Detalhe da pesquisa
1.
MSFragger-Labile: A Flexible Method to Improve Labile PTM Analysis in Proteomics.
Mol Cell Proteomics
; 22(5): 100538, 2023 05.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37004988
2.
Multiattribute Glycan Identification and FDR Control for Glycoproteomics.
Mol Cell Proteomics
; 21(3): 100205, 2022 03.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35091091
3.
SP3-Enabled Rapid and High Coverage Chemoproteomic Identification of Cell-State-Dependent Redox-Sensitive Cysteines.
Mol Cell Proteomics
; 21(4): 100218, 2022 04.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35219905
4.
Implementing the MSFragger Search Engine as a Node in Proteome Discoverer.
J Proteome Res
; 22(2): 520-525, 2023 02 03.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36475762
5.
Evaluating Linear Ion Trap for MS3-Based Multiplexed Single-Cell Proteomics.
Anal Chem
; 2023 Jan 13.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36637389
6.
Fast and comprehensive N- and O-glycoproteomics analysis with MSFragger-Glyco.
Nat Methods
; 17(11): 1125-1132, 2020 11.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33020657
7.
IonQuant Enables Accurate and Sensitive Label-Free Quantification With FDR-Controlled Match-Between-Runs.
Mol Cell Proteomics
; 20: 100077, 2021.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33813065
8.
PTM-Shepherd: Analysis and Summarization of Post-Translational and Chemical Modifications From Open Search Results.
Mol Cell Proteomics
; 20: 100018, 2021.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33568339
9.
Fast Quantitative Analysis of timsTOF PASEF Data with MSFragger and IonQuant.
Mol Cell Proteomics
; 19(9): 1575-1585, 2020 09.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32616513
10.
Fast Deisotoping Algorithm and Its Implementation in the MSFragger Search Engine.
J Proteome Res
; 20(1): 498-505, 2021 01 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33332123
11.
Proteomic Profiling of the Substantia Nigra to Identify Determinants of Lewy Body Pathology and Dopaminergic Neuronal Loss.
J Proteome Res
; 20(5): 2266-2282, 2021 05 07.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33900085
12.
Xolik: finding cross-linked peptides with maximum paired scores in linear time.
Bioinformatics
; 35(2): 251-257, 2019 01 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-30649350
13.
Establishment of Dimethyl Labeling-based Quantitative Acetylproteomics in Arabidopsis.
Mol Cell Proteomics
; 17(5): 1010-1027, 2018 05.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-29440448
14.
Development of in Planta Chemical Cross-Linking-Based Quantitative Interactomics in Arabidopsis.
J Proteome Res
; 17(9): 3195-3213, 2018 09 07.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-30084631
15.
Exhaustively Identifying Cross-Linked Peptides with a Linear Computational Complexity.
J Proteome Res
; 16(10): 3942-3952, 2017 10 06.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-28825304
16.
In planta chemical cross-linking and mass spectrometry analysis of protein structure and interaction in Arabidopsis.
Proteomics
; 16(13): 1915-27, 2016 07.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-27198063
17.
ECL: an exhaustive search tool for the identification of cross-linked peptides using whole database.
BMC Bioinformatics
; 17(1): 217, 2016 May 20.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-27206479
18.
PIPI: PTM-Invariant Peptide Identification Using Coding Method.
J Proteome Res
; 15(12): 4423-4435, 2016 12 02.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-27748123
19.
An MSstats workflow for detecting differentially abundant proteins in large-scale data-independent acquisition mass spectrometry experiments with FragPipe processing.
Nat Protoc
; 2024 May 20.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38769142
20.
Analysis and visualization of quantitative proteomics data using FragPipe-Analyst.
bioRxiv
; 2024 Mar 10.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38496650