Analysis and correction of compositional bias in sparse sequencing count data.

Kumar, M Senthil; Slud, Eric V; Okrah, Kwame; Hicks, Stephanie C; Hannenhalli, Sridhar; Corrada Bravo, Héctor

Kumar, M Senthil; Slud, Eric V; Okrah, Kwame; Hicks, Stephanie C; Hannenhalli, Sridhar; Corrada Bravo, Héctor.

Afiliação

Kumar MS; Graduate Program in Bioinformatics, University of Maryland, College Park, MD, USA. smuthiah@umiacs.umd.edu.
Slud EV; Center for Bioinformatics and Computational Biology, University of Maryland, College Park, MD, USA. smuthiah@umiacs.umd.edu.
Okrah K; Department of Mathematics, University of Maryland, College Park, MD, USA.
Hicks SC; Center for Statistical Research and Methodology, U.S Census Bureau, Suitland, MD, USA.
Hannenhalli S; GRED Oncology Biostatistics, Genentech, San Francisco, CA, USA.
Corrada Bravo H; Biostatistics and Computational Biology, Dana-Farber Cancer Institute, Harvard University, Boston, MA, USA.

BMC Genomics ; 19(1): 799, 2018 Nov 06.

Article em En | MEDLINE | ID: mdl-30400812

Assuntos

Algoritmos; Biologia Computacional/métodos; Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala/métodos; Metagenômica/métodos; Microbiota; RNA Ribossômico 16S/genética; Teorema de Bayes

Palavras-chave

Absolute abundance; Compositional bias; Count data; Data integration; Empirical Bayes; Metagenomics; Normalization; Spike-in; scRNAseq

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Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Algoritmos / RNA Ribossômico 16S / Biologia Computacional / Metagenômica / Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala / Microbiota Idioma: En Revista: BMC Genomics Assunto da revista: GENETICA Ano de publicação: 2018 Tipo de documento: Article País de afiliação: Estados Unidos

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