented on class II major histocompatibility complex (MHC-II) molecules to carry out their function. The remarkable diversity of T cell receptor sequences and lack of antigen discovery approaches for MHC-II make profiling the specificities of CD4+ T cells challenging. We have expanded our platform of signaling and antigen-presenting bifunctional receptors to encode MHC-II molecules presenting covalently linked peptides (SABR-IIs) for CD4+ T cell antigen discovery. SABR-IIs can present epitopes to CD4+ T cells and induce signaling upon their recognition, allowing a readable output. Furthermore, the SABR-II design is modular in signaling and deployment to T cells and B cells. Here, we demonstrate that SABR-IIs libraries presenting endogenous and non-contiguous epitopes can be used for antigen discovery in the context of type 1 diabetes. SABR-II libraries provide a rapid, flexible, scalable and versatile approach for de novo identification of CD4+ T cell ligands from single-cell RNA sequencing data using experimental and computational approaches.


Assuntos
Linfócitos T CD4-Positivos , Epitopos de Linfócito T , Antígenos de Histocompatibilidade Classe II , Linfócitos T CD4-Positivos/imunologia , Epitopos de Linfócito T/imunologia , Animais , Antígenos de Histocompatibilidade Classe II/imunologia , Antígenos de Histocompatibilidade Classe II/química , Camundongos , Humanos , Diabetes Mellitus Tipo 1/imunologia , Peptídeos/imunologia , Peptídeos/química , Apresentação de Antígeno/imunologia , Receptores de Antígenos de Linfócitos T/imunologia , Camundongos Endogâmicos NOD , Análise de Célula Única/métodos
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