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1.

Design of Efficient Artificial Enzymes Using Crystallographically Enhanced Conformational Sampling.

Rakotoharisoa, Rojo V; Seifinoferest, Behnoush; Zarifi, Niayesh; Miller, Jack D M; Rodriguez, Joshua M; Thompson, Michael C; Chica, Roberto A.

J Am Chem Soc; 146(14): 10001-10013, 2024 Apr 10.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-38532610

2.

Rational design of proteins that exchange on functional timescales.

Davey, James A; Damry, Adam M; Goto, Natalie K; Chica, Roberto A.

Nat Chem Biol; 13(12): 1280-1285, 2017 Dec.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-29058725

3.

Designer proteins activate fluorescent molecules.

Chica, Roberto A.

Nature; 561(7724): 471-472, 2018 09.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-30254342

4.

Structural Determinants of the Stereoinverting Activity of Pseudomonas stutzeri d-Phenylglycine Aminotransferase.

Walton, Curtis J W; Thiebaut, Frédéric; Brunzelle, Joseph S; Couture, Jean-François; Chica, Roberto A.

Biochemistry; 57(37): 5437-5446, 2018 09 18.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-30153007

5.

Iterative approach to computational enzyme design.

Privett, Heidi K; Kiss, Gert; Lee, Toni M; Blomberg, Rebecca; Chica, Roberto A; Thomas, Leonard M; Hilvert, Donald; Houk, Kendall N; Mayo, Stephen L.

Proc Natl Acad Sci U S A; 109(10): 3790-5, 2012 Mar 06.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-22357762

6.

Improving the accuracy of protein stability predictions with multistate design using a variety of backbone ensembles.

Davey, James A; Chica, Roberto A.

Proteins; 82(5): 771-84, 2014 May.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-24174277

7.

Continuous colorimetric screening assay for detection of d-amino acid aminotransferase mutants displaying altered substrate specificity.

Barber, Janet E B; Damry, Adam M; Calderini, Guido F; Walton, Curtis J W; Chica, Roberto A.

Anal Biochem; 463: 23-30, 2014 Oct 15.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-24949900

8.

Bioanalysis for biocatalysis: multiplexed capillary electrophoresis-mass spectrometry assay for aminotransferase substrate discovery and specificity profiling.

Mironov, Gleb G; St-Jacques, Antony D; Mungham, Alexander; Eason, Matthew G; Chica, Roberto A; Berezovski, Maxim V.

J Am Chem Soc; 135(37): 13728-36, 2013 Sep 18.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-23964747

9.

A high-throughput assay for screening L- or D-amino acid specific aminotransferase mutant libraries.

Walton, Curtis J W; Chica, Roberto A.

Anal Biochem; 441(2): 190-8, 2013 Oct 15.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-23871995

10.

Generation of longer emission wavelength red fluorescent proteins using computationally designed libraries.

Chica, Roberto A; Moore, Matthew M; Allen, Benjamin D; Mayo, Stephen L.

Proc Natl Acad Sci U S A; 107(47): 20257-62, 2010 Nov 23.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-21059931

11.

Design of efficient artificial enzymes using crystallographically-enhanced conformational sampling.

Rakotoharisoa, Rojo V; Seifinoferest, Behnoush; Zarifi, Niayesh; Miller, Jack D M; Rodriguez, Joshua M; Thompson, Michael C; Chica, Roberto A.

bioRxiv; 2023 Nov 02.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-37961474

12.

Computational remodeling of an enzyme conformational landscape for altered substrate selectivity.

St-Jacques, Antony D; Rodriguez, Joshua M; Eason, Matthew G; Foster, Scott M; Khan, Safwat T; Damry, Adam M; Goto, Natalie K; Thompson, Michael C; Chica, Roberto A.

Nat Commun; 14(1): 6058, 2023 09 28.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-37770431

13.

Generation of bright monomeric red fluorescent proteins via computational design of enhanced chromophore packing.

Legault, Sandrine; Fraser-Halberg, Derek P; McAnelly, Ralph L; Eason, Matthew G; Thompson, Michael C; Chica, Roberto A.

Chem Sci; 13(5): 1408-1418, 2022 Feb 02.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-35222925

14.

Origin of acetylcholine antagonism in ELIC, a bacterial pentameric ligand-gated ion channel.

Slobodyanyuk, Mykhaylo; Banda-Vázquez, Jesús A; Thompson, Mackenzie J; Dean, Rebecca A; Baenziger, John E; Chica, Roberto A; daCosta, Corrie J B.

Commun Biol; 5(1): 1264, 2022 11 18.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-36400839

15.

Personalized oncology and BRAF^K601N melanoma: model development, drug discovery, and clinical correlation.

Keller, Brian A; Laight, Brian J; Varette, Oliver; Broom, Aron; Wedge, Marie-Ève; McSweeney, Benjamin; Cemeus, Catia; Petryk, Julia; Lo, Bryan; Burns, Bruce; Nessim, Carolyn; Ong, Michael; Chica, Roberto A; Atkins, Harold L; Diallo, Jean-Simon; Ilkow, Carolina S; Bell, John C.

J Cancer Res Clin Oncol; 147(5): 1365-1378, 2021 May.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-33555379

16.

Genetically Encoded Fluorescent Biosensor for Rapid Detection of Protein Expression.

Eason, Matthew G; Pandelieva, Antonia T; Mayer, Marc M; Khan, Safwat T; Garcia, Hernan G; Chica, Roberto A.

ACS Synth Biol; 9(11): 2955-2963, 2020 11 20.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-33044070

17.

Ensemble-based enzyme design can recapitulate the effects of laboratory directed evolution in silico.

Broom, Aron; Rakotoharisoa, Rojo V; Thompson, Michael C; Zarifi, Niayesh; Nguyen, Erin; Mukhametzhanov, Nurzhan; Liu, Lin; Fraser, James S; Chica, Roberto A.

Nat Commun; 11(1): 4808, 2020 09 23.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-32968058

18.

Photolabeling of tissue transglutaminase reveals the binding mode of potent cinnamoyl inhibitors.

Pardin, Christophe; Roy, Isabelle; Chica, Roberto A; Bonneil, Eric; Thibault, Pierre; Lubell, William D; Pelletier, Joelle N; Keillor, Jeffrey W.

Biochemistry; 48(15): 3346-53, 2009 Apr 21.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-19271761

19.

What does it take for an 'AlphaFold Moment' in functional protein engineering and design?

Chica, Roberto A; Ferruz, Noelia.

Nat Biotechnol; 42(2): 173-174, 2024 Feb.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-38361055

20.

Origin of conformational dynamics in a globular protein.

Damry, Adam M; Mayer, Marc M; Broom, Aron; Goto, Natalie K; Chica, Roberto A.

Commun Biol; 2: 433, 2019.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-31799435

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