Evaluating the accuracy of amplicon-based microbiome computational pipelines on simulated human gut microbial communities.

Golob, Jonathan L; Margolis, Elisa; Hoffman, Noah G; Fredricks, David N

Golob, Jonathan L; Margolis, Elisa; Hoffman, Noah G; Fredricks, David N.

Afiliação

Golob JL; Vaccine and Infectious Disease Division, Fred Hutch, 1100 Eastlake Ave E, E4-100, Seattle, WA, 98109, USA. jgolob@fredhutch.org.
Margolis E; Division of Allergy and Infectious Diseases, University of Washington, Seattle, WA, USA. jgolob@fredhutch.org.
Hoffman NG; Vaccine and Infectious Disease Division, Fred Hutch, 1100 Eastlake Ave E, E4-100, Seattle, WA, 98109, USA.
Fredricks DN; Seattle Childrens Hospital, Seattle, WA, USA.

BMC Bioinformatics ; 18(1): 283, 2017 May 30.

Article em En | MEDLINE | ID: mdl-28558684

Assuntos

Bactérias/isolamento & purificação; Intestinos/microbiologia; Microbiota; Algoritmos; Bactérias/genética; Humanos; Reação em Cadeia da Polimerase; RNA Ribossômico 16S/classificação; RNA Ribossômico 16S/genética; RNA Ribossômico 16S/metabolismo

Palavras-chave

Classification; MOTHUR; Microbiome; Operational taxonomic unit; Optimization; QIIME; UniFrac

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Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Bactérias / Microbiota / Intestinos Limite: Humans Idioma: En Revista: BMC Bioinformatics Assunto da revista: INFORMATICA MEDICA Ano de publicação: 2017 Tipo de documento: Article País de afiliação: Estados Unidos

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