Implementation of influenza-like illness sentinel surveillance in Togo.

BACKGROUND: The emergence of avian influenza A/H5N1 in 2003 as well as the pandemic influenza A (H1N1) pdm09 highlighted the need to establish influenza sentinel surveillance in Togo. The Ministry of Health decided to introduce Influenza to the list of diseases with epidemic potential. By April 2010, Togo was actively involved in influenza surveillance. This study aims to describe the implementation of ILI surveillance and results obtained from April 2010 to December 2012. METHODS: Two sites were selected based on their accessibility and affordability to patients, their adequate specimen storage capacity and transportation system. Patients with ILI presenting at sentinel sites were enrolled by trained medical staff based on the World Health Organization (WHO) case definitions. Oropharyngeal and nasopharyngeal samples were collected and they were tested at the National Influenza Reference Laboratory using a U.S. Centers for Disease Control and Prevention (CDC) validated real time RT-PCR protocol. Laboratory results and epidemiological data were reported weekly and shared with all sentinel sites, Ministry of Health, Division of Epidemiology, WHO and CDC/NAMRU-3. RESULTS: From April 2010 to December 2012, a total of 955 samples were collected with 52% of the study population aged between 0 and 4 years. Of the 955 samples, 236 (24.7%) tested positive for influenza viruses; with 136 (14.2%) positive for influenza A and 100 (10.5%) positive for influenza B. The highest influenza positive percentage (30%) was observed in 5-14 years old and patients aged 0-4 and >60 years had the lowest percentage (20%). Clinical symptoms such as cough and rhinorrhea were associated more with ILI patients who were positive for influenza type A than influenza type B. Influenza viruses circulated throughout the year with the positivity rate peaking around the months of January, May and again in October; corresponding respectively to the dry-dusty harmattan season and the long and then the short raining season. The pandemic A (H1N1) pdm09 was the predominantly circulating strain in 2010 while influenza B was the predominantly circulating strain in 2011. The seasonal A/H3N2 was observed throughout 2012 year. CONCLUSIONS: This study provides information on influenza epidemiology in the capital city of Togo.

RETRACTED: Gradual emergence followed by exponential spread of the SARS-CoV-2 Omicron variant in Africa.

The geographic and evolutionary origins of the SARS-CoV-2 Omicron variant (BA.1), which was first detected mid-November 2021 in Southern Africa, remain unknown. We tested 13,097 COVID-19 patients sampled between mid-2021 to early 2022 from 22 African countries for BA.1 by real-time RT-PCR. By November-December 2021, BA.1 had replaced the Delta variant in all African sub-regions following a South-North gradient, with a peak Rt of 4.1. Polymerase chain reaction and near-full genome sequencing data revealed genetically diverse Omicron ancestors already existed across Africa by August 2021. Mutations, altering viral tropism, replication and immune escape, gradually accumulated in the spike gene. Omicron ancestors were therefore present in several African countries months before Omicron dominated transmission. These data also indicate that travel bans are ineffective in the face of undetected and widespread infection.

A l'heure de la protéine c-réactive, quelle place pour l'électrophorèse des protéines sériques dans l'exploration du syndrome inflammatoire biologique en milieu pédiatrique au Togo?

Dans les pays aux ressources limitées comme ceux de l'Afrique subsaharienne, l'accès à un bon diagnostic d'orientation en cas de suspicion d'un syndrome inflammatoire biologique (SIB) reste faible surtout en situation d'urgence. Objectif : déterminer la place à réserver à l'électrophorèse des protéines sériques (EPS) dans l'exploration du SIB au moment où l'on dispose du dosage de la protéine C-réactive (CRP). Matériel et méthodes : Nous avons mené une étude transversale analytique du 1er Août au 31 octobre 2012 au Centre Hospitalier Universitaire (CHU) Campus de Lomé. Un dosage de la CRP et une EPS ont été réalisés chez des enfants de moins de 15 ans,fébriles. La CRP a été dosée par méthode semi-quantitative par agglutination de particules de latex sur plaque alors que l'EPS a été réalisée sur plaque d'acétate de cellulose. Nous avons analysé la capacité de ces deux examens à détecter un SIB en fonction de la durée d'évolution de la maladie. Résultats : Cent sept enfants ont été inclus dans cette étude. La sex-ratio était de 1,1 avec 53,3% de garçons contre 46,7% de filles et une moyenne d'âge de 3,7±3,4 ans. Le taux global de positivité pour la détection d'un SIB était de 45,8% pour l'EPS et celui de la CRP était de 48,6%. L'analyse du taux de positivité de ces deux examens en fonction de la durée de la maladie montre une évolution en sens inverse. En effet, pour les prélèvements effectués précocement (moins de 24 heures après le début de la fièvre), la CRP détecte un SIB dans 65,9% des cas alors que l'EPS ne le détecte que dans 46,3% des cas. Pour les échantillons prélevés dans un délai moyen (deux à quatre jours après le début de la fièvre), les taux de positivité des deux examens se rapprochent avec 43,1% pour l'EPS et 41,4% pour la CRP. Enfin, pour les échantillons prélevés tardivement (au-delà du quatrième jour après le début de la fièvre), le taux de positivité de l'EPS devient plus élevé (62,5%) que celui de la CRP (12,5%). Conclusion : Il est préférable d'utiliser la CRP pour la recherche d'un SIB aigu et réserver l'EPS non seulement à l'exploration tardive d'un SIB aigu mais également à l'exploration du SIB chronique