Measuring Chromatin Accessibility: ATAC-Seq.

Sahu, Sanjeeb Kumar; Basu, Amitava; Tiwari, Vijay K

Sahu, Sanjeeb Kumar; Basu, Amitava; Tiwari, Vijay K.

Afiliação

Sahu SK; Salk Institute for Biological Studies, La Jolla, CA, USA.
Basu A; Institute of Molecular Biology (IMB), Mainz, Germany.
Tiwari VK; Wellcome-Wolfson Institute for Experimental Medicine, School of Medicine, Dentistry & Biomedical Science, Queen's University Belfast, Belfast, UK. v.tiwari@qub.ac.uk.

Methods Mol Biol ; 2351: 105-121, 2021.

Article em En | MEDLINE | ID: mdl-34382186

ABSTRACT

ABSTRACT

Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing (ATAC-Seq) is a method to investigate the accessibility of chromatin in a genome-wide fashion. In this chapter, we provide a brief history of the chromatin accessibility field followed by a detailed protocol to perform ATAC-Seq assay.

Assuntos

Montagem e Desmontagem da Cromatina; Cromatina/genética; Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala/métodos; Biologia Computacional/métodos; Elementos de DNA Transponíveis; Análise de Dados; Regulação da Expressão Gênica; Biblioteca Gênica; Estudo de Associação Genômica Ampla; Humanos; Nucleossomos/metabolismo; Controle de Qualidade; Análise de Sequência de DNA; Transposases/metabolismo

Palavras-chave

ATAC-seq; Chromatin accessibility; Gene regulation; Nucleosome; Transposase

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Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Cromatina / Montagem e Desmontagem da Cromatina / Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala Tipo de estudo: Prognostic_studies Limite: Humans Idioma: En Revista: Methods Mol Biol Assunto da revista: BIOLOGIA MOLECULAR Ano de publicação: 2021 Tipo de documento: Article País de afiliação: Estados Unidos

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