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1.

Ovarian cancer mutational processes drive site-specific immune evasion.

Vázquez-García, Ignacio; Uhlitz, Florian; Ceglia, Nicholas; Lim, Jamie L P; Wu, Michelle; Mohibullah, Neeman; Niyazov, Juliana; Ruiz, Arvin Eric B; Boehm, Kevin M; Bojilova, Viktoria; Fong, Christopher J; Funnell, Tyler; Grewal, Diljot; Havasov, Eliyahu; Leung, Samantha; Pasha, Arfath; Patel, Druv M; Pourmaleki, Maryam; Rusk, Nicole; Shi, Hongyu; Vanguri, Rami; Williams, Marc J; Zhang, Allen W; Broach, Vance; Chi, Dennis S; Da Cruz Paula, Arnaud; Gardner, Ginger J; Kim, Sarah H; Lennon, Matthew; Long Roche, Kara; Sonoda, Yukio; Zivanovic, Oliver; Kundra, Ritika; Viale, Agnes; Derakhshan, Fatemeh N; Geneslaw, Luke; Issa Bhaloo, Shirin; Maroldi, Ana; Nunez, Rahelly; Pareja, Fresia; Stylianou, Anthe; Vahdatinia, Mahsa; Bykov, Yonina; Grisham, Rachel N; Liu, Ying L; Lakhman, Yulia; Nikolovski, Ines; Kelly, Daniel; Gao, Jianjiong; Schietinger, Andrea.

Nature ; 612(7941): 778-786, 2022 12.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-36517593

2.

Single-cell genomic variation induced by mutational processes in cancer.

Funnell, Tyler; O'Flanagan, Ciara H; Williams, Marc J; McPherson, Andrew; McKinney, Steven; Kabeer, Farhia; Lee, Hakwoo; Salehi, Sohrab; Vázquez-García, Ignacio; Shi, Hongyu; Leventhal, Emily; Masud, Tehmina; Eirew, Peter; Yap, Damian; Zhang, Allen W; Lim, Jamie L P; Wang, Beixi; Brimhall, Jazmine; Biele, Justina; Ting, Jerome; Au, Vinci; Van Vliet, Michael; Liu, Yi Fei; Beatty, Sean; Lai, Daniel; Pham, Jenifer; Grewal, Diljot; Abrams, Douglas; Havasov, Eliyahu; Leung, Samantha; Bojilova, Viktoria; Moore, Richard A; Rusk, Nicole; Uhlitz, Florian; Ceglia, Nicholas; Weiner, Adam C; Zaikova, Elena; Douglas, J Maxwell; Zamarin, Dmitriy; Weigelt, Britta; Kim, Sarah H; Da Cruz Paula, Arnaud; Reis-Filho, Jorge S; Martin, Spencer D; Li, Yangguang; Xu, Hong; de Algara, Teresa Ruiz; Lee, So Ra; Llanos, Viviana Cerda; Huntsman, David G.

Nature ; 612(7938): 106-115, 2022 12.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-36289342

3.

Clonal fitness inferred from time-series modelling of single-cell cancer genomes.

Salehi, Sohrab; Kabeer, Farhia; Ceglia, Nicholas; Andronescu, Mirela; Williams, Marc J; Campbell, Kieran R; Masud, Tehmina; Wang, Beixi; Biele, Justina; Brimhall, Jazmine; Gee, David; Lee, Hakwoo; Ting, Jerome; Zhang, Allen W; Tran, Hoa; O'Flanagan, Ciara; Dorri, Fatemeh; Rusk, Nicole; de Algara, Teresa Ruiz; Lee, So Ra; Cheng, Brian Yu Chieh; Eirew, Peter; Kono, Takako; Pham, Jenifer; Grewal, Diljot; Lai, Daniel; Moore, Richard; Mungall, Andrew J; Marra, Marco A; McPherson, Andrew; Bouchard-Côté, Alexandre; Aparicio, Samuel; Shah, Sohrab P.

Nature ; 595(7868): 585-590, 2021 07.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-34163070

4.

HACs with non-repetitive centromeres.

Rusk, Nicole.

Nat Methods ; 16(10): 959, 2019 Oct.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-31562474

5.

High-fidelity nucleases.

Rusk, Nicole.

Nat Methods ; 16(10): 958, 2019 Oct.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-31562485

6.

Improving HDR.

Rusk, Nicole.

Nat Methods ; 16(9): 806, 2019 09.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-31471602

7.

Selecting haploid cells.

Rusk, Nicole.

Nat Methods ; 16(9): 805, 2019 09.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-31471606

8.

Spatial RNA mapping.

Rusk, Nicole.

Nat Methods ; 16(9): 803, 2019 09.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-31471610

9.

Multi-omics single-cell analysis.

Rusk, Nicole.

Nat Methods ; 16(8): 679, 2019 08.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-31363216

10.

Single-cell ChIP.

Rusk, Nicole.

Nat Methods ; 16(8): 680, 2019 08.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-31363217

11.

Human CRISPR.

Rusk, Nicole.

Nat Methods ; 16(8): 677, 2019 08.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-31363223

12.

Solid-state nanopores read DNA.

Rusk, Nicole.

Nat Methods ; 16(3): 217, 2019 03.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-30814693

13.

Inhibiting CRISPR.

Rusk, Nicole.

Nat Methods ; 16(3): 218, 2019 03.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-30814697

14.

Spotlight on Cas12.

Rusk, Nicole.

Nat Methods ; 16(3): 215, 2019 Mar.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-30814702

15.

Variability in genome structure.

Rusk, Nicole.

Nat Methods ; 16(5): 359, 2019 05.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-31040422

16.

Optically mapping methylation.

Rusk, Nicole.

Nat Methods ; 16(5): 362, 2019 05.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-31040427

17.

Mitochondrial barcodes.

Rusk, Nicole.

Nat Methods ; 16(5): 361, 2019 05.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-31040429

18.

Pan-African genome.

Rusk, Nicole.

Nat Methods ; 16(2): 143, 2019 02.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-30700891

19.

Tagged reprogramming.

Rusk, Nicole.

Nat Methods ; 16(2): 144, 2019 02.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-30700894

20.

Creating epigenetic memory.

Rusk, Nicole.

Nat Methods ; 16(2): 141, 2019 Feb.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-30700899

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Single-cell genomic variation induced by mutational processes in cancer.

Clonal fitness inferred from time-series modelling of single-cell cancer genomes.

HACs with non-repetitive centromeres.

High-fidelity nucleases.

Improving HDR.

Selecting haploid cells.

Spatial RNA mapping.

Multi-omics single-cell analysis.

Single-cell ChIP.

Human CRISPR.

Solid-state nanopores read DNA.

Inhibiting CRISPR.

Spotlight on Cas12.

Variability in genome structure.

Optically mapping methylation.

Mitochondrial barcodes.

Pan-African genome.

Tagged reprogramming.

Creating epigenetic memory.