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1.
Milestoning simulation of ligand dissociation from the glycogen synthase kinase 3ß.
Proteins;
91(2): 209-217, 2023 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36104870
2.
Calcium-Lipid Interactions Observed with Isotope-Edited Infrared Spectroscopy.
Biophys J;
118(11): 2694-2702, 2020 06 02.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32362342
3.
Milestoning with wind: Exploring the impact of a biasing potential in exact calculation of kinetics.
J Chem Phys;
152(22): 224105, 2020 Jun 14.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32534551
4.
Computer simulations of a heterogeneous membrane with enhanced sampling techniques.
J Chem Phys;
153(14): 144110, 2020 Oct 14.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33086798
5.
Revealing the distinct folding phases of an RNA three-helix junction.
Nucleic Acids Res;
46(14): 7354-7365, 2018 08 21.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-29762712
6.
Conformations of an RNA Helix-Junction-Helix Construct Revealed by SAXS Refinement of MD Simulations.
Biophys J;
116(1): 19-30, 2019 01 08.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30558889
7.
A new paradigm for atomically detailed simulations of kinetics in biophysical systems.
Q Rev Biophys;
50: e8, 2017 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-29233220
8.
Physiological Calcium Concentrations Slow Dynamics at the Lipid-Water Interface.
Biophys J;
115(8): 1541-1551, 2018 10 16.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30269885
9.
Why Does RNA Collapse? The Importance of Water in a Simulation Study of Helix-Junction-Helix Systems.
J Am Chem Soc;
140(49): 16948-16951, 2018 12 12.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30465606
10.
A mixed alchemical and equilibrium dynamics to simulate heterogeneous dense fluids: Illustrations for Lennard-Jones mixtures and phospholipid membranes.
J Chem Phys;
149(7): 072325, 2018 Aug 21.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30134684
11.
The Impact of Protonation on Early Translocation of Anthrax Lethal Factor: Kinetics from Molecular Dynamics Simulations and Milestoning Theory.
J Am Chem Soc;
139(42): 14837-14840, 2017 10 25.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-29019235
12.
Rock climbing: A local-global algorithm to compute minimum energy and minimum free energy pathways.
J Chem Phys;
147(15): 152718, 2017 Oct 21.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-29055297
13.
Calculating Iso-Committor Surfaces as Optimal Reaction Coordinates with Milestoning.
Entropy (Basel);
19(5)2017 May.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-28757794
14.
Prediction of homoprotein and heteroprotein complexes by protein docking and template-based modeling: A CASP-CAPRI experiment.
Proteins;
84 Suppl 1: 323-48, 2016 09.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-27122118
15.
Simulations of thermodynamics and kinetics on rough energy landscapes with milestoning.
J Comput Chem;
37(6): 602-13, 2016 Mar 05.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-26265358
16.
Perspective: Computer simulations of long time dynamics.
J Chem Phys;
144(6): 060901, 2016 Feb 14.
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| MEDLINE | ID: mdl-26874473
17.
A MATHEMATICAL FRAMEWORK FOR EXACT MILESTONING.
Multiscale Model Simul;
14(1): 301-322, 2016.
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| MEDLINE | ID: mdl-27239166
18.
Molecular dynamics studies of modular polyketide synthase ketoreductase stereospecificity.
Biochemistry;
54(14): 2346-59, 2015 Apr 14.
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| MEDLINE | ID: mdl-25835227
19.
Extension of a protein docking algorithm to membranes and applications to amyloid precursor protein dimerization.
Proteins;
83(12): 2170-85, 2015 Dec.
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| MEDLINE | ID: mdl-26404856
20.
Extracting the diffusion tensor from molecular dynamics simulation with Milestoning.
J Chem Phys;
142(1): 014105, 2015 Jan 07.
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| MEDLINE | ID: mdl-25573551