ViFi: accurate detection of viral integration and mRNA fusion reveals indiscriminate and unregulated transcription in proximal genomic regions in cervical cancer.

Nguyen, Nam-Phuong D; Deshpande, Viraj; Luebeck, Jens; Mischel, Paul S; Bafna, Vineet

Nguyen, Nam-Phuong D; Deshpande, Viraj; Luebeck, Jens; Mischel, Paul S; Bafna, Vineet.

Afiliação

Nguyen ND; Computer Science and Engineering, University of California San Diego, 9500 Gilman Dr, La Jolla, CA 92093, USA.
Deshpande V; Computer Science and Engineering, University of California San Diego, 9500 Gilman Dr, La Jolla, CA 92093, USA.
Luebeck J; Bioinformatics and Systems Biology Program, University of California San Diego, 9500 Gilman Dr, La Jolla, CA 92093, USA.
Mischel PS; Ludwig Institute for Cancer Research, University of California, San Diego, 9500 Gilman Dr, La Jolla, CA 92093, USA.
Bafna V; Department of Pathology, University of California, San Diego, 9500 Gilman Dr, La Jolla, CA 92093, USA.

Nucleic Acids Res ; 46(7): 3309-3325, 2018 04 20.

Article em En | MEDLINE | ID: mdl-29579309

Assuntos

DNA Circular/química; Papillomaviridae/genética; Neoplasias do Colo do Útero/genética; Integração Viral/genética; Biologia Computacional/instrumentação; DNA Circular/genética; DNA Viral/química; DNA Viral/genética; Feminino; Regulação Neoplásica da Expressão Gênica; Genoma Humano/genética; Humanos; Elementos Nucleotídeos Longos e Dispersos/genética; Papillomaviridae/patogenicidade; RNA Mensageiro/química; RNA Mensageiro/genética; Sequências Repetidas Terminais/genética; Transcrição Gênica; Neoplasias do Colo do Útero/patologia; Neoplasias do Colo do Útero/virologia

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Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Papillomaviridae / DNA Circular / Neoplasias do Colo do Útero / Integração Viral Tipo de estudo: Diagnostic_studies Limite: Female / Humans Idioma: En Revista: Nucleic Acids Res Ano de publicação: 2018 Tipo de documento: Article País de afiliação: Estados Unidos

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