Detalles de la búsqueda
1.
Atoms to Phenotypes: Molecular Design Principles of Cellular Energy Metabolism.
Cell;
179(5): 1098-1111.e23, 2019 11 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31730852
2.
Classifying Protein-Protein Binding Affinity with Free-Energy Calculations and Machine Learning Approaches.
J Chem Inf Model;
64(3): 1081-1091, 2024 Feb 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38272021
3.
Impact of the Unstirred Water Layer on the Permeation of Small-Molecule Drugs.
J Chem Inf Model;
64(3): 933-943, 2024 Feb 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38206804
4.
Conformational transitions of the serotonin 5-HT3 receptor.
Nature;
563(7730): 275-279, 2018 11.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30401839
5.
Predictions from First-Principles of Membrane Permeability to Small Molecules: How Useful Are They in Practice?
J Chem Inf Model;
63(15): 4533-4544, 2023 Aug 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37449868
6.
Achieving Accurate Standard Protein-Protein Binding Free Energy Calculations through the Geometrical Route and Ergodic Sampling.
J Chem Inf Model;
63(8): 2512-2519, 2023 04 24.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37042771
7.
Accurate Description of Solvent-Exposed Salt Bridges with a Non-polarizable Force Field Incorporating Solvent Effects.
J Chem Inf Model;
62(16): 3863-3873, 2022 08 22.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35920605
8.
MLCV: Bridging Machine-Learning-Based Dimensionality Reduction and Free-Energy Calculation.
J Chem Inf Model;
62(1): 1-8, 2022 01 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34939790
9.
Standard Binding Free Energy and Membrane Desorption Mechanism for a Phospholipase C.
J Chem Inf Model;
62(24): 6602-6613, 2022 12 26.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35343689
10.
Structure, substrate binding, and symmetry of the mitochondrial ADP/ATP carrier in its matrix-open state.
Biophys J;
120(23): 5187-5195, 2021 12 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34748764
11.
BFEE2: Automated, Streamlined, and Accurate Absolute Binding Free-Energy Calculations.
J Chem Inf Model;
61(5): 2116-2123, 2021 05 24.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33906354
12.
Charge Transfer and Chemo-Mechanical Coupling in Respiratory Complex I.
J Am Chem Soc;
142(20): 9220-9230, 2020 05 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32347721
13.
Modulation of membrane permeability by carbon dioxide.
J Comput Chem;
41(5): 421-426, 2020 02 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31479166
14.
Taming Rugged Free Energy Landscapes Using an Average Force.
Acc Chem Res;
52(11): 3254-3264, 2019 11 19.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31680510
15.
Finding an Optimal Pathway on a Multidimensional Free-Energy Landscape.
J Chem Inf Model;
60(11): 5366-5374, 2020 11 23.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32402199
16.
Boosting Free-Energy Perturbation Calculations with GPU-Accelerated NAMD.
J Chem Inf Model;
60(11): 5301-5307, 2020 11 23.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32805108
17.
Perturbations of Native Membrane Protein Structure in Alkyl Phosphocholine Detergents: A Critical Assessment of NMR and Biophysical Studies.
Chem Rev;
118(7): 3559-3607, 2018 04 11.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29488756
18.
Scalable molecular dynamics on CPU and GPU architectures with NAMD.
J Chem Phys;
153(4): 044130, 2020 Jul 28.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32752662
19.
Binding properties of the quaternary assembly protein SPAG1.
Biochem J;
476(11): 1679-1694, 2019 06 14.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31118266
20.
Lysine Mutation of the Claw-Arm-Like Loop Accelerates Catalysis by Cellobiohydrolases.
J Am Chem Soc;
141(36): 14451-14459, 2019 09 11.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31432675