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1.

Genome-wide RNA Tomography in the zebrafish embryo.

Junker, Jan Philipp; Noël, Emily S; Guryev, Victor; Peterson, Kevin A; Shah, Gopi; Huisken, Jan; McMahon, Andrew P; Berezikov, Eugene; Bakkers, Jeroen; van Oudenaarden, Alexander.

Cell; 159(3): 662-75, 2014 Oct 23.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-25417113

2.

Spatial transcriptomics reveals asymmetric cellular responses to injury in the regenerating spiny mouse (Acomys) ear.

van Beijnum, Henriëtte; Koopmans, Tim; Tomasso, Antonio; Disela, Vanessa; Te Lindert, Severin; Bakkers, Jeroen; Alemany, Anna; Berezikov, Eugene; Bartscherer, Kerstin.

Genome Res; 33(8): 1424-1437, 2023 08.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-37726147

3.

The TRIM-NHL protein TRIM32 activates microRNAs and prevents self-renewal in mouse neural progenitors.

Schwamborn, Jens C; Berezikov, Eugene; Knoblich, Juergen A.

Cell; 136(5): 913-25, 2009 Mar 06.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-19269368

4.

CDE-1 affects chromosome segregation through uridylation of CSR-1-bound siRNAs.

van Wolfswinkel, Josien C; Claycomb, Julie M; Batista, Pedro J; Mello, Craig C; Berezikov, Eugene; Ketting, René F.

Cell; 139(1): 135-48, 2009 Oct 02.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-19804759

5.

Multispecies RNA tomography reveals regulators of hematopoietic stem cell birth in the embryonic aorta.

Yvernogeau, Laurent; Klaus, Anna; Maas, Joris; Morin-Poulard, Ismaël; Weijts, Bart; Schulte-Merker, Stefan; Berezikov, Eugene; Junker, Jan Philipp; Robin, Catherine.

Blood; 136(7): 831-844, 2020 08 13.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-32457985

6.

Mlig-SKP1 Gene Is Required for Spermatogenesis in the Flatworm Macrostomum lignano.

Biryukov, Mikhail; Dmitrieva, Anastasia; Vavilova, Valeriya; Ustyantsev, Kirill; Bazarova, Erzhena; Sukhikh, Igor; Berezikov, Eugene; Blinov, Alexandr.

Int J Mol Sci; 23(23)2022 Dec 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-36499445

7.

Selenoprotein DIO2 Is a Regulator of Mitochondrial Function, Morphology and UPRmt in Human Cardiomyocytes.

Bomer, Nils; Pavez-Giani, Mario G; Deiman, Frederik E; Linders, Annet N; Hoes, Martijn F; Baierl, Christiane L J; Oberdorf-Maass, Silke U; de Boer, Rudolf A; Silljé, Herman H W; Berezikov, Eugene; Simonides, Warner S; Westenbrink, B Daan; van der Meer, Peter.

Int J Mol Sci; 22(21)2021 Nov 02.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-34769334

8.

The ctenophore genome and the evolutionary origins of neural systems.

Moroz, Leonid L; Kocot, Kevin M; Citarella, Mathew R; Dosung, Sohn; Norekian, Tigran P; Povolotskaya, Inna S; Grigorenko, Anastasia P; Dailey, Christopher; Berezikov, Eugene; Buckley, Katherine M; Ptitsyn, Andrey; Reshetov, Denis; Mukherjee, Krishanu; Moroz, Tatiana P; Bobkova, Yelena; Yu, Fahong; Kapitonov, Vladimir V; Jurka, Jerzy; Bobkov, Yuri V; Swore, Joshua J; Girardo, David O; Fodor, Alexander; Gusev, Fedor; Sanford, Rachel; Bruders, Rebecca; Kittler, Ellen; Mills, Claudia E; Rast, Jonathan P; Derelle, Romain; Solovyev, Victor V; Kondrashov, Fyodor A; Swalla, Billie J; Sweedler, Jonathan V; Rogaev, Evgeny I; Halanych, Kenneth M; Kohn, Andrea B.

Nature; 510(7503): 109-14, 2014 Jun 05.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-24847885

9.

Organ specific gene expression in the regenerating tail of Macrostomum lignano.

Lengerer, Birgit; Wunderer, Julia; Pjeta, Robert; Carta, Giada; Kao, Damian; Aboobaker, Aziz; Beisel, Christian; Berezikov, Eugene; Salvenmoser, Willi; Ladurner, Peter.

Dev Biol; 433(2): 448-460, 2018 01 15.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-28757111

10.

Sex allocation plasticity on a transcriptome scale: Socially sensitive gene expression in a simultaneous hermaphrodite.

Ramm, Steven A; Lengerer, Birgit; Arbore, Roberto; Pjeta, Robert; Wunderer, Julia; Giannakara, Athina; Berezikov, Eugene; Ladurner, Peter; Schärer, Lukas.

Mol Ecol; 28(9): 2321-2341, 2019 05.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-30891857

11.

Genome-wide profiling of nucleosome sensitivity and chromatin accessibility in Drosophila melanogaster.

Chereji, Razvan V; Kan, Tsung-Wai; Grudniewska, Magda K; Romashchenko, Alexander V; Berezikov, Eugene; Zhimulev, Igor F; Guryev, Victor; Morozov, Alexandre V; Moshkin, Yuri M.

Nucleic Acids Res; 44(3): 1036-51, 2016 Feb 18.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-26429969

12.

Guanine quadruplex structures localize to heterochromatin.

Hoffmann, Roland F; Moshkin, Yuri M; Mouton, Stijn; Grzeschik, Nicola A; Kalicharan, Ruby D; Kuipers, Jeroen; Wolters, Anouk H G; Nishida, Kazuki; Romashchenko, Aleksander V; Postberg, Jan; Lipps, Hans; Berezikov, Eugene; Sibon, Ody C M; Giepmans, Ben N G; Lansdorp, Peter M.

Nucleic Acids Res; 44(1): 152-63, 2016 Jan 08.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-26384414

13.

Evolution of microRNA diversity and regulation in animals.

Berezikov, Eugene.

Nat Rev Genet; 12(12): 846-60, 2011 Nov 18.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-22094948

14.

Gene silencing pathways found in the green alga Volvox carteri reveal insights into evolution and origins of small RNA systems in plants.

Dueck, Anne; Evers, Maurits; Henz, Stefan R; Unger, Katharina; Eichner, Norbert; Merkl, Rainer; Berezikov, Eugene; Engelmann, Julia C; Weigel, Detlef; Wenzl, Stephan; Meister, Gunter.

BMC Genomics; 17(1): 853, 2016 11 02.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-27806710

15.

Extremely stable Piwi-induced gene silencing in Caenorhabditis elegans.

Luteijn, Maartje J; van Bergeijk, Petra; Kaaij, Lucas J T; Almeida, Miguel Vasconcelos; Roovers, Elke F; Berezikov, Eugene; Ketting, René F.

EMBO J; 31(16): 3422-30, 2012 Aug 15.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-22850670

16.

Piwi and piRNAs act upstream of an endogenous siRNA pathway to suppress Tc3 transposon mobility in the Caenorhabditis elegans germline.

Das, Partha P; Bagijn, Marloes P; Goldstein, Leonard D; Woolford, Julie R; Lehrbach, Nicolas J; Sapetschnig, Alexandra; Buhecha, Heeran R; Gilchrist, Michael J; Howe, Kevin L; Stark, Rory; Matthews, Nik; Berezikov, Eugene; Ketting, René F; Tavaré, Simon; Miska, Eric A.

Mol Cell; 31(1): 79-90, 2008 Jul 11.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-18571451

17.

Profiling of adhesive-related genes in the freshwater cnidarian Hydra magnipapillata by transcriptomics and proteomics.

Rodrigues, Marcelo; Ostermann, Thomas; Kremeser, Leopold; Lindner, Herbert; Beisel, Christian; Berezikov, Eugene; Hobmayer, Bert; Ladurner, Peter.

Biofouling; 32(9): 1115-1129, 2016 Oct.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-27661452

18.

Tdrd1 acts as a molecular scaffold for Piwi proteins and piRNA targets in zebrafish.

Huang, Hsin-Yi; Houwing, Saskia; Kaaij, Lucas J T; Meppelink, Amanda; Redl, Stefan; Gauci, Sharon; Vos, Harmjan; Draper, Bruce W; Moens, Cecilia B; Burgering, Boudewijn M; Ladurner, Peter; Krijgsveld, Jeroen; Berezikov, Eugene; Ketting, René F.

EMBO J; 30(16): 3298-308, 2011 Jul 08.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-21743441

19.

piRNA dynamics in divergent zebrafish strains reveal long-lasting maternal influence on zygotic piRNA profiles.

Kaaij, Lucas J T; Hoogstrate, Suzanne W; Berezikov, Eugene; Ketting, René F.

RNA; 19(3): 345-56, 2013 Mar.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-23335638

20.

Novel small RNA expression libraries uncover hsa-miR-30b and hsa-miR-30c as important factors in anoikis resistance.

Moreno-Mateos, Miguel A; Barragán, Verónica; Torres, Belén; Rodríguez-Mateo, Cristina; Méndez-Vidal, Cristina; Berezikov, Eugene; Mudduluru, Giridhar; Allgayer, Heike; Pintor-Toro, José A.

RNA; 19(12): 1711-25, 2013 Dec.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-24129493

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