Sctensor detects many-to-many cell-cell interactions from single cell RNA-sequencing data.

Tsuyuzaki, Koki; Ishii, Manabu; Nikaido, Itoshi

Tsuyuzaki, Koki; Ishii, Manabu; Nikaido, Itoshi.

Afiliação

Tsuyuzaki K; Laboratory for Bioinformatics Research RIKEN Center for Biosystems Dynamics Research, 2-1 Hirosawa, Wako, Saitama, 351-0198, Japan. koki.tsuyuzaki@gmail.com.
Ishii M; Japan Science and Technology Agency, PRESTO, 7 Gobancho, Chiyoda-ku, Tokyo, 102-0076, Japan. koki.tsuyuzaki@gmail.com.
Nikaido I; Laboratory for Bioinformatics Research RIKEN Center for Biosystems Dynamics Research, 2-1 Hirosawa, Wako, Saitama, 351-0198, Japan.

BMC Bioinformatics ; 24(1): 420, 2023 Nov 07.

Article em En | MEDLINE | ID: mdl-37936079

Assuntos

RNA; Software; Ligantes; Análise de Sequência de RNA/métodos; Expressão Gênica; RNA/genética

Palavras-chave

Cellcell interaction; Dimension reduction; Hypergraph; Non-negative Tucker2 decomposition; R/Bioconductor; Single-cell RNA-sequencing; Tensor decomposition

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Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Software / RNA Idioma: En Revista: BMC Bioinformatics Assunto da revista: INFORMATICA MEDICA Ano de publicação: 2023 Tipo de documento: Article País de afiliação: Japão

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