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1.

Principles of Cold Adaptation of Fish Lactate Dehydrogenases Revealed by Computer Simulations of the Catalytic Reaction.

Koenekoop, Lucien; Åqvist, Johan.

Mol Biol Evol ; 40(5)2023 05 02.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-37116207

2.

The Activation Parameters of a Cold-Adapted Short Chain Dehydrogenase Are Insensitive to Enzyme Oligomerization.

Koenekoop, Lucien; van der Ent, Florian; Purg, Miha; Åqvist, Johan.

Biochemistry ; 61(7): 514-522, 2022 04 05.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-35229609

3.

Structure and Mechanism of a Cold-Adapted Bacterial Lipase.

van der Ent, Florian; Lund, Bjarte A; Svalberg, Linn; Purg, Miha; Chukwu, Ghislean; Widersten, Mikael; Isaksen, Geir V; Brandsdal, Bjørn O; Åqvist, Johan.

Biochemistry ; 61(10): 933-942, 2022 05 17.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-35503728

4.

Deciphering conformational selectivity in the A2A adenosine G protein-coupled receptor by free energy simulations.

Jespers, Willem; Heitman, Laura H; IJzerman, Adriaan P; Sotelo, Eddy; van Westen, Gerard J P; Åqvist, Johan; Gutiérrez-de-Terán, Hugo.

PLoS Comput Biol ; 17(11): e1009152, 2021 11.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-34818333

5.

Transition States for Psychrophilic and Mesophilic (R)-3-Hydroxybutyrate Dehydrogenase-Catalyzed Hydride Transfer at Sub-zero Temperatures.

Machado, Teresa F G; Purg, Miha; Åqvist, Johan; da Silva, Rafael G.

Biochemistry ; 60(27): 2186-2194, 2021 07 13.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-34190541

6.

Complementary charge-based interaction between the ribosomal-stalk protein L7/12 and IF2 is the key to rapid subunit association.

Ge, Xueliang; Mandava, Chandra Sekhar; Lind, Christoffer; Åqvist, Johan; Sanyal, Suparna.

Proc Natl Acad Sci U S A ; 115(18): 4649-4654, 2018 05 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-29686090

7.

Hidden Conformational States and Strange Temperature Optima in Enzyme Catalysis.

Åqvist, Johan; Socan, Jaka; Purg, Miha.

Biochemistry ; 59(40): 3844-3855, 2020 10 13.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-32975950

8.

Free energy calculations of RNA interactions.

Lind, Christoffer; Esguerra, Mauricio; Jespers, Willem; Satpati, Priyadarshi; Gutierrez-de-Terán, Hugo; Åqvist, Johan.

Methods ; 162-163: 85-95, 2019 06 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-30794905

9.

Mechanistic alternatives for peptide bond formation on the ribosome.

Kazemi, Masoud; Socan, Jaka; Himo, Fahmi; Åqvist, Johan.

Nucleic Acids Res ; 46(11): 5345-5354, 2018 06 20.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-29746669

10.

X-Ray Crystallography and Free Energy Calculations Reveal the Binding Mechanism of A_2A Adenosine Receptor Antagonists.

Jespers, Willem; Verdon, Grégory; Azuaje, Jhonny; Majellaro, Maria; Keränen, Henrik; García-Mera, Xerardo; Congreve, Miles; Deflorian, Francesca; de Graaf, Chris; Zhukov, Andrei; Doré, Andrew S; Mason, Jonathan S; Åqvist, Johan; Cooke, Robert M; Sotelo, Eddy; Gutiérrez-de-Terán, Hugo.

Angew Chem Int Ed Engl ; 59(38): 16536-16543, 2020 09 14.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-32542862

11.

Enzyme catalysis by entropy without Circe effect.

Kazemi, Masoud; Himo, Fahmi; Åqvist, Johan.

Proc Natl Acad Sci U S A ; 113(9): 2406-11, 2016 Mar 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-26755610

12.

Enzyme surface rigidity tunes the temperature dependence of catalytic rates.

Isaksen, Geir Villy; Åqvist, Johan; Brandsdal, Bjørn Olav.

Proc Natl Acad Sci U S A ; 113(28): 7822-7, 2016 07 12.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-27354533

13.

Molecular Mechanisms in the Selectivity of Nonsteroidal Anti-Inflammatory Drugs.

Shamsudin, Yasmin; Gutiérrez-de-Terán, Hugo; Åqvist, Johan.

Biochemistry ; 57(7): 1236-1248, 2018 02 20.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-29345921

14.

Catalytic Adaptation of Psychrophilic Elastase.

Socan, Jaka; Kazemi, Masoud; Isaksen, Geir Villy; Brandsdal, Bjørn Olav; Åqvist, Johan.

Biochemistry ; 57(20): 2984-2993, 2018 05 22.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-29726678

15.

Elucidation of the Binding Mode of the Carboxyterminal Region of Peptide YY to the Human Y₂ Receptor.

Xu, Bo; Vasile, Silvana; Østergaard, Søren; Paulsson, Johan F; Pruner, Jasna; Åqvist, Johan; Wulff, Birgitte S; Gutiérrez-de-Terán, Hugo; Larhammar, Dan.

Mol Pharmacol ; 93(4): 323-334, 2018 04.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-29367257

16.

Entropy and Enzyme Catalysis.

Åqvist, Johan; Kazemi, Masoud; Isaksen, Geir Villy; Brandsdal, Bjørn Olav.

Acc Chem Res ; 50(2): 199-207, 2017 02 21.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-28169522

17.

Principles of start codon recognition in eukaryotic translation initiation.

Lind, Christoffer; Åqvist, Johan.

Nucleic Acids Res ; 44(17): 8425-32, 2016 09 30.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-27280974

18.

Cold Adaptation of Triosephosphate Isomerase.

Åqvist, Johan.

Biochemistry ; 56(32): 4169-4176, 2017 08 15.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-28731682

19.

Probing the Time Dependency of Cyclooxygenase-1 Inhibitors by Computer Simulations.

Shamsudin, Yasmin; Gutiérrez-de-Terán, Hugo; Åqvist, Johan.

Biochemistry ; 56(13): 1911-1920, 2017 04 04.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-28304156

20.

Thermodynamics of the Purine Nucleoside Phosphorylase Reaction Revealed by Computer Simulations.