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1.

Recombination of repeat elements generates somatic complexity in human genomes.

Pascarella, Giovanni; Hon, Chung Chau; Hashimoto, Kosuke; Busch, Annika; Luginbühl, Joachim; Parr, Callum; Hin Yip, Wing; Abe, Kazumi; Kratz, Anton; Bonetti, Alessandro; Agostini, Federico; Severin, Jessica; Murayama, Shigeo; Suzuki, Yutaka; Gustincich, Stefano; Frith, Martin; Carninci, Piero.

Cell ; 185(16): 3025-3040.e6, 2022 08 04.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-35882231

2.

DEIVA: a web application for interactive visual analysis of differential gene expression profiles.

Harshbarger, Jayson; Kratz, Anton; Carninci, Piero.

BMC Genomics ; 18(1): 47, 2017 01 07.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-28061742

3.

Digital expression profiling of the compartmentalized translatome of Purkinje neurons.

Kratz, Anton; Beguin, Pascal; Kaneko, Megumi; Chimura, Takahiko; Suzuki, Ana Maria; Matsunaga, Atsuko; Kato, Sachi; Bertin, Nicolas; Lassmann, Timo; Vigot, Réjan; Carninci, Piero; Plessy, Charles; Launey, Thomas.

Genome Res ; 24(8): 1396-410, 2014 Aug.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-24904046

4.

Nicotinamide mononucleotide (NMN) alleviates the poly(I:C)-induced inflammatory response in human primary cell cultures.

Sano, Hitomi; Kratz, Anton; Nishino, Taiko; Imamura, Haruna; Yoshida, Yuki; Shimizu, Noriaki; Kitano, Hiroaki; Yachie, Ayako.

Sci Rep ; 13(1): 11765, 2023 07 20.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-37474783

5.

A multi-scale map of protein assemblies in the DNA damage response.

Kratz, Anton; Kim, Minkyu; Kelly, Marcus R; Zheng, Fan; Koczor, Christopher A; Li, Jianfeng; Ono, Keiichiro; Qin, Yue; Churas, Christopher; Chen, Jing; Pillich, Rudolf T; Park, Jisoo; Modak, Maya; Collier, Rachel; Licon, Kate; Pratt, Dexter; Sobol, Robert W; Krogan, Nevan J; Ideker, Trey.

Cell Syst ; 14(6): 447-463.e8, 2023 06 21.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-37220749

6.

Tight associations between transcription promoter type and epigenetic variation in histone positioning and modification.

Nozaki, Tadasu; Yachie, Nozomu; Ogawa, Ryu; Kratz, Anton; Saito, Rintaro; Tomita, Masaru.

BMC Genomics ; 12: 416, 2011 Aug 17.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-21846408

7.

Interpretation of cancer mutations using a multiscale map of protein systems.

Zheng, Fan; Kelly, Marcus R; Ramms, Dana J; Heintschel, Marissa L; Tao, Kai; Tutuncuoglu, Beril; Lee, John J; Ono, Keiichiro; Foussard, Helene; Chen, Michael; Herrington, Kari A; Silva, Erica; Liu, Sophie N; Chen, Jing; Churas, Christopher; Wilson, Nicholas; Kratz, Anton; Pillich, Rudolf T; Patel, Devin N; Park, Jisoo; Kuenzi, Brent; Yu, Michael K; Licon, Katherine; Pratt, Dexter; Kreisberg, Jason F; Kim, Minkyu; Swaney, Danielle L; Nan, Xiaolin; Fraley, Stephanie I; Gutkind, J Silvio; Krogan, Nevan J; Ideker, Trey.

Science ; 374(6563): eabf3067, 2021 Oct.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-34591613

8.

Core promoter structure and genomic context reflect histone 3 lysine 9 acetylation patterns.

Kratz, Anton; Arner, Erik; Saito, Rintaro; Kubosaki, Atsutaka; Kawai, Jun; Suzuki, Harukazu; Carninci, Piero; Arakawa, Takahiro; Tomita, Masaru; Hayashizaki, Yoshihide; Daub, Carsten O.

BMC Genomics ; 11: 257, 2010 Apr 21.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-20409305

9.

GeNESiS: gene network evolution simulation software.

Kratz, Anton; Tomita, Masaru; Krishnan, Arun.

BMC Bioinformatics ; 9: 541, 2008 Dec 16.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-19087333

10.

Christian Schönbach 1965-2023.

Kratz, Anton; Ranganathan, Shoba.

Bioinform Adv ; 3(1): vbad147, 2023.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-37886713

11.

Deep transcriptome profiling of mammalian stem cells supports a regulatory role for retrotransposons in pluripotency maintenance.

Fort, Alexandre; Hashimoto, Kosuke; Yamada, Daisuke; Salimullah, Md; Keya, Chaman A; Saxena, Alka; Bonetti, Alessandro; Voineagu, Irina; Bertin, Nicolas; Kratz, Anton; Noro, Yukihiko; Wong, Chee-Hong; de Hoon, Michiel; Andersson, Robin; Sandelin, Albin; Suzuki, Harukazu; Wei, Chia-Lin; Koseki, Haruhiko; Hasegawa, Yuki; Forrest, Alistair R R; Carninci, Piero.

Nat Genet ; 46(6): 558-66, 2014 Jun.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-24777452

12.

The devil in the details of RNA-seq.

Kratz, Anton; Carninci, Piero.

Nat Biotechnol ; 32(9): 882-4, 2014 Sep.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-25203036

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