Motif oriented high-resolution analysis of ChIP-seq data reveals the topological order of CTCF and cohesin proteins on DNA.

Nagy, Gergely; Czipa, Erik; Steiner, László; Nagy, Tibor; Pongor, Sándor; Nagy, László; Barta, Endre

Nagy, Gergely; Czipa, Erik; Steiner, László; Nagy, Tibor; Pongor, Sándor; Nagy, László; Barta, Endre.

Afiliação

Nagy G; Department of Biochemistry and Molecular Biology, University of Debrecen, Debrecen, H-4032, Hungary.
Czipa E; MTA-DE Lendület Immunogenomics Research Group, University of Debrecen, Debrecen, H-4032, Hungary.
Steiner L; Department of Biochemistry and Molecular Biology, University of Debrecen, Debrecen, H-4032, Hungary.
Nagy T; UD-GenoMed Medical Genomic Technologies Research & Development Services Ltd., Nagyerdei krt. 98., Debrecen, H-4032, Hungary.
Pongor S; Agricultural Genomics and Bioinformatics Group, Agricultural Biotechnology Institute, NARIC, Gödöllo, H-2100, Hungary.
Nagy L; Present address: Wellcome Trust Sanger Institute, Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, CB10 1SA, UK.
Barta E; Faculty of Information Technology and Bionics, Pázmány Péter Catholic University Budapest H-1083, Gödöllo, Hungary.

BMC Genomics ; 17(1): 637, 2016 08 15.

Article em En | MEDLINE | ID: mdl-27526722

Assuntos

Proteínas de Ciclo Celular/metabolismo; Proteínas Cromossômicas não Histona/metabolismo; DNA/metabolismo; Proteínas Repressoras/metabolismo; Animais; Sítios de Ligação; Fator de Ligação a CCCTC; Proteínas de Ciclo Celular/química; Proteínas de Ciclo Celular/genética; Imunoprecipitação da Cromatina; Proteínas Cromossômicas não Histona/química; Proteínas Cromossômicas não Histona/genética; DNA/química; Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala; Humanos; Camundongos; Proteínas Nucleares/química; Proteínas Nucleares/metabolismo; Conformação de Ácido Nucleico; Ligação Proteica; Proteínas Repressoras/química; Proteínas Repressoras/genética; Análise de Sequência de DNA; Coesinas

Palavras-chave

CTCF; ChIP-seq; DNA loop; cohesin

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Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Proteínas Repressoras / DNA / Proteínas Cromossômicas não Histona / Proteínas de Ciclo Celular Tipo de estudo: Prognostic_studies Limite: Animals / Humans Idioma: En Revista: BMC Genomics Assunto da revista: GENETICA Ano de publicação: 2016 Tipo de documento: Article País de afiliação: Hungria

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