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1.

Cachexia: A systemic consequence of progressive, unresolved disease.

Ferrer, Miriam; Anthony, Tracy G; Ayres, Janelle S; Biffi, Giulia; Brown, Justin C; Caan, Bette J; Cespedes Feliciano, Elizabeth M; Coll, Anthony P; Dunne, Richard F; Goncalves, Marcus D; Grethlein, Jonas; Heymsfield, Steven B; Hui, Sheng; Jamal-Hanjani, Mariam; Lam, Jie Min; Lewis, David Y; McCandlish, David; Mustian, Karen M; O'Rahilly, Stephen; Perrimon, Norbert; White, Eileen P; Janowitz, Tobias.

Cell ; 186(9): 1824-1845, 2023 04 27.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-37116469

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2.

Robust genetic codes enhance protein evolvability.

Rozhonová, Hana; Martí-Gómez, Carlos; McCandlish, David M; Payne, Joshua L.

PLoS Biol ; 22(5): e3002594, 2024 May.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-38754362

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC11098591
https://dx.doi.org/10.1371/journal.pbio.3002594

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3.

Mutation bias shapes the spectrum of adaptive substitutions.

Cano, Alejandro V; Rozhonová, Hana; Stoltzfus, Arlin; McCandlish, David M; Payne, Joshua L.

Proc Natl Acad Sci U S A ; 119(7)2022 02 15.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-35145034

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8851560
https://dx.doi.org/10.1073/pnas.2119720119

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4.

Higher-order epistasis and phenotypic prediction.

Zhou, Juannan; Wong, Mandy S; Chen, Wei-Chia; Krainer, Adrian R; Kinney, Justin B; McCandlish, David M.

Proc Natl Acad Sci U S A ; 119(39): e2204233119, 2022 09 27.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-36129941

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC9522415
https://dx.doi.org/10.1073/pnas.2204233119

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5.

Field-theoretic density estimation for biological sequence space with applications to 5' splice site diversity and aneuploidy in cancer.

Chen, Wei-Chia; Zhou, Juannan; Sheltzer, Jason M; Kinney, Justin B; McCandlish, David M.

Proc Natl Acad Sci U S A ; 118(40)2021 10 05.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-34599093

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8501885
https://dx.doi.org/10.1073/pnas.2025782118

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6.

Mutation and Selection Induce Correlations between Selection Coefficients and Mutation Rates.

Gitschlag, Bryan L; Cano, Alejandro V; Payne, Joshua L; McCandlish, David M; Stoltzfus, Arlin.

Am Nat ; 202(4): 534-557, 2023 10.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-37792926

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7.

Massively Parallel Assays and Quantitative Sequence-Function Relationships.

Kinney, Justin B; McCandlish, David M.

Annu Rev Genomics Hum Genet ; 20: 99-127, 2019 08 31.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-31091417

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8.

Inferring the shape of global epistasis.

Otwinowski, Jakub; McCandlish, David M; Plotkin, Joshua B.

Proc Natl Acad Sci U S A ; 115(32): E7550-E7558, 2018 08 07.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-30037990

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6094095
https://dx.doi.org/10.1073/pnas.1804015115

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9.

Mutational Biases Influence Parallel Adaptation.

Stoltzfus, Arlin; McCandlish, David M.

Mol Biol Evol ; 34(9): 2163-2172, 2017 09 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-28645195

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5850294
https://dx.doi.org/10.1093/molbev/msx180

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10.

Long-term evolution on complex fitness landscapes when mutation is weak.

McCandlish, David M.

Heredity (Edinb) ; 121(5): 449-465, 2018 11.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-30232363

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6180110
https://dx.doi.org/10.1038/s41437-018-0142-6

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11.

Contingency and entrenchment in protein evolution under purifying selection.

Shah, Premal; McCandlish, David M; Plotkin, Joshua B.

Proc Natl Acad Sci U S A ; 112(25): E3226-35, 2015 Jun 23.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-26056312

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4485141
https://dx.doi.org/10.1073/pnas.1412933112

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12.

The genealogical decomposition of a matrix population model with applications to the aggregation of stages.

Bienvenu, François; Akçay, Erol; Legendre, Stéphane; McCandlish, David M.

Theor Popul Biol ; 115: 69-80, 2017 06.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-28476403

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13.

Assortative mating can impede or facilitate fixation of underdominant alleles.

Newberry, Mitchell G; McCandlish, David M; Plotkin, Joshua B.

Theor Popul Biol ; 112: 14-21, 2016 12.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-27497738

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5642052
https://dx.doi.org/10.1016/j.tpb.2016.07.003

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14.

Evolution of Epistasis: Small Populations Go Their Separate Ways.

McCandlish, David M; Lang, Gregory I.

J Mol Evol ; 88(5): 418-420, 2020 07.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-32435963

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7288778
https://dx.doi.org/10.1007/s00239-020-09950-4

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15.

Formal properties of the probability of fixation: identities, inequalities and approximations.

McCandlish, David M; Epstein, Charles L; Plotkin, Joshua B.

Theor Popul Biol ; 99: 98-113, 2015 Feb.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-25450112

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16.

The role of epistasis in protein evolution.

McCandlish, David M; Rajon, Etienne; Shah, Premal; Ding, Yang; Plotkin, Joshua B.

Nature ; 497(7451): E1-2; discussion E2-3, 2013 May 30.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-23719465

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17.

Transcriptional errors and the drift barrier.

McCandlish, David M; Plotkin, Joshua B.

Proc Natl Acad Sci U S A ; 113(12): 3136-8, 2016 Mar 22.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-26966235

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4812742
https://dx.doi.org/10.1073/pnas.1601785113

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18.

Symmetry, gauge freedoms, and the interpretability of sequence-function relationships.

Posfai, Anna; McCandlish, David M; Kinney, Justin B.

bioRxiv ; 2024 May 13.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-38798625

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC11118426
https://dx.doi.org/10.1101/2024.05.12.593774

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19.

Density estimation for ordinal biological sequences and its applications.

Chen, Wei-Chia; Zhou, Juannan; McCandlish, David M.

ArXiv ; 2024 Apr 17.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-38699164

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20.

Interpreting cis-regulatory mechanisms from genomic deep neural networks using surrogate models.

Seitz, Evan E; McCandlish, David M; Kinney, Justin B; Koo, Peter K.

bioRxiv ; 2024 Mar 02.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-38013993

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC10680760
https://dx.doi.org/10.1101/2023.11.14.567120

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