metaSPARSim: a 16S rRNA gene sequencing count data simulator.

Patuzzi, Ilaria; Baruzzo, Giacomo; Losasso, Carmen; Ricci, Antonia; Di Camillo, Barbara

Patuzzi, Ilaria; Baruzzo, Giacomo; Losasso, Carmen; Ricci, Antonia; Di Camillo, Barbara.

Afiliação

Patuzzi I; Department of Information Engineering, University of Padova, via Giovanni Gradenigo, 6, Padova, 35131, Italy.
Baruzzo G; Microbial Ecology Unit, Istituto Zooprofilattico Sperimentale delle Venezie, Viale dell'Università, 10, Legnaro (PD), 35020, Italy.
Losasso C; Department of Information Engineering, University of Padova, via Giovanni Gradenigo, 6, Padova, 35131, Italy.
Ricci A; Microbial Ecology Unit, Istituto Zooprofilattico Sperimentale delle Venezie, Viale dell'Università, 10, Legnaro (PD), 35020, Italy.
Di Camillo B; Istituto Zooprofilattico Sperimentale delle Venezie, Viale dell'Università, 10, Legnaro (PD), 35020, Italy.

BMC Bioinformatics ; 20(Suppl 9): 416, 2019 Nov 22.

Article em En | MEDLINE | ID: mdl-31757204

Assuntos

Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala/métodos; Metagenômica; RNA Ribossômico 16S/genética; Software; Animais; Simulação por Computador; DNA Ribossômico/genética; Bases de Dados Genéticas; Humanos; Metagenoma

Palavras-chave

16S rRNA; Compositional; Count data; Metagenomic; Microbiome; Simulator; Sparse

Texto completo

Imprimir

XML

PubMed Links

Buscar no Google

Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Software / RNA Ribossômico 16S / Metagenômica / Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala Limite: Animals / Humans Idioma: En Revista: BMC Bioinformatics Assunto da revista: INFORMATICA MEDICA Ano de publicação: 2019 Tipo de documento: Article País de afiliação: Itália

Texto completo

Imprimir

XML

PubMed Links

Buscar no Google