Benchmarking metagenomics classifiers on ancient viral DNA: a simulation study.

Arizmendi Cárdenas, Yami Ommar; Neuenschwander, Samuel; Malaspinas, Anna-Sapfo

Arizmendi Cárdenas, Yami Ommar; Neuenschwander, Samuel; Malaspinas, Anna-Sapfo.

Afiliação

Arizmendi Cárdenas YO; Department of Computational Biology, University of Lausanne, Lausanne, Switzerland.
Neuenschwander S; Swiss Institute of Bioinformatics, Lausanne, Switzerland.
Malaspinas AS; Department of Computational Biology, University of Lausanne, Lausanne, Switzerland.

PeerJ ; 10: e12784, 2022.

Article em En | MEDLINE | ID: mdl-35356467

Assuntos

DNA Viral; Vírus; Humanos; DNA Viral/genética; DNA Antigo; Análise de Sequência de DNA/métodos; Metagenômica/métodos; Benchmarking; Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala/métodos; Vírus/genética

Palavras-chave

Ancient DNA; Classifiers; Epidemiology; Genomics; Paleomicrobiology; Precision; Sensitivity; Simulations; Taxonomic binning; Virome

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Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Vírus / DNA Viral Limite: Humans Idioma: En Revista: PeerJ Ano de publicação: 2022 Tipo de documento: Article País de afiliação: Suíça

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