Testing the existence of an unadmixed ancestor from a specific population t generations ago.

The ancestry of each locus of the genome can be estimated (local ancestry) based on sequencing or genotyping information together with reference panels of ancestral source populations. The length of those ancestry-specific genomic segments are commonly used to understand migration waves and admixture events. In short time scales, it is often of interest to determine the existence of the most recent unadmixed ancestor from a specific population t generations ago. We built a hypothesis test to determine if an individual has an ancestor belonging to a target ancestral population t generations ago based on these lengths of the ancestry-specific segments at an individual level. We applied this test on a data set that includes 20 Uruguayan admixed individuals to estimate for each one how many generations ago the most recent indigenous ancestor lived. As this method tests each individual separately, it is particularly suited to small sample sizes, such as our study or ancient genome samples.

Indigenous Ancestry and Admixture in the Uruguayan Population.

The Amerindian group known as the Charrúas inhabited Uruguay at the timing of European colonial contact. Even though they were extinguished as an ethnic group as a result of a genocide, Charrúan heritage is part of the Uruguayan identity both culturally and genetically. While mitochondrial DNA studies have shown evidence of Amerindian ancestry in living Uruguayans, here we undertake whole-genome sequencing of 10 Uruguayan individuals with self-declared Charruan heritage. We detect chromosomal segments of Amerindian ancestry supporting the presence of indigenous genetic ancestry in living descendants. Specific haplotypes were found to be enriched in "Charrúas" and rare in the rest of the Amerindian groups studied. Some of these we interpret as the result of positive selection, as we identified selection signatures and they were located mostly within genes related to the infectivity of specific viruses. Historical records describe contacts of the Charrúas with other Amerindians, such as Guaraní, and patterns of genomic similarity observed here concur with genomic similarity between these groups. Less expected, we found a high genomic similarity of the Charrúas to Diaguita from Argentinian and Chile, which could be explained by geographically proximity. Finally, by fitting admixture models of Amerindian and European ancestry for the Uruguayan population, we were able to estimate the timing of the first pulse of admixture between European and Uruguayan indigenous peoples in approximately 1658 and the second migration pulse in 1683. Both dates roughly concurring with the Franciscan missions in 1662 and the foundation of the city of Colonia in 1680 by the Spanish.

Standardized Whole-Blood Transcriptional Profiling Enables the Deconvolution of Complex Induced Immune Responses.

Systems approaches for the study of immune signaling pathways have been traditionally based on purified cells or cultured lines. However, in vivo responses involve the coordinated action of multiple cell types, which interact to establish an inflammatory microenvironment. We employed standardized whole-blood stimulation systems to test the hypothesis that responses to Toll-like receptor ligands or whole microbes can be defined by the transcriptional signatures of key cytokines. We found 44 genes, identified using Support Vector Machine learning, that captured the diversity of complex innate immune responses with improved segregation between distinct stimuli. Furthermore, we used donor variability to identify shared inter-cellular pathways and trace cytokine loops involved in gene expression. This provides strategies for dimension reduction of large datasets and deconvolution of innate immune responses applicable for characterizing immunomodulatory molecules. Moreover, we provide an interactive R-Shiny application with healthy donor reference values for induced inflammatory genes.

Variantes anatómicas de la arteria hepática: la importancia de su reconocimiento en la cirugía digestiva / Anatomic variants of the hepatic artery: importance for the digestive surgery

Objetivo: describir las variantes anatómicas de la arteria hepática, resaltar su importancia en la cirugía digestiva y sugerir pautas para su reconocimiento tanto pre como intraoperatorio. Lugar de aplicación: dos hospitales públicos de alta complejidad. Diseño: longitudinal, retrospectivo, descriptivo. Población: 414 hígados para ser implantados en receptores de Trasplante Hepático, 374 fueron obtenidos de donante cadavéricos y 40 segmentados laterales izquierdo de donante vivo relacionado. Método: se disecaron y clasificaron de acuerdo a su disposición anatómica (según la clasificación propuesta por Michels y modificada por Hiatt) todas las arterias hepáticas de 374 hígados obtenidos de donante cadavérico y 40 de donante vivo relacionado. Resultados: encontramos un 70,7 por ciento de variantes tipo I (distribución normal), 10,6 por ciento tipo II (rama izquierda de la coronaria estomáquica), 7 por ciento tipo III (rama derecha de la Mesentérica superior), 4,8 por ciento tipo IV (triple arteria), 2 por ciento tipo V (hepática común de Mesentérica), 0,8 por ciento tipo VI (hepática común directa de aorta) y 4 por ciento otras variantes no clasificadas. Conclusión: las variantes anatómicas de la arteria hepática son más frecuentes de lo que uno puede esperar y rondan entre el 25 y 40 por ciento. Es importante su estudio preoperatorio y su reconocimiento intraquirúrgico para evitar lesiones de alguna de sus ramas que deriven en consecuencias graves e irreversibles tanto sobre la vía biliar como el hígado

Variantes anatómicas de la arteria hepática: la importancia de su reconocimiento en la cirugía digestiva / Anatomic variants of the hepatic artery: importance for the digestive surgery

Objetivo: describir las variantes anatómicas de la arteria hepática, resaltar su importancia en la cirugía digestiva y sugerir pautas para su reconocimiento tanto pre como intraoperatorio. Lugar de aplicación: dos hospitales públicos de alta complejidad. Diseño: longitudinal, retrospectivo, descriptivo. Población: 414 hígados para ser implantados en receptores de Trasplante Hepático, 374 fueron obtenidos de donante cadavéricos y 40 segmentados laterales izquierdo de donante vivo relacionado. Método: se disecaron y clasificaron de acuerdo a su disposición anatómica (según la clasificación propuesta por Michels y modificada por Hiatt) todas las arterias hepáticas de 374 hígados obtenidos de donante cadavérico y 40 de donante vivo relacionado. Resultados: encontramos un 70,7 por ciento de variantes tipo I (distribución normal), 10,6 por ciento tipo II (rama izquierda de la coronaria estomáquica), 7 por ciento tipo III (rama derecha de la Mesentérica superior), 4,8 por ciento tipo IV (triple arteria), 2 por ciento tipo V (hepática común de Mesentérica), 0,8 por ciento tipo VI (hepática común directa de aorta) y 4 por ciento otras variantes no clasificadas. Conclusión: las variantes anatómicas de la arteria hepática son más frecuentes de lo que uno puede esperar y rondan entre el 25 y 40 por ciento. Es importante su estudio preoperatorio y su reconocimiento intraquirúrgico para evitar lesiones de alguna de sus ramas que deriven en consecuencias graves e irreversibles tanto sobre la vía biliar como el hígado (AU)