Docking and molecular dynamics simulations of the Fyn-SH3 domain with free and phospholipid bilayer-associated 18.5-kDa myelin basic protein (MBP)-Insights into a noncanonical and fuzzy interaction.

Bessonov, Kyrylo; Vassall, Kenrick A; Harauz, George

Bessonov, Kyrylo; Vassall, Kenrick A; Harauz, George.

Afiliação

Bessonov K; Systems and Modeling Unit, Montefiore Institute, Université de Liège, Quartier Polytech 1, Allée de la Découverte 10, Liège, 4000, Belgium.
Vassall KA; Department of Molecular and Cellular Biology, Biophysics Interdepartmental Group, and Collaborative Program in Neuroscience, University of Guelph, 50 Stone Road East, Guelph, Ontario, N1G 2W1, Canada.
Harauz G; Department of Molecular and Cellular Biology, Biophysics Interdepartmental Group, and Collaborative Program in Neuroscience, University of Guelph, 50 Stone Road East, Guelph, Ontario, N1G 2W1, Canada.

Proteins ; 85(7): 1336-1350, 2017 07.

Article em En | MEDLINE | ID: mdl-28380689

Assuntos

Bicamadas Lipídicas/química; Proteína Básica da Mielina/química; Proteínas Proto-Oncogênicas c-fyn/química; Água/química; Domínios de Homologia de src; Sequência de Aminoácidos; Animais; Sítios de Ligação; Dimiristoilfosfatidilcolina/química; Humanos; Camundongos; Simulação de Acoplamento Molecular; Simulação de Dinâmica Molecular; Peptídeos/química; Fosforilcolina/análogos & derivados; Fosforilcolina/química; Prolina/química; Ligação Proteica; Conformação Proteica em alfa-Hélice; Conformação Proteica em Folha beta; Estrutura Terciária de Proteína; Termodinâmica; Unitiol/química

Palavras-chave

Fyn-SH3; GROMACS; amphipathic α-helix; intrinsically disordered protein (IDP); molecular dynamics (MD) simulations; molecular recognition fragment (MoRF); myelin basic protein (MBP); poly-proline type II (PPII)

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Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Água / Domínios de Homologia de src / Proteína Básica da Mielina / Proteínas Proto-Oncogênicas c-fyn / Bicamadas Lipídicas Tipo de estudo: Risk_factors_studies Limite: Animals / Humans Idioma: En Revista: Proteins Assunto da revista: BIOQUIMICA Ano de publicação: 2017 Tipo de documento: Article País de afiliação: Bélgica

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