Prevalence and whole genome-based phylogenetic, virulence and antibiotic -resistance characteristics of nasal -Staphylococcus aureus in healthy Swiss horses.

INTRODUCTION: Au total, 100 écouvillons nasaux ont été prélevés sur des chevaux sains en Suisse entre janvier 2020 et août 2020. Les échantillons ont été prélevés sur des chevaux de 40 écuries différentes dans 12 cantons différents et ont été soumis à un dépistage de S. aureus résistant à la méthicilline (MRSA) et de S. aureus sensible à la méthicilline (MSSA) à l'aide de plaques de gélose sélectives. Les S. aureus ont été testés pour leur sensibilité aux antibiotiques en mesurant la concentration minimale inhibitrice (CMI) et pour les facteurs de virulence, les gènes de résistance aux antibiotiques et les caractéristiques phylogénétiques en analysant la séquence du génome entier. Dix chevaux se sont révélés positifs (10 %, IC: 95 %, 0,0552 ­ 0,1744) pour S. aureus, et quatre d'entre eux étaient porteurs de MRSA (4 %, IC: 95 %, IC: 1,5 % ­ 9 %). Les MRSA ont été détectés chez des chevaux provenant de trois écuries différentes de la même région d'un canton et les MSSA ont été détectés chez des chevaux provenant de cinq cantons différents. Tous les isolats de MRSA étaient génétiquement apparentés (ST398-t011-IVa), tandis que les MSSA étaient divers (ST1-t127/t398/t1508, ST816-t1294, ST133-t1403, ST30-t012). Les MRSA étaient résistants à la pénicilline (blaZ), à la céfoxitine (mecA), au triméthoprime (dfrK), à la gentamicine, à la kanamycine (aac(6')-Ie ­ aph(2")-Ia) et à la tétracycline (tet(M)). Les MSSA étaient résistants à aucun ou à un des antibiotiques testés soit à la pénicilline (blaZ) ou à l'érythromycine (erm(T)). Les gènes de virulence étaient plus abondants chez les MSSA que chez les MRSA. Cette étude donne, pour la première fois, un aperçu de la prévalence et du type de S. aureus chez les chevaux suisses en bonne santé et révèle la présence de souches susceptibles de provoquer des infections chez les chevaux et les humains.