Búsqueda | Portal de Búsqueda de la BVS Ecuador

1.

A mouse-specific retrotransposon drives a conserved Cdk2ap1 isoform essential for development.

Modzelewski, Andrew J; Shao, Wanqing; Chen, Jingqi; Lee, Angus; Qi, Xin; Noon, Mackenzie; Tjokro, Kristy; Sales, Gabriele; Biton, Anne; Anand, Aparna; Speed, Terence P; Xuan, Zhenyu; Wang, Ting; Risso, Davide; He, Lin.

Cell ; 184(22): 5541-5558.e22, 2021 10 28.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-34644528

2.

Rapid non-uniform adaptation to conformation-specific KRAS(G12C) inhibition.

Xue, Jenny Y; Zhao, Yulei; Aronowitz, Jordan; Mai, Trang T; Vides, Alberto; Qeriqi, Besnik; Kim, Dongsung; Li, Chuanchuan; de Stanchina, Elisa; Mazutis, Linas; Risso, Davide; Lito, Piro.

Nature ; 577(7790): 421-425, 2020 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-31915379

3.

Epigenetic evolution and lineage histories of chronic lymphocytic leukaemia.

Gaiti, Federico; Chaligne, Ronan; Gu, Hongcang; Brand, Ryan M; Kothen-Hill, Steven; Schulman, Rafael C; Grigorev, Kirill; Risso, Davide; Kim, Kyu-Tae; Pastore, Alessandro; Huang, Kevin Y; Alonso, Alicia; Sheridan, Caroline; Omans, Nathaniel D; Biederstedt, Evan; Clement, Kendell; Wang, Lili; Felsenfeld, Joshua A; Bhavsar, Erica B; Aryee, Martin J; Allan, John N; Furman, Richard; Gnirke, Andreas; Wu, Catherine J; Meissner, Alexander; Landau, Dan A.

Nature ; 569(7757): 576-580, 2019 05.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-31092926

4.

Improving replicability in single-cell RNA-Seq cell type discovery with Dune.

Roux de Bézieux, Hector; Street, Kelly; Fischer, Stephan; Van den Berge, Koen; Chance, Rebecca; Risso, Davide; Gillis, Jesse; Ngai, John; Purdom, Elizabeth; Dudoit, Sandrine.

BMC Bioinformatics ; 25(1): 198, 2024 May 24.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-38789920

5.

benchdamic: benchmarking of differential abundance methods for microbiome data.

Calgaro, Matteo; Romualdi, Chiara; Risso, Davide; Vitulo, Nicola.

Bioinformatics ; 39(1)2023 01 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-36477500

6.

Curated single cell multimodal landmark datasets for R/Bioconductor.

Eckenrode, Kelly B; Righelli, Dario; Ramos, Marcel; Argelaguet, Ricard; Vanderaa, Christophe; Geistlinger, Ludwig; Culhane, Aedin C; Gatto, Laurent; Carey, Vincent; Morgan, Martin; Risso, Davide; Waldron, Levi.

PLoS Comput Biol ; 19(8): e1011324, 2023 08.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-37624866

7.

Does sweetness exposure drive 'sweet tooth'?

Mela, David J; Risso, Davide.

Br J Nutr ; 131(11): 1934-1944, 2024 Jun 14.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-38403648

8.

Orchestrating single-cell analysis with Bioconductor.

Amezquita, Robert A; Lun, Aaron T L; Becht, Etienne; Carey, Vince J; Carpp, Lindsay N; Geistlinger, Ludwig; Marini, Federico; Rue-Albrecht, Kevin; Risso, Davide; Soneson, Charlotte; Waldron, Levi; Pagès, Hervé; Smith, Mike L; Huber, Wolfgang; Morgan, Martin; Gottardo, Raphael; Hicks, Stephanie C.

Nat Methods ; 17(2): 137-145, 2020 02.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-31792435

9.

Publisher Correction: Orchestrating single-cell analysis with Bioconductor.

Amezquita, Robert A; Lun, Aaron T L; Becht, Etienne; Carey, Vince J; Carpp, Lindsay N; Geistlinger, Ludwig; Marini, Federico; Rue-Albrecht, Kevin; Risso, Davide; Soneson, Charlotte; Waldron, Levi; Pagès, Hervé; Smith, Mike L; Huber, Wolfgang; Morgan, Martin; Gottardo, Raphael; Hicks, Stephanie C.

Nat Methods ; 17(2): 242, 2020 Feb.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-31827272

10.

NewWave: a scalable R/Bioconductor package for the dimensionality reduction and batch effect removal of single-cell RNA-seq data.

Agostinis, Federico; Romualdi, Chiara; Sales, Gabriele; Risso, Davide.

Bioinformatics ; 38(9): 2648-2650, 2022 04 28.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-35266509

11.

SpatialExperiment: infrastructure for spatially-resolved transcriptomics data in R using Bioconductor.

Righelli, Dario; Weber, Lukas M; Crowell, Helena L; Pardo, Brenda; Collado-Torres, Leonardo; Ghazanfar, Shila; Lun, Aaron T L; Hicks, Stephanie C; Risso, Davide.

Bioinformatics ; 38(11): 3128-3131, 2022 05 26.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-35482478

12.

Low-no-calorie sweeteners exert marked compound-specific impact on the human gut microbiota ex vivo.

Van den Abbeele, Pieter; Poppe, Jonas; Deyaert, Stef; Laurie, Ieva; Otto Gravert, Thorsten Klaus; Abrahamsson, Anna; Baudot, Aurélien; Karnik, Kavita; Risso, Davide.

Int J Food Sci Nutr ; 74(5): 630-644, 2023 Sep.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-37537786

13.

Age-Dependent Prebiotic Effects of Soluble Corn Fiber in M-SHIME^® Gut Microbial Ecosystems.

Arroyo, Marta Calatayud; Laurie, Ieva; Rotsaert, Chloë; Marzorati, Massimo; Risso, Davide; Karnik, Kavita.

Plant Foods Hum Nutr ; 78(1): 213-220, 2023 Mar.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-36694053

14.

A Bartlett-type correction for likelihood ratio tests with application to testing equality of Gaussian graphical models.

Banzato, Erika; Chiogna, Monica; Djordjilovic, Vera; Risso, Davide.

Stat Probab Lett ; 1932023 Feb.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-38584807

15.

The Human-Specific BOLA2 Duplication Modifies Iron Homeostasis and Anemia Predisposition in Chromosome 16p11.2 Autism Individuals.

Giannuzzi, Giuliana; Schmidt, Paul J; Porcu, Eleonora; Willemin, Gilles; Munson, Katherine M; Nuttle, Xander; Earl, Rachel; Chrast, Jacqueline; Hoekzema, Kendra; Risso, Davide; Männik, Katrin; De Nittis, Pasquelena; Baratz, Ethan D; Herault, Yann; Gao, Xiang; Philpott, Caroline C; Bernier, Raphael A; Kutalik, Zoltan; Fleming, Mark D; Eichler, Evan E; Reymond, Alexandre.

Am J Hum Genet ; 105(5): 947-958, 2019 11 07.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-31668704

16.

Per-sample standardization and asymmetric winsorization lead to accurate clustering of RNA-seq expression profiles.

Risso, Davide; Pagnotta, Stefano Maria.

Bioinformatics ; 37(16): 2356-2364, 2021 Aug 25.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-33560368

17.

PsiNorm: a scalable normalization for single-cell RNA-seq data.

Borella, Matteo; Martello, Graziano; Risso, Davide; Romualdi, Chiara.

Bioinformatics ; 38(1): 164-172, 2021 12 22.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-34499096

18.

mbkmeans: Fast clustering for single cell data using mini-batch k-means.

Hicks, Stephanie C; Liu, Ruoxi; Ni, Yuwei; Purdom, Elizabeth; Risso, Davide.

PLoS Comput Biol ; 17(1): e1008625, 2021 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-33497379

19.

An African-specific haplotype in MRGPRX4 is associated with menthol cigarette smoking.

Kozlitina, Julia; Risso, Davide; Lansu, Katherine; Olsen, Reid Hans Johnson; Sainz, Eduardo; Luiselli, Donata; Barik, Arnab; Frigerio-Domingues, Carlos; Pagani, Luca; Wooding, Stephen; Kirchner, Thomas; Niaura, Ray; Roth, Bryan; Drayna, Dennis.

PLoS Genet ; 15(2): e1007916, 2019 02.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-30768591

20.

Moderate intakes of soluble corn fibre or inulin do not cause gastrointestinal discomfort and are well tolerated in healthy children.

Risso, Davide; Kaczmarczyk, Melissa; Laurie, Ieva; Mah, Eunice; Blonquist, Traci M; Derrig, Linda; Karnik, Kavita.

Int J Food Sci Nutr ; 73(8): 1104-1115, 2022 Dec.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-36245250

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